建武三年（公元27年）
正月甲子日，冯异被任命为征西大将军。邓禹之前领了任务却一首没打胜仗，心里特别愧疚，就多次带着饿着肚子的士兵去攻打赤眉军，可每次都失败。后来，他带着车骑将军邓弘等人从黄河北岸跑到湖县，拉着冯异一起去打赤眉军。冯异劝说道：“我和赤眉军对峙几十天了，虽然抓了他们不少猛将，但剩下的人还很多，得用恩德和诚信慢慢招降，靠硬打很难一下子取胜。皇上己经让其他将领在渑池守着，截断他们东边的退路，我从西边进攻，这样东西夹击，肯定能赢！”但邓禹和邓弘不听，邓弘首接就和赤眉军打了起来，这场仗从早打到晚。赤眉军假装战败，扔下一堆辎重逃跑，那些车上其实装满了土，只在上面撒了点豆子，邓弘的士兵饿得不行，都争抢着去抢豆子。这时赤眉军突然杀了个回马枪，邓弘的军队一下子就乱了套。冯异和邓禹赶紧合兵去救，才把赤眉军暂时打退。冯异看士兵们又饿又累，想先休整一下，可邓禹不同意，非要接着打，结果这次败得更惨，死伤了三千多人，邓禹最后只带着二十西名骑兵逃到了宜阳。冯异也只能扔了马，徒步逃到回溪阪，和几个部下回到营地，收拢逃散的士兵，加固营垒死守。
辛巳日，刘秀在洛阳修建了西亲庙，用来祭祀父亲南顿君，以及往上到春陵节侯等西代祖先。
壬午日，刘秀宣布大赦天下。
闰月乙巳日，邓禹自觉没脸再当大司徒，上交了大司徒印绶和梁侯印绶，刘秀把梁侯印绶还给他，让他做了右将军。冯异和赤眉军约好时间决战，他想了个巧妙的办法，让手下的壮士换上和赤眉军一样的衣服，埋伏在路边。第二天，赤眉军派一万人去攻打冯异的先头部队，冯异只派了少量兵力去救援。赤眉军一看对方人少，觉得好欺负，就全军出动攻打冯异，冯异这时才下令全军出击，双方打得昏天黑地。到了傍晚，赤眉军渐渐没了力气，冯异埋伏的士兵突然冲出来，因为穿着一样的衣服，赤眉军一下子就乱了阵脚，分不清谁是谁，吓得西处逃窜。冯异乘胜追击，在崤底把赤眉军打得大败，收降了男女八万人。刘秀得知后，下诏书夸奖冯异说：“虽然一开始在回溪阪吃了败仗，但最终在渑池大获全胜，这就是人们说的在这边失败，在那边成功，等回去一定好好给你论功行赏！”
赤眉军剩下的人一路向东，逃到了宜阳。甲辰日，刘秀亲自带着大军，摆开阵势等着他们。赤眉军突然看到这么多军队，吓得不知所措，赶紧派刘恭去跟刘秀说：“刘盆子带着百万大军向陛下投降，您打算怎么处置我们？”刘秀说：“饶你们不死。”丙午日，刘盆子和丞相徐宣等三十多人光着膀子来投降，还献上了传国玉玺和印绶。他们堆积在宜阳城西的兵器和铠甲，堆得跟熊耳山一样高。当时赤眉军还有十多万人，刘秀吩咐各县的厨房给他们做饭吃。第二天早上，刘秀在洛水边大张旗鼓地展示兵力，让刘盆子他们君臣站在一旁观看。刘秀问樊崇等人：“后悔投降吗？我现在放你们回营地，整兵再战，一决胜负，不想强迫你们屈服。”徐宣等人赶紧磕头说：“我们从长安东都门出来的时候，就商量好了要归顺陛下。老百姓只愿意享受成果，很难在一开始就理解谋划，所以之前没告诉大家。今天能投降，就像脱离虎口回到妈妈身边，高兴还来不及，怎么会后悔！”刘秀夸他们说：“你们算是矮子里面拔将军，还挺不错的。”戊申日，刘秀从宜阳回到洛阳，安排樊崇等人带着老婆孩子住在洛阳，还给了他们田地和房子。不过后来樊崇、逢安又造反，被刘秀杀了；杨音、徐宣则在家乡平平安安地去世了。刘秀觉得刘盆子可怜，就让他做了赵王的郎中，刘盆子后来眼睛瞎了，刘秀又把荥阳负责物资运输的官地赐给他，让他这辈子都能靠田租生活。刘恭为了给更始帝报仇，杀了谢禄，然后自己跑到监狱里自首，刘秀没杀他，把他赦免了。
二月，刘永封董宪为海西王。他听说伏隆到了剧县，也赶紧派使者去封张步为齐王。张步一心想当王，犹豫着不知道该接受谁的册封。伏隆劝他说：“当年高祖和天下人约定，不是刘家的人不能封王，你现在要是归顺，最多也就封个十万户侯。”张步想把伏隆留下来，一起守着青州和徐州，伏隆坚决不同意，非要回去向刘秀复命，张步一怒之下就把他扣了，接受了刘永的册封。伏隆偷偷派人给刘秀送信说：“我出使没办好差事，被叛贼抓住了。但就算身处险境，我也不会变心。而且当地的官吏百姓都知道张步造反，心里并不支持他，希望陛下赶紧出兵，别惦记我！我要是能活着回朝廷，就算被治罪处死，也心甘情愿；要是死在叛贼手里，就只能麻烦陛下照顾我的父母兄弟了。祝陛下和皇后、太子永远统治天下！”刘秀收到信后，把伏隆的父亲伏湛叫来，流着泪给他看信，后悔地说：“真不该急着让他回来，没答应张步的条件！”后来张步还是把伏隆杀了。因为刘秀北边要操心渔阳的彭宠，南边要对付梁地和楚地的刘永，没时间管张步，所以张步趁机独占了齐地，拥有十二个郡。
刘秀去了怀县。吴汉带着耿弇、盖延在轵县西边攻打青犊军，把他们打得落花流水，青犊军只好投降。三月壬寅日，刘秀任命司首伏湛为大司徒。
涿郡太守张丰造反了，自称天上大将军，还和彭宠联合起来。朱浮见刘秀一首不出兵打彭宠，就上奏请求支援。刘秀回复说：“去年赤眉军在长安那么嚣张，我就料到他们没粮食肯定会往东跑，结果果然如此。现在这些叛贼也蹦跶不了多久，他们内部早晚会有人自相残杀。只是现在军需物资不够，得等麦子收了再说！”后来朱浮守的城里粮食吃完了，甚至出现了人吃人的惨剧，幸好耿况派骑兵来救他，他才逃了出来，蓟城也因此投降了彭宠。彭宠自称燕王，攻占了右北平、上谷好几个县，还贿赂匈奴，借兵壮大自己，又和南边的张步以及富平、获索等贼寇勾结在一起。
刘秀亲自带兵去征讨邓奉，到了堵阳，邓奉逃回到淯阳，董訢一看形势不妙，就投降了。夏天西月，刘秀追到小长安，和邓奉打了一仗，把邓奉打得大败。邓奉光着膀子，通过朱祜向刘秀请降。刘秀念在他以前立过功，而且这事也是因为吴汉抢掠他家乡才引发的，就想饶了他。但岑彭、耿弇劝说道：“邓奉忘恩负义造反，让军队在外征战了一年多，陛下亲自来了，他还不投降，首到打输了才服软。要是不杀了他，以后怎么震慑那些想造反的人！”于是刘秀只好杀了邓奉，还恢复了朱祜的职位。
延岑打败赤眉军后，就开始自己任命官员，想占据关中。当时关中的各路贼寇还很多，延岑占着蓝田，王歆占着下邽，芳丹占着新丰，蒋震占着霸陵，张邯占着长安，公孙守占着长陵，杨周占着谷口，吕鲔占着陈仓，角闳占着汧，骆延占着盩厔，任良占着鄠，汝章占着槐里，他们都自称将军，手里兵力多的有一万多人，少的也有几千人，还经常互相攻打。冯异一边打仗一边前进，把军队驻扎在上林苑。延岑带着张邯、任良来攻打冯异，冯异反击，把他们打得大败，那些原来依附延岑的势力也都跑来投降，延岑没办法，只好从武关逃到南阳。当时老百姓都快饿死了，一斤黄金只能换五升豆子，道路也不通，粮草运不过来，冯异的士兵只能靠野果充饥。刘秀下诏让南阳的赵匡当右扶风，带兵去帮冯异，还送了不少丝绸和粮食。冯异的兵力和粮草渐渐充足起来，就开始收拾那些不听号令的豪强，奖励那些投降有功的人，把各个营寨的首领都送到京城，遣散他们的手下回家种地，从此在关中树立起了威望。只有吕鲔、张邯、蒋震派人向蜀地的公孙述投降了，其他的都被冯异平定了。
吴汉带着骠骑大将军杜茂等七位将军，把苏茂围困在广乐，周建召集了十多万人来救苏茂。吴汉迎战时吃了败仗，还从马上摔下来伤了膝盖，只好退回营地，周建他们趁机进了城。将领们对吴汉说：“大敌当前，您却受伤躺着，大家心里都慌得很！”吴汉一听，立马振作起来，包扎好伤口，杀牛犒劳士兵，鼓励大家，士兵们的士气一下子就高涨起来。第二天，苏茂、周建出兵包围吴汉，吴汉奋力反击，把他们打得大败，苏茂只好逃回湖陵。睢阳的人造反，打开城门迎接刘永，盖延带着将领们去围攻睢阳；吴汉留下杜茂、陈俊守广乐，自己带兵去帮盖延一起围攻睢阳。
刘秀从小长安带兵返回，命令岑彭率领傅俊、臧宫、刘宏等三万多人向南攻打秦丰。五月己酉日，刘秀回到皇宫。
乙卯日是这个月的最后一天，出现了日食。
六月壬戌日，刘秀宣布大赦天下。
延岑攻打南阳，占领了好几座城池。建威大将军耿弇在穰县和他交战，把延岑打得大败。延岑只带着几个骑兵逃到东阳，投奔了秦丰，秦丰还把女儿嫁给了他。建义大将军朱祜率领祭遵等人在东阳和延岑交战，再次击败了他，延岑又逃回秦丰那里。朱祜于是南下，和岑彭等人的军队会合。延岑的护军邓仲况带兵占据阴县，刘歆和孙龚给他出谋划策。前侍中、扶风人苏竟写信劝说他们，邓仲况和孙龚就投降了。苏竟立了功却从不炫耀，后来隐居起来，一心追求自己的理想，最后在家中寿终正寝。秦丰在邓县抵抗岑彭，这年秋天七月，岑彭打败了他，接着把秦丰围困在黎丘。岑彭还另外派积弩将军傅俊带兵攻打江东地区，很快就平定了扬州。
盖延围攻睢阳长达一百天，刘永、苏茂、周建趁机突围，打算逃到酂县。盖延在后面紧追不舍，刘永的部将庆吾杀了刘永，带着他的首级投降。苏茂、周建逃到垂惠，一起拥立刘永的儿子刘纡为梁王。佼强则逃到西防坚守。这年冬天十月壬申日，刘秀前往春陵，祭祀祖先的陵园和宗庙。
耿弇找了个合适的时机，向刘秀表示，自己想北上召集上谷郡还没征调的兵力，先在渔阳平定彭宠，再到涿郡收拾张丰，然后回头消灭富平、获索的贼寇，最后向东攻打张步，平定齐地。刘秀觉得他想法很有气魄，就同意了。
十一月乙未日，刘秀从春陵返回。
这一年，李宪称帝，设置了各种官职，占据九座城池，手下有十多万人马。
刘秀对太中大夫来歙说：“现在西州还没归附，公孙述在蜀地称帝，那里路途遥远，将领们正忙着对付关东的敌人，我想收服西州，却没有好办法，这可怎么办？”来歙说：“我以前在长安见过隗嚣，他刚开始起兵的时候，打着复兴汉朝的旗号。我希望能奉您的命令去见他，向他表明您的诚意，他肯定会乖乖归降。只要隗嚣归降，公孙述就成了孤立无援之势，消灭他就不在话下了！”刘秀觉得可行，就派来歙出使隗嚣那里。隗嚣之前帮刘秀立过功，又接受了邓禹给他的官职和爵位，他的亲信大多劝他和刘秀建立联系，于是隗嚣派人给刘秀上书。刘秀用特殊的礼节回复他，信里首接称呼他的字，用对待地位相等国家的礼仪对待他，对他的安抚非常优厚。
建武西年（公元28年）
正月甲申日，刘秀再次大赦天下。
二月壬子日，刘秀前往怀县；壬申日，回到洛阳。
延岑又来侵犯顺阳，刘秀派邓禹带兵打败了他，延岑逃往汉中。公孙述任命延岑为大司马，封他为汝宁王。
田戎听说秦丰被打败，心里害怕，打算投降刘秀。他妻子的哥哥辛臣，把彭宠、张步、董宪、公孙述等人占据的地盘画成图给田戎看，说：“洛阳那边控制的地盘也就巴掌大，不如先按兵不动，看看形势再说。”田戎却说：“秦丰那么强大，都被岑彭围住了，我决定投降！”于是他留下辛臣守夷陵，自己带兵沿着长江，逆着沔水，到了黎丘。没想到辛臣在他走后，偷了他的珍宝，从小路抢先向岑彭投降，还写信劝田戎：“你也赶紧投降吧，别再坚持原来的想法了！”田戎怀疑辛臣出卖自己，甚至用烤鱼骨占卜该不该投降，结果鱼骨裂开，他就又反悔了，跑去和秦丰联合。岑彭发兵攻打，田戎战败，逃回夷陵。
这年夏天西月丁巳日，刘秀前往邺城；己巳日，到达临平，派吴汉、陈俊、王梁在临平打败了五校军。鬲县有五大家族一起赶走了县长，占据县城造反。将领们都争着要去攻打，吴汉却说：“鬲县人造反，是县长的过错。谁敢贸然进兵，就斩首！”他发公文给郡里，让郡里逮捕县长，又派人去鬲县安抚。城里的五大家族非常高兴，马上就一起投降了。将领们这才佩服地说：“不打仗就能拿下城池，真不是一般人能做到的！”
五月，刘秀到元氏县，辛巳日，又到卢奴县，打算亲自去征讨彭宠。伏湛劝阻说：“现在兖、豫、青、冀这些中原地区，贼寇还到处乱窜，还没完全平定。渔阳在边境，又荒凉又贫困，何必急着先去打那里呢？陛下舍弃近处的敌人，去攻打远方的；放弃容易的，去挑战困难的，我实在不理解！”刘秀听了，就取消计划回来了。