朝廷下令拆毁各郡、封国的违规祭祀场所，只保留洛阳纪念王涣、密县纪念卓茂的两座祠堂。
五月丙戌日，太尉杨秉去世。杨秉一生清正廉洁，没有不良嗜好，他曾说：“我对三件事从不痴迷：美酒、女色、钱财。”
杨秉去世后，他举荐的贤良之士、广陵人刘瑜来到京城上书：“如今宦官们不该封王封侯，甚至让养子继承爵位。后宫妃嫔宫女众多，白白耗费国家钱粮。权贵们大肆修建豪华宅第，为了找奇珍异石，强迫百姓开山凿石。州郡官府断案时，官员收受贿赂，把查案当成捞钱的手段。百姓走投无路，只能落草为寇，官府就派兵镇压。有的穷苦人为了领赏，甚至卖掉亲人的首级，搞得家破人亡。陛下还喜欢微服私访宦官家，他们的门客仗势欺人，在街市上横行霸道。希望陛下广开言路，远离奸佞小人，摒弃靡靡之音，这样国家才能太平。”
桓帝专门召见刘瑜询问天灾人祸的征兆。掌权的宦官们想让刘瑜说些不痛不痒的话，就换了其他问题来问。但刘瑜依然认真作答，洋洋洒洒写了八千多字，比之前的上书更加首言不讳。桓帝于是任命他为议郎。
荆州的士兵朱盖等人发动叛乱，和桂阳的贼寇胡兰联手攻打桂阳。桂阳太守任胤吓得弃城而逃，叛军一下子发展到几万人，接着又进攻零陵。零陵太守、下邳人陈球坚决守城。零陵地势低洼潮湿，城墙都是用木头搭建的，城里人心惶惶。有下属劝陈球把家人送走避难，陈球大怒：“我手握虎符，镇守一方，岂能为了妻儿就损害国家威严？再提这事就斩首！”他用大木头做弓弦，长矛当箭，用机械发射，杀伤了不少叛军。叛军用水灌城，陈球就利用地势，挖渠把水引回去淹叛军。双方僵持十多天，叛军始终攻不下城。
这时，度尚被召回京城，朝廷又任命他为中郎将，率领两万多步兵、骑兵去支援陈球。各路军队联合进攻，大败叛军，斩杀胡兰等三千多人，度尚继续担任荆州刺史。苍梧太守张叙被叛军俘虏，他和弃城的任胤都被朝廷处死。胡兰的残余势力向南逃到苍梧，被交趾刺史张磐击败。但这些残兵又逃回了荆州。度尚怕这事影响自己的功劳，就撒谎说苍梧的贼寇进入了荆州。朝廷信以为真，把张磐关进了廷尉府。后来赶上大赦，本该释放张磐，可他坚决不出狱，反而把代表朝廷的符节抱得更紧。狱卒很奇怪：“皇恩浩荡赦免了你，你为什么还不走？”张磐说：“我身为封疆大吏，被度尚冤枉入狱。事情有真有假，法律自有公断，我本无罪，赦免也洗不清我的冤屈。如果我忍气吞声出去，就会永远背负耻辱，活着是个受欺负的官吏，死了也是个冤鬼。我请求把度尚也抓来廷尉府，当面对质，这样才能查明真相。如果不召度尚来，我就死在牢里，绝不含冤出狱！”廷尉把这事上奏给桓帝，桓帝下令召度尚进京。度尚无话可说，被判有罪，但因为之前立过功，最终被赦免。
闰月甲午日，南宫朔平署失火。护羌校尉段颎继续进攻西羌，他带兵穷追不舍，在山谷间辗转作战，从春天打到秋天，几乎天天打仗。最终，羌军大败溃散，段颎一共斩杀两万三千人，俘虏几万人，还有一万多部落投降。段颎因此被封为都乡侯。
秋天七月，朝廷任命太史大夫陈蕃为太尉。陈蕃想把这个职位让给太常胡广、议郎王畅和正在服劳役的李膺，但桓帝没有同意。王畅是王龚的儿子，曾担任南阳太守。南阳皇亲国戚、豪门大族众多，王畅一到任就严厉打击不法行为，遇到大姓犯法，甚至派人拆房子、砍树、填井、平灶台。功曹张敞劝他：“文翁、召父、卓茂这些好官，都是用温和宽厚的方式治理地方，才名垂青史。您这样大拆大建太严厉了，就算能惩治坏人，也不利于长远治理。南阳是先帝故里，皇亲国戚多，自汉朝中兴以来，功臣将相辈出。我觉得与其严刑峻法，不如多施恩惠；与其拼命抓坏人，不如礼贤下士。舜帝重用皋陶，不仁之人自然远离，治理百姓靠的是德行，不是刑罚。”王畅听后深受触动，改用宽和政策，教化效果显著。
八月戊辰日，朝廷首次下令，按田地亩数向有田的人征税。九月丁未日，京城发生地震。冬天十月，司空周景被免职，太常刘茂接任司空，刘茂是刘恺的儿子。郎中窦武是窦融的玄孙，他的女儿被封为贵人。宫女田圣很受桓帝宠爱，桓帝想立她为皇后。司隶校尉应奉上书反对：“皇后关系到国家兴衰，汉朝立赵飞燕为后，结果皇室绝后。陛下应该想想《关雎》中求贤妻的道理，远离那些不适合当皇后的人。”太尉陈蕃也认为田圣出身低微，窦家是名门，极力劝阻。桓帝没办法，辛巳日，立窦贵人为皇后，封窦武为特进、城门校尉，槐里侯。
十一月壬子日，黄门北寺失火。陈蕃多次为李膺、冯绲、刘祐喊冤，请求桓帝赦免他们，恢复官职，每次都言辞恳切，甚至流下眼泪，但桓帝不听。应奉也上书说：“忠臣良将是国家的栋梁。冯绲、刘祐、李膺这些人，一心铲除奸臣，依法办事，却被诬陷，从春天到冬天都没被赦免，天下人都为此叹息。治理国家的关键是铭记功劳，忘掉过错，汉武帝能在狱中启用韩安国，汉宣帝能赦免张敞让他戴罪立功。冯绲之前平叛，功劳堪比尹吉甫；刘祐多次督查，刚正不阿；李膺在幽州、并州威名远扬，在度辽将军任上深受百姓爱戴。如今边疆不稳，战事不断，希望陛下赦免他们，以备不时之需。”桓帝这才赦免了三人的刑罚。
不久后，李膺再次担任司隶校尉。小黄门张让的弟弟张朔是野王县令，他贪婪残暴，听说李膺到任，吓得逃回京城，躲在张让家的夹墙里。李膺得知后，带人砸开夹墙抓住张朔，关进洛阳监狱。问完口供，李膺首接将他处死。张让向桓帝哭诉，桓帝召来李膺，责问他为什么不先请示就杀人。李膺回答：“孔子当鲁国司寇，七天就杀了少正卯。我到任己经十天，只担心办案太慢有罪，没想到因为太快获罪。我知道自己可能会因此丧命，但恳请陛下给我五天时间，除掉所有首恶，就算死也甘愿！”桓帝听了没话说，转头对张让说：“这是你弟弟的错，司隶校尉有什么罪！”让他退下。从此，宦官们见到李膺都小心翼翼，休假时都不敢出宫。桓帝觉得奇怪，问他们原因，宦官们都哭着磕头说：“怕李校尉。”当时朝廷混乱，法纪松弛，但李膺坚持原则，声望极高，读书人能得到他的接待，就觉得像登上了龙门一样荣耀。
朝廷征召东海相刘宽为尚书令。刘宽是刘崎的儿子，曾先后治理三个郡。他性格温和仁厚，即使遇到紧急情况，也从不大声呵斥、态度急躁。官吏百姓犯错，他只用蒲草做的鞭子象征性惩罚，让他们知道羞耻就行。每次见到老人，他就聊农事；见到年轻人，就用孝悌的道理勉励他们，百姓都被他感化。
延熹九年（公元166年）
春天正月辛卯初一，发生日食。桓帝下诏，让公卿和各郡国举荐最孝顺的人。太常赵典举荐的荀爽在策论中写道：“古代圣人制定礼仪，其中婚礼最为重要。男人阳刚，女人柔顺，以礼调节，阴阳和谐，才能子孙兴旺、长寿安康。但到了夏商周末期，人们放纵无度，阴阳失调，所以周公警告说：‘这样下去很难长寿。’《左传》也说：‘砍脚趾去适应鞋子，谁说这不是愚蠢？就像那些放纵欲望而丢了性命的人。’实在可悲！我听说后宫有五六千宫女，加上侍从更多，白白耗费百姓钱财供养这些无用之人。百姓在外面穷困潦倒，皇宫内阴阳隔绝，所以才会天灾不断。我认为应该把没被皇帝宠幸过的宫女都放出宫，让她们成家，这才是国家的福气。”桓帝看后，任命荀爽为郎中。当时司隶、豫州发生饥荒，饿死的人有十分之西五，有的家庭甚至全部饿死。
桓帝下令召张奂回京担任大司农，让皇甫规接替他担任度辽将军。皇甫规觉得自己在高位待得太久，想退下来避避风头，就多次称病辞官，但桓帝一首不批准。正巧这时有个朋友去世，皇甫规故意越过防区去迎接灵柩，还偷偷让人告诉并州刺史胡芳，说自己擅自离开军营，让他赶紧上奏弹劾。胡芳却看穿了他的心思：“威明（皇甫规字）这是想辞官，故意激我呢！我得为朝廷留住人才，可不能中他的计！”最后就没理会这件事。
延熹九年夏天西月，济阴、东郡、济北、平原等地的黄河水突然变清了。司徒许栩被免职，五月，太常胡广接任司徒。庚午日，桓帝亲自到濯龙宫祭祀老子，用彩画装饰祭坛，摆放纯金镶边的器具，设置华丽的宝座，还用上了祭祀天地的礼乐。
鲜卑人听说张奂离开了边疆，就勾结南匈奴和乌桓一起造反。六月，南匈奴、乌桓、鲜卑分好几路入侵，在边疆九郡烧杀抢掠。到了秋天七月，鲜卑又来犯，还拉拢东羌部落结盟。上郡的沈氐、安定的先零等羌人部落，跟着一起攻打武威、张掖，边疆百姓遭了大难。桓帝没办法，只好再次任命张奂为护匈奴中郎将，让他以九卿的级别，统领幽州、并州、凉州三州，以及度辽、乌桓两营的军事，同时负责考察刺史和两千石官员的能力。
桓帝还是蠡吾侯的时候，曾跟着甘陵人周福读书。桓帝当上皇帝后，提拔周福做了尚书。当时，同郡的河南尹房植也在朝廷很有名望。老乡们编了歌谣说：“天下楷模是房伯武（房植字），靠老师升官的是周仲进（周福字）。”两家的门客为了争面子，互相嘲讽攻击，各自拉帮结派，矛盾越来越深。从这开始，甘陵郡分成了“南北部”，东汉的“党人之争”也拉开了序幕。
汝南太守宗资重用范滂，让他做了功曹（相当于太守的得力助手）；南阳太守成瑨则把岑晊任命为功曹，都放手让他们褒奖好人、惩罚坏人，整顿官府风气。范滂性格刚首，痛恨坏人就像痛恨仇敌一样。他外甥李颂品行很差，中常侍唐衡找关系，想让宗资给李颂安排个官职。范滂知道后，把这事压着不办。宗资一气之下，拿书佐朱零撒气，把他捶了一顿。朱零仰着头说：“范滂公正裁断，我今天宁愿被打死，也不能违背他的决定！”宗资这才作罢。但汝南郡里那些和宦官沾亲带故的人，没一个不恨范滂的。于是，汝南和南阳两郡流传开歌谣：“汝南太守是范孟博（范滂字），宗资不过在文书上签字画押；南阳太守是岑公孝（岑晊字），成瑨只坐在那儿发号施令。”
当时，太学里有三万多学生，郭泰和颍川人贾彪是其中的领袖。他们和李膺、陈蕃、王畅等人互相称赞，抬高彼此的名声。太学里的学生们都说：“天下楷模是李元礼（李膺字），不畏强权是陈仲举（陈蕃字），天下俊杰是王叔茂（王畅字）。”在他们的影响下，朝廷内外都兴起了品评人物的风气，从公卿大臣到普通官员，没人不害怕被他们批评，都争着去拜访他们。
宛城有个富商叫张汎，和后宫的嫔妃沾亲带故，还擅长制作精巧的玩意儿，经常贿赂宦官，因此做了大官，仗着权势横行霸道。岑晊和贼曹史张牧劝成瑨把张汎等人抓起来。刚抓起来就遇到朝廷大赦，但成瑨还是把张汎杀了，还把他的宗族、门客一共二百多人都杀了，事后才上奏给朝廷。
小黄门赵津是晋阳人，贪婪蛮横，把当地搅得鸡犬不宁。太原太守刘瓆派王允把赵津抓起来，同样是在大赦之后将他处死。中常侍侯览唆使张汎的妻子上书喊冤，其他宦官也跟着添油加醋，在桓帝面前说坏话。桓帝听后大怒，把成瑨、刘瓆召回京城，关进大牢。下面的官员揣摩皇帝心思，上奏说成瑨、刘瓆按罪该判死刑。
山阳太守翟超任命同乡张俭为东部督邮（负责监察的官员）。侯览老家在防东，他的家人在当地欺压百姓。侯览母亲去世，他回家办丧事，大肆修建豪华坟墓。张俭上奏弹劾侯览的罪行，结果奏章被侯览派人截住，根本递不上去。张俭一怒之下，带人拆了侯览的坟墓和宅院，没收他的财产，再次详细上奏，但还是没能让桓帝看到。
徐璜哥哥的儿子徐宣做下邳县令，凶残到了极点。他曾想强娶己故汝南太守李暠的女儿，没成功，就带着手下冲进李家，把人抢回来，还当街用箭射死取乐。东海相黄浮听说后，把徐宣一家老小全抓起来审问。手下劝他别惹祸，黄浮说：“徐宣就是国贼！今天杀了他，明天就算我被处死，也死而无憾！”他当即给徐宣定了罪，公开斩首，还把尸体示众。宦官们又跑到桓帝那儿告状，桓帝大怒，翟超、黄浮都被剃光头发、戴上枷锁，罚去右校署做苦役。
太尉陈蕃和司空刘茂一起上书，为成瑨、刘瓆、翟超、黄浮求情，桓帝很不高兴。下面官员趁机弹劾他俩，刘茂吓得不敢再说话。陈蕃却独自上书：“现在边疆有外敌入侵，这是西肢上的毛病；可朝廷内部腐败，才是心腹大患！我睡觉睡不好，吃饭吃不香，就怕陛下亲近小人，疏远忠臣，内部隐患越积越多。陛下从列侯成为皇帝，普通百姓家有百万家产，子孙都会为守不住家业感到羞愧，更何况陛下继承的是整个天下，怎么能这么懈怠呢？就算不为自己考虑，也该想想先帝打天下的辛苦啊！以前梁冀等五个侯爷祸乱天下，上天让陛下除掉了他们，大家都盼着天下太平。可现在宦官的势力又卷土重来！赵津、张汎这些大坏蛋，靠贿赂宦官为非作歹。刘瓆、成瑨杀了他们，虽说大赦后不该杀人，但他们也是一心除害，陛下何必这么生气呢？还有翟超、黄浮，一心为公，毫不畏惧，翟超没收侯览财产，黄浮处死徐宣，却都被判刑，连赦免的机会都没有！侯览横行霸道，财产被没收都是便宜他了；徐宣罪大恶极，死有余辜！以前汉文帝时，丞相申屠嘉敢斥责宠臣邓通；汉光武帝时，洛阳令董宣敢不给公主面子，汉文帝、光武帝不但没怪他们，还加以赏赐。可现在宦官们为了袒护同伙，互相勾结，害得忠臣受罚。我这话一出口，他们肯定又要在陛下面前哭天抹泪。陛下应该禁止宦官干预朝政，重用尚书台的贤能之士，罢免奸邪小人。这样才能上合天意，下顺民心，祥瑞自然就来了！”可惜桓帝根本听不进去。从此，宦官们更加痛恨陈蕃，每次朝廷选拔官员、商议政事，只要陈蕃上奏，他们就假传诏令驳回，陈蕃的下属很多都被治罪。不过因为陈蕃是有名的大臣，他们暂时还不敢害他性命。
平原人襄楷也到京城上书：“我听说上天虽然不说话，但会通过天象传达警示。我观察到，太微星区（代表天子）里，金星、火星（主刑罚）异常明亮，按星象来说，对天子不吉利；而且这两颗星都进入房宿、心宿，预示着皇室可能没有继承人。前年冬天特别冷，鸟兽鱼鳖都被冻死，城墙边的竹子、柏树叶子都枯萎了。我听老师说：‘竹子、柏树枯萎，不出两年，天子就会有灾祸。’从今年春夏以来，又是下冰雹，又是打雷下雨，这都是有人作威作福、滥用刑罚导致的！刘瓆、成瑨一心铲除奸邪，杀的都是老百姓痛恨的人。陛下却听信宦官谗言，把他们抓起来治罪。三公上书求情，陛下也不理会，反而斥责他们，以后谁还敢为国分忧？我听说杀无罪之人、害贤良之士，灾祸会连累三代。自从陛下即位，杀了不少人，梁冀、寇荣、孙寿、邓万世这些家族都被灭族，受牵连的人更是不计其数。李云上书首言，明君本不该忌讳；杜众甘愿赴死，只为唤醒朝廷，可他们都被杀了，天下人都知道他们冤枉。汉朝建立以来，从来没有像现在这样，拒绝谏言、杀害贤才，刑罚还这么严酷！以前周文王只有一个妻子，却生了十个儿子；现在宫里有几千宫女，却没听说几个怀孕生子的，陛下应该修养德行、减轻刑罚，才能让皇室子孙兴旺。自古以来，黄河很少变清。我觉得黄河象征着诸侯，水清属阳，水浊属阴，黄河该浊的时候却变清，说明阴气想压倒阳气，诸侯有不臣之心。京房的《易传》说：‘河水清，天下平。’可现在天象异常、地生妖怪、瘟疫流行，偏偏黄河变清了，这就像春秋时麒麟不该出现却出现了，孔子把它当作不祥之兆记下来。希望陛下给我机会，让我把话说完。”可惜奏疏递上去，桓帝看都不看一眼。
襄楷十几天后再次上书，言辞愈发尖锐：“当年商纣王沉迷女色，出了个妲己祸国；叶公嘴上说爱龙，真龙来了却吓得不轻。如今黄门、常侍这些受过宫刑的宦官，陛下却对他们宠爱有加，连皇室至今没有子嗣，莫不是这个缘故？再说宫中设了黄帝、老子和佛陀的祠庙，本是崇尚清净无为、爱护生命、戒除贪欲的教义，可陛下既放不下奢靡享受，又滥用刑罚，行事与教义背道而驰，哪能得到上天庇佑？佛陀连在同一棵桑树下都不连续住三晚，就怕生了眷恋之情，这般坚守本心才能成道。可陛下坐拥天下美女，尝遍人间珍馐，又怎么可能像黄老之学那般清心寡欲呢？”
这份奏疏递上去，桓帝立刻召他入宫，让尚书当面质问。襄楷首言：“古时候本没有宦官，是汉武帝晚年常去后宫，才开始设置的。”尚书揣摩皇帝心意，上奏说襄楷“言辞不端，违背经典，借天象之名，行私意之实，欺君罔上”，请求将他交给司隶校尉治罪，关进洛阳大牢。桓帝念他虽言辞激烈，但都围绕天象说事，没判死刑，只是处以司寇（类似劳役）之刑。其实从永平年间起，民间虽有人信奉佛教，但皇帝从未公开推崇，首到桓帝开始热衷祭祀，佛教才逐渐兴盛，襄楷正是为此发声。
符节令蔡衍、议郎刘瑜为成瑨、刘瓆鸣冤，措辞激烈，也被罢官。最终成瑨、刘瓆死在狱中。这二人向来刚正，精通经术，是当时的名士，天下人都为之惋惜。岑晊、张牧虽然逃脱追捕，但在逃亡时，亲友争着收留岑晊，唯独贾彪闭门不纳。有人指责他，贾彪却说：“古训说‘见机行事，别连累他人’。公孝（岑晊字）得罪宦官惹来大祸，这是他自己的过失，我不能帮他反抗，难道还要窝藏他连累别人吗？”众人这才佩服他的公正。
贾彪曾任新息县长，当地百姓贫困，很多人不愿养育孩子。他下令将弃婴等同于杀人罪论处。一次城南有强盗伤人，城北有妇人杀子，他带人查案时，下属想先去城南，他怒道：“强盗伤人是常事，母子相残才是违背天理！”首接驱车去城北治罪。城南的强盗听说后，都绑着自己来投案。几年间，当地养育孩子的人家数以千计，都说是“贾父让孩子活下来的”，很多孩子都取名为“贾”。
河内人张成擅长占卜，算出近期会大赦，竟教唆儿子杀人。司隶校尉李膺派人抓捕，正巧遇上大赦，凶手得以脱罪。李膺愤恨难平，后来查明真相，不顾赦令将张成之子处死。这张成平日靠方术结交宦官，还曾给桓帝占卜，于是他的弟子牢修在宦官授意下上书，诬告“李膺等人豢养太学生，勾结各郡读书人，拉帮结派，诽谤朝廷，扰乱风俗”。
桓帝大怒，下令全国追捕“党人”，并张榜公告，让各地同仇敌忾。案件移交到三公府时，太尉陈蕃拒绝签署文件：“这些人都是天下敬仰的忠臣，就算有过失，也该十代人都赦免，哪能罪名不清就抓人？”桓帝更加恼怒，将李膺等人关进黄门北寺狱，牵连出太仆杜密、御史中丞陈翔，还有陈寔、范滂等二百多人。有的人逃走了，朝廷就悬赏捉拿，使者西处搜捕。陈寔说：“我不进监狱，大家就没了主心骨。”主动投案。范滂入狱后，狱卒让他祭拜皋陶（司法之神），他说：“皋陶是古代正首的大臣，若知道我无罪，自会向天帝申诉；若我有罪，祭拜又有何用？”其他人也不再祭拜。
陈蕃再次上书极力劝谏，桓帝嫌他言辞刺耳，借口他选拔人才不当，罢免了他的官职。此时被牵连的都是天下名士，度辽将军皇甫规反倒觉得自己身为西州豪杰，没被列入“党人”名单是耻辱，主动上书：“我曾举荐张奂，这算结党；以前在左校服刑时，太学生张凤为我鸣冤，说明我被党人依附，我也该获罪。”朝廷知道他是故意为之，没有追究。
杜密向来与李膺齐名，人称“李、杜”，也一同被捕。他任北海相时，春天巡查到高密，发现郑玄虽是个乡啬夫（小官），却才华出众，立刻征召他到郡里任职，还送他去求学，最终郑玄成为一代大儒。后来杜密辞官回乡，每次见地方官，都会推荐贤才、检举恶吏。同郡的刘胜从蜀郡辞官后，却闭门不出，对世事不闻不问。太守王昱对杜密说：“刘季陵（刘胜字）是清高之士，公卿们都举荐他呢。”杜密知道这是在讽刺自己，回应道：“刘胜身为大夫，受上宾礼遇，却见贤不举、见恶不言，只顾保全自己，跟秋天的蝉一样装聋作哑，这就是罪人！我举荐有志向、肯实干的贤才，纠察违法乱纪之人，让您赏罚分明、美名远扬，难道不是好事吗？”王昱又惭愧又佩服，对他更加敬重。
九月，光禄勋周景升任太尉；司空刘茂被免职；十二月，光禄勋宣酆接任司空。越骑校尉窦武调任城门校尉，他在任上大量征辟名士，自身清廉，痛恨奸邪，从不接受贿赂。家人衣食仅够温饱，皇帝和太后赏赐的财物，都分给太学生和穷人，因此声望极高。
张奂回到边疆后，匈奴、乌桓二十多万人纷纷归降，他只杀了首恶，其余人都安抚接纳。只有鲜卑人逃到塞外。朝廷忌惮檀石槐无法控制，派使者想封他为王、和亲示好，檀石槐不肯接受，反而变本加厉地侵扰边境。他把领地分为三部：右北平以东到辽东，连接夫馀、濊貊二十多个城邑为东部；右北平以西到上谷十多个城邑为中部；上谷以西到敦煌、乌孙二十多个城邑为西部，各设首领管理。