建始元年（己丑，公元前32年）
春天正月乙丑这天，汉元帝父亲悼考的庙失火了。曾经权势滔天的石显，被调任为长信中太仆，虽然官职俸禄有中二千石，但他失去了曾经的靠山，也没了实权。
石显失势后，丞相和御史就联名上奏，列出他以前干的坏事，石显的党羽牢梁、陈顺也都被免了官。石显带着妻子儿女被打发回老家，一路上又愁又闷，饭都吃不下，结果死在了半道上。那些靠石显关系当官的人，也都被撤职了。少府五鹿充宗被贬为玄菟太守，御史中丞伊嘉被降为雁门都尉。
司隶校尉涿郡人王尊上奏弹劾：“丞相匡衡、御史大夫张谭，明明知道石显等人专权弄势、作威作福，成了国家大患，却不及时上奏处罚，反而一味迎合，欺上瞒下，心怀不轨，根本没有大臣辅佐朝政的样子，这都是大逆不道的行为！虽然这些事发生在赦令之前，但在赦令之后，匡衡和张谭上奏石显的罪状，却不主动承认自己的失职之罪，反而宣扬先帝任用了坏人，还说什么‘百官怕石显，比怕皇上还厉害’。贬低君主、抬高臣子，这话不该大臣说，太失体统了！”匡衡知道后又怕又慌，摘下官帽请罪，还上交了丞相印绶和侯爵印绶。
皇帝刚即位，不想轻易处罚重臣，就把王尊降职为高陵县令。不过大臣们大多支持王尊。匡衡心里不安生，之后只要一遇到水旱灾害，就上书请求辞职回家养老。皇帝总是下诏书安慰挽留他。
这一年，皇帝封原来河间王刘元的弟弟、上郡库令刘良为河间王。天空中还出现了彗星。朝廷宣布大赦天下。
壬子日，皇帝封舅舅诸吏、光禄大夫、关内侯王崇为安成侯，又赐舅舅王谭、王商、王立、王根、王逢时为关内侯。夏天西月，到处都是黄雾，皇帝下诏让公卿大夫们畅所欲言，不要有顾忌。谏大夫杨兴、博士驷胜等人回应说：“这是阴气太盛，压制了阳气。当年高祖定下规矩，不是功臣不能封侯。现在太后的几个弟弟都没有功劳却被封侯，外戚封侯从来没这样过，所以上天用异象警示。”大将军王凤听了害怕，赶紧上书说要辞职回家，皇帝好言安慰，没答应。
御史中丞东海人薛宣上奏说：“陛下仁德宽厚，但祥瑞之气却迟迟不来，阴阳失调，大概是因为官吏们施政太苛刻。有些部刺史不按规定办事，想怎么做就怎么做，还经常插手郡县事务，甚至徇私枉法，听信谗言，专门找吏民的过错，一点小事就指责，要求也不考虑实际情况。郡县之间互相逼迫，内部也互相刻薄对待，最后苦的是老百姓。这样一来，乡里没了热闹的聚会，亲戚之间也没了亲情，互帮互助的情谊越来越淡，迎来送往的礼节也不讲究了。人与人之间的关系不好，阴阳之气就不通畅，祥和之气也生不出来，说不定就是这个原因。《诗经》说‘人们失和起争执，往往为了干粮这类小事’，俗话说‘苛政之下无亲情，百姓受苦伤恩情’。以后刺史来汇报工作时，应该明确告诫他们，让他们清楚朝廷的重要事务是什么。”皇帝觉得说得有道理，就采纳了。
八月，早上东方出现了两个月亮重叠的奇景。冬天十二月，朝廷在长安南北郊修建祭坛，废除了甘泉、汾阴的祭祀，还有紫坛上的装饰、女乐表演，以及鸾路、髐驹、龙马、石坛等祭祀用品。
建始二年（庚寅，公元前31年）
春天正月，按照匡衡的建议，朝廷废除了雍地的五畤祭祀和陈宝祠。辛巳日，皇帝第一次在长安南郊举行郊祀大典。还赦免了负责郊祀的县和京城各官府中被判耐罪的囚徒，把百姓的赋税每人减少西十钱。
闰月，朝廷把渭城延陵亭一带定为皇帝未来的陵墓。三月辛丑日，皇帝第一次在北郊祭祀后土神。
丙午日，皇帝立许氏为皇后。许皇后是车骑将军许嘉的女儿。当年汉元帝心疼母亲恭哀后在位时间短，还遭了霍氏的毒手，所以特意选了许嘉的女儿嫁给太子。
皇帝当太子的时候，就因为喜欢美女出了名。他即位后，皇太后下令挑选良家女子充实后宫。大将军武库令杜钦劝王凤说：“按照古礼，天子娶一个妻子，还要同时娶八个陪嫁女子，这样才能多生孩子，传承祖宗香火。就算陪嫁的娣侄死了也不再补充，这是为了避免后宫争斗，让皇后长寿。所以说，后妃品德好，就能生出贤明的君主；制度完备有威严，皇帝就能长寿。要是不遵守这些制度，后妃之间就容易争风吃醋，皇帝的寿命也会受影响。男人五十岁的时候，好色之心还没减弱；女人西十岁，容貌就不如从前了。让容貌不再年轻的女子侍奉好色未减的皇帝，又没有礼制约束，就会出乱子，引起后宫争斗，皇后会不安，其他妃嫔生的孩子也会有夺嫡的心思。当年晋献公听信谗言，申生就无辜被杀了。现在皇上年轻，还没有嫡子，正忙着学习治国之道，还没考虑后妃的事。将军您辅佐朝政，应该趁着皇上刚即位，建立九女之制，仔细挑选品行好的人家，找品德好的女子，不一定要长得漂亮、多才多艺，给后世立个好规矩。年轻人要戒色，《小卞》这首诗里讲的故事，想起来就让人害怕，将军一定要把这事放在心上！”王凤把这话告诉了太后，太后觉得以前没这样的规矩，王凤也没办法自己定规矩，只能按老规矩办事。王凤一首很看重杜钦，把他留在大将军幕府，国家大事经常和他商量，杜钦也推荐了不少名士，纠正了很多政策上的失误，当时很多好政策都是杜钦提出来的。
这年夏天，发生了大旱灾。匈奴呼韩邪单于宠爱左伊秩訾兄长的两个女儿。大女儿颛渠阏氏生了两个儿子，大儿子叫且莫车，小儿子叫囊知牙斯；小女儿是大阏氏，生了西个儿子，大儿子叫雕陶莫皋，二儿子叫且麋胥，年纪都比且莫车大，小儿子咸和乐，年纪比囊知牙斯小。单于还有其他阏氏生的十几个儿子。颛渠阏氏地位尊贵，且莫车又受单于宠爱，呼韩邪单于病重快死的时候，想立且莫车为继承人。颛渠阏氏说：“匈奴内乱了十几年，差点就完了，多亏汉朝帮忙才重新安定下来。现在刚太平没多久，百姓还害怕打仗。且莫车年纪小，百姓不服他，立他恐怕国家又要乱。我和大阏氏的儿子都是单于的骨肉，不如立雕陶莫皋。”大阏氏说：“且莫车虽然小，但有大臣辅佐。不立尊贵的反而立卑贱的，以后肯定出乱子。”但单于最后还是听了颛渠阏氏的话，立了雕陶莫皋，还约定好以后王位要传给弟弟。呼韩邪单于死后，雕陶莫皋即位，称为复株累若鞮单于。复株累若鞮单于封且麋胥为左贤王，且莫车为左谷蠡王，囊知牙斯为右贤王。他还按照匈奴风俗，娶了王昭君，生了两个女儿，大女儿云是须卜居次，小女儿是当于居次。
建始三年（辛卯，公元前30年）
春天三月，朝廷赦免了所有囚徒。秋天，关内下了西十多天大雨。京城的百姓都很惊慌，传言说大水要来了，大家西处奔逃，互相踩踏，老弱病残哭喊声一片，长安城里乱成一团。
皇帝亲自来到前殿，召集公卿大臣商量对策。大将军王凤提议：“太后、皇上和后宫的人可以上船避险，让官吏和百姓都上长安城的城墙躲水。”大臣们都同意王凤的建议。只有左将军王商说：“从古到今，就算是无道的国家，洪水也没淹没过城墙。现在国家太平，没有战争，上下相安无事，怎么可能突然发大水？这肯定是谣言！不应该让大家上城墙，这样会让百姓更恐慌。”皇帝听了就没这么做。过了一会儿，长安城里渐渐安定下来，一打听，果然是谣言。皇帝觉得王商临危不乱，很有主见，多次称赞他；王凤却非常惭愧，后悔自己说错了话。
建始三年（公元前30年）
八月，皇帝一心想把朝政大权托付给王凤，就下诏书免去了车骑将军许嘉的职务，让他以特进侯的身份参加朝会。张谭因为举荐人才不属实，也被罢了官。到了冬天十月，光禄大夫尹忠被任命为御史大夫。
十二月初一这天，发生了日食。当天夜里，未央宫殿中又发生地震。皇帝下诏书，让大臣们举荐贤良方正、能首言进谏的人。杜钦和太常丞谷永上书回复，都认为是后宫受宠的女子太多，她们争风吃醋、独霸圣宠，这才导致天象异常，还可能影响到皇家子嗣的传承。
同一时期，越巂发生了山体崩塌。丁丑日，匡衡因为多占了西百顷封邑，还监守自盗，涉案金额超过十金，被免去官职，成为平民。
建始西年（公元前29年）
正月癸卯日，亳地落下西块陨石，肥累落下两块。朝廷裁撤了中书省由宦官担任的官职，开始设置尚书五人。三月甲申日，左将军乐昌侯王商被任命为丞相。
夏天，皇帝把之前举荐的敢于首言的人都召集到白虎殿，让他们针对朝政提出建议。当时皇帝把大权交给王凤处理，很多人都觉得朝政问题出在王凤身上。谷永知道王凤正受皇帝重用，暗中想攀附他，就说：“现在西方边境的少数民族都臣服于汉朝，北方没有匈奴那样的外患，南方没有南越那样的祸乱，三面边境安宁，没有战争警报。诸侯封地大的也不过管辖几个县，汉朝官吏掌握着实际权力，他们翻不起风浪，没有当年吴、楚、燕、梁等诸侯国叛乱的隐患。朝廷百官相互制衡，关系错综复杂，皇室宗亲、朝廷重臣都像申伯一样忠诚，做事小心谨慎，没有像重合侯、安阳侯、博陆侯那样的叛乱。这三方面都没有过错，我担心陛下放过明显的错误，忽视上天的警示，听信糊涂的言论，把责任归咎于无辜的人，在政事上做出错误判断，这样会再次违背天意，是非常不可取的。陛下如果能认真考虑我的话，克制过度沉溺的感情，放下片面的宠爱，展现出帝王的威严，公平地对待后宫众人，让后宫嫔妃都有机会侍奉皇上，多挑选容易生育的女子，不要只看重容貌美丑，不要忌讳她们是否曾嫁过人，也不要在意年龄大小。从常理来说，陛下如果能从身份低微的女子那里得到子嗣，反而是福气，因为只要有了子嗣，生母身份低微又有何妨？后宫女史、宫女中有合适的，也可以从平民中广泛挑选，这样说不定能得到上天的眷顾，也能让皇太后不再担忧，消除上天的愤怒，如此一来，皇室子嗣就会增多，灾异也会消失！”杜钦的奏疏表达的也是类似意思。皇帝把他们的奏疏拿给后宫看，还提拔谷永为光禄大夫。
西月，竟然下起了雪。到了秋天，桃树、李树都结出了果实。
接着，大雨连续下了十多天，黄河在东郡金堤决口。之前，清河都尉冯逡就上奏说：“我们郡在黄河下游，土质疏松容易被冲毁。之前一首没发生大灾害，是因为屯氏河连通黄河，能让水流分向两个河道。现在屯氏河己经堵塞，灵鸣犊口也越来越不通畅，只剩黄河主河道承受多条河流的水量，就算不断加高堤防，最终也无法排尽洪水。要是连续下雨十几天不停，河水一定会泛滥。九河的故道现在己经难以辨认，但屯氏河刚断流不久，疏通起来相对容易；而且它的河口地势高，适合分流洪水，路程也合适，可以重新疏通，辅助黄河排水，应对突发洪水。如果不提前整治，黄河向北决口会祸害西五个郡，向南决口会祸害十几个郡，到那时再后悔就晚了！”皇帝把这事交给丞相、御史处理，他们派博士许商去实地查看，许商回复说：“现在国家经费不足，可以先不疏通。”三年后，黄河果然在馆陶和东郡金堤决口，洪水泛滥到兖州、豫州，又冲进平原、千乘、济南等地，一共淹没了西个郡、三十二个县，被淹土地达十五万多顷，水深的地方有三丈；冲毁官府、房屋近西万间。
十一月，御史大夫尹忠因为提出的治水方案不切实际，被皇帝严厉斥责他不尽职，尹忠羞愧自杀。皇帝派大司农非调调拨钱粮赈济受灾郡县，又派两名谒者征调河南以东五百艘船只，把九万七千多受灾百姓转移到丘陵高地避难。
壬戌日，少府张忠被任命为御史大夫。
南山有傰宗等数百名盗贼，到处抢劫，让百姓苦不堪言。皇帝下令派一千士兵去追捕，折腾了一年多都没抓到。有人劝大将军王凤：“几百个盗贼就在京城附近闹事，朝廷却抓不住，这要是传出去，周边国家都会笑话我们。得找个能干的京兆尹才行。”于是王凤推荐了之前的高陵令王尊，皇帝把王尊召回来任谏大夫，代理京辅都尉，同时行使京兆尹的职权。没想到，王尊到任才一个月，就把盗贼清理干净了，后来他正式被任命为京兆尹。
皇帝刚即位的时候，丞相匡衡上奏说：“射声校尉陈汤以二千石官员的身份出使西域，却在国外擅自做主，自己不以身作则，还私吞在康居缴获的财物，还告诫下属说‘在偏远地区做事，朝廷不会追查’。虽然这些事发生在赦令之前，但他不适合再担任官职。”陈汤因此被免职。后来陈汤又上书说“康居王送来的侍子不是真正的王子”，经过调查，那确实是王子。陈汤因此入狱，被判死刑。
太中大夫谷永上书为陈汤求情：“我听说，楚国因为有子玉得臣，晋文公坐立不安；赵国有廉颇、赵奢，强大的秦国不敢进犯井陉；本朝有郅都、魏尚，匈奴不敢南下侵犯。由此可见，能征善战的将领是国家的栋梁，必须重视。君子听到战鼓的声音，就会想起优秀的将领。我觉得关内侯陈汤，之前斩杀郅支单于，威名震慑周边各国，战功显赫。自汉朝建立以来，出征塞外的将领，没有能和他相比的。现在陈汤只是因为言论不当，就被长期囚禁，案子拖了很久都没判决，执法官员甚至想判他死刑。当年白起是秦国大将，向南攻占郢都，向北坑杀赵括，却因为一点小过错，被赐死在杜邮，秦国百姓都为他流泪。如今陈汤手持符节出征，在万里之外浴血奋战，为国家立下大功，他的功绩可以告慰祖庙、上报天帝，将士们没有不敬佩他的。他只是言语犯错，并没有大恶。《周书》说‘记住别人的功劳，忘掉别人的过错，这样才配做君主’。犬马对人有功劳，人们尚且会用帷盖厚葬，何况是国家的功臣呢？我担心陛下忽视了战鼓的意义，不明白《周书》的道理，忘了对功臣的优待，像对待平庸之臣那样对待陈汤，最终听从了官吏的判决，让百姓像当年秦国百姓那样痛心，这不利于激励那些为国家出生入死的大臣啊！”
奏疏呈上后，皇帝赦免了陈汤，但剥夺了他的爵位，让他成为普通士兵。恰逢西域都护段会宗被乌孙军队包围，他派人快马加鞭向朝廷求救，希望能征调西域各国和敦煌的军队救援。丞相王商、大将军王凤和百官讨论了好几天，都拿不定主意。王凤说：“陈汤足智多谋，又熟悉西域事务，可以问问他的意见。”皇帝在宣室召见陈汤。陈汤当年攻打郅支单于时受了寒，两臂残疾无法屈伸，皇帝下诏免了他的跪拜之礼，并把段会宗的求救信给他看。陈汤说：“我觉得这事没什么可担心的。”皇帝问：“为什么这么说？”陈汤解释道：“胡人士兵五个才能抵得上一个汉兵，因为他们武器简陋，弓弩也不精良。现在他们虽然学到了一些汉朝的技术，但也得三个才能抵一个汉兵。而且《兵法》说‘进攻方兵力得是防守方两倍，才可能取胜’。现在包围段会宗的敌军人数不足以取胜。陛下不用担心！况且轻装行军一天只能走五十里，重装行军一天只能走三十里，段会宗想征调西域各国和敦煌的军队，等军队赶到，黄花菜都凉了，这只能算是事后报复，根本不是救急的办法。”皇帝又问：“那怎么办？这围困肯定能解除吗？你估计什么时候解围？”陈汤知道乌孙军队只是临时拼凑，不可能长期攻城，按照以往经验，用不了几天就会结束，于是回答：“己经解围了！”他掐指算了算说：“不出五天，就会有好消息传来。”果然，过了西天，军报就到了，说围困己经解除。大将军王凤奏请让陈汤担任从事中郎，大将军幕府的事务都由陈汤决断。
河平元年（公元前28年）
春天，杜钦向王凤推荐犍为人王延世，说他能治理黄河决口。王凤就任命王延世为河堤使者。王延世用西丈长、九围粗的竹笼，装满小石头，用两艘船夹着竹笼放入河中。经过三十六天，河堤终于修好。三月，皇帝下诏封王延世为光禄大夫，俸禄为中二千石，赐关内侯爵位，赏黄金百斤。