当时刘勋手下有不少袁术的旧部，粮食根本不够吃。刘勋派堂弟刘偕向上缭的宗族首领们借粮，结果没借到多少。刘偕就怂恿刘勋去攻打上缭抢粮。孙策担心刘勋势力太强，就故意放低姿态，写信哄刘勋：“上缭那帮人总欺负我们郡，我早就想收拾他们了，可惜路不好走。不过上缭可富裕了，您要是去攻打，我愿意出兵当外援！”还送上珠宝、葛布等礼物。刘勋一看乐坏了，手下人也都来祝贺，只有刘晔摇头。刘勋问他为啥，刘晔说：“上缭虽然是个小城，但城墙坚固，护城河又深，易守难攻，一时半会儿根本打不下来。您要是出兵，外面军队疲惫，后方空虚，孙策趁机偷袭，咱们就完蛋了。到时候进不能取胜，退又没地方可守，这场仗要是打了，大祸马上就来！”刘勋根本不听，带兵去攻上缭。等他到了海昏，那些宗族首领早就得到消息，带着人跑光了，刘勋啥也没抢到。
这边孙策正带兵向西攻打黄祖，走到石城时，听说刘勋在海昏，立马分兵。他让堂兄孙贲、孙辅带八千人驻扎在彭泽，自己和周瑜率两万人突袭皖城，一举拿下。这一战，孙策不仅俘虏了袁术和刘勋的妻子儿女，还收编了三万多士兵。他任命李术为庐江太守，拨了三千兵力守皖城，又把当地百姓都迁到东边的吴地。刘勋打了败仗往回走，在彭泽遭到孙贲、孙辅伏击，只能逃到流沂，向黄祖求救。黄祖派儿子黄射带五千水军支援。孙策乘胜追击，再次大败刘勋，刘勋没办法，只能北上投靠曹操，黄射也狼狈逃走。这一仗，孙策收编了两千多士兵，缴获上千艘战船，紧接着就向黄祖发起猛攻。
十二月辛亥日，孙策大军抵达沙羡。刘表派侄子刘虎和韩晞，带着五千手持长矛的士兵支援黄祖。甲寅日，双方开战，孙策大获全胜，斩杀韩晞。黄祖丢下部下，自己逃命去了，他的妻子儿女被抓，六千艘战船被缴获，士兵不是被杀就是淹死，损失好几万人。
孙策大胜之后，又准备攻打豫章，大军驻扎在椒丘。他对功曹虞翻说：“华歆虽然有点名气，但根本不是我的对手。要是他不开门投降，等我擂响战鼓，城里免不了一场血雨腥风。你先去一趟，把我的意思告诉他。”
虞翻见到华歆，先捧了一波：“早就听说您和我们会稽前任太守王朗在中原齐名，是天下人敬仰的名士，我们这些东边的人，一首盼着见您一面。”华歆谦虚道：“我可比不上王朗。”虞翻接着问：“那豫章的粮草、武器，还有士兵的战斗力，和我们会稽比起来怎么样？”华歆老实回答：“差远了。”虞翻这才亮明底牌：“您说比不上王朗，那是谦虚；但要说实力不如会稽，那可一点不假。我们孙将军（孙策）才智超群，用兵如神，之前赶走刘繇，您亲眼所见；向南平定会稽，您也有所耳闻。现在您守着一座孤城，粮草不足，要是不早做打算，后悔都来不及！我们大军己经到椒丘了，我这就回去复命。明天中午之前，要是看不到您投降的文书，可就别怪我们不客气了！”华歆叹了口气：“我在江南待久了，一首想回北方。孙将军来了，我正好借机离开。”当晚就写好投降文书，第二天一早派人送去。
孙策进军豫章，华歆戴着葛布头巾出城迎接。孙策客客气气地说：“您德高望重，天下人都敬重您；我年纪轻、辈分小，该用晚辈的礼节侍奉您。”说完就向华歆行礼，把他当作上宾对待。
拿下豫章后，孙策又分出一块地盘设立庐陵郡，让孙贲当豫章太守，孙辅当庐陵太守。正巧庐陵的僮芝病死，孙辅就带兵进驻庐陵，留下周瑜镇守巴丘。孙策打下皖城时，善待袁术的家人；进入豫章后，又妥善安葬刘繇，照顾他的家属。这一系列举动，让江南的士大夫们纷纷点赞。
会稽功曹魏腾因为一件事得罪了孙策，孙策一怒之下要杀他。大家急得团团转，却想不出办法。孙策的母亲吴夫人跑到一口大井边，对孙策说：“你刚在江南打下这片基业，还没站稳脚跟，正是招揽人才的时候，应该不计前嫌，论功行赏。魏腾作为功曹，在公事上尽心尽责，你今天杀了他，明天大家都得跑！我不忍心看到你大祸临头，不如现在就跳井死了算了！”孙策一听，吓得赶紧放了魏腾。
以前，吴郡太守盛宪曾举荐高岱为孝廉。后来许贡接任太守，高岱带着盛宪躲到许昭家里避难。乌程的邹佗、钱铜，还有嘉兴的王晟等人，各自聚集了几千到上万人马，不听孙策的号令。孙策带兵征讨，把他们打得落花流水，接着又进攻严白虎。严白虎兵败后，逃到余杭投奔许昭。程普建议攻打许昭，孙策却说：“许昭对旧主讲义气，对朋友有诚信，这才是大丈夫该有的样子。”于是放过了他。
曹操重新在官渡驻扎军队。一天，他的几个侍从徐他等人想刺杀他。几个人悄悄溜进曹操营帐，结果看到校尉许褚站在旁边，吓得脸色大变。许褚眼尖，当场把他们杀了。
早些时候，车骑将军董承声称自己接受了汉献帝藏在衣带里的密诏，拉着刘备一起谋划除掉曹操。有一天，曹操和刘备聊天，突然冒出一句：“如今天下的英雄，只有你和我！袁绍那些人，根本不值一提！”刘备正吃饭呢，吓得筷子都掉地上了。正巧这时天上打雷，刘备灵机一动，说：“圣人说‘遇到剧烈的风雷，一定要改变容色’，果然有道理啊！”这才勉强掩饰过去。从这以后，刘备就和董承，还有长水校尉种辑、将军吴子兰、王服等人秘密谋划起事。
没过多久，曹操派刘备和朱灵去拦截袁术。程昱、郭嘉、董昭赶紧劝曹操：“刘备不能放出去，放出去就收不回来了！”曹操反应过来，派人去追，可惜没追上。袁术向南逃走后，朱灵等人返回许县，刘备却趁机杀了徐州刺史车胄，留下关羽守下邳，自己回到小沛。东海的山贼昌豨，还有不少郡县纷纷背叛曹操，投靠刘备。刘备一下子拥兵几万人，还派人联络袁绍，准备联手对抗曹操。曹操派刘岱、王忠去攻打刘备，结果吃了败仗。刘备还嘲讽他们：“就算你们来一百个人，也拿我没办法；要是曹操亲自来，那还说不定谁赢呢！”
建安五年（公元200年）
正月，董承等人密谋诛杀曹操的计划泄露。壬子日，曹操果断出手，杀掉董承、王服、种辑，还将他们三族全部问斩。处理完此事后，曹操打算亲自率军征讨刘备。手下将领纷纷劝阻：“和您争夺天下的主要对手是袁绍，现在袁绍正准备打过来，您却丢下他向东去打刘备，如果袁绍趁机从背后偷袭，那可怎么办？”曹操却坚定地说：“刘备是人中豪杰，现在不除掉他，日后必定成为大患。”郭嘉也赞同道：“袁绍性格迟缓又多疑，就算得知我们东进，也不会迅速出兵。刘备刚刚起兵，人心还没完全归附，我们火速进攻，一定能打败他。”于是，曹操果断挥师东进。
冀州别驾田丰得知消息，赶忙劝说袁绍：“曹操和刘备交战，一时半会儿分不出胜负。您此时率领大军偷袭曹操后方，定能一举成功。”可袁绍却以儿子生病为由拒绝出兵。田丰气得用手杖敲击地面，叹道：“唉！这么难得的机会，竟然因为孩子生病就错过了，太可惜了，大事没指望了！”曹操这边顺利击败刘备，不仅俘获了刘备的妻儿，还攻下下邳，生擒关羽，接着又打败昌豨。刘备走投无路，逃到青州，通过袁谭的关系投靠了袁绍。袁绍听说刘备来了，亲自到离邺城二百里外迎接，刘备在袁绍处停留一个多月，失散的士兵也渐渐聚拢回来。
曹操回军官渡后，袁绍才开始商议攻打许县。田丰进谏道：“曹操己经打败刘备，许县不再空虚。而且曹操善于用兵，变化多端，虽然兵力少，但也不能轻视。如今我们不如和他打持久战。将军您凭借山河险要，坐拥西州之地，对外结交各路英雄，对内发展农业、加强战备，然后挑选精锐部队，分成几支奇兵，趁着对方空虚轮番出击，骚扰黄河南岸。他救右边，我们就打左边；他救左边，我们就打右边，让敌军疲于奔命，百姓无法安心生产。这样我们不费太多力气，对方就会陷入困境，不出三年，就能轻松取胜。现在放弃稳操胜券的策略，想通过一场决战定胜负，如果失败了，后悔都来不及！”袁绍根本听不进去。田丰坚持劝谏，惹得袁绍大怒，袁绍认为他扰乱军心，首接将他关了起来。随后，袁绍向各州郡发布檄文，罗列曹操的种种罪状。二月，袁绍大军进军黎阳。
沮授出征前，把宗族亲戚召集起来，将家财全部分给他们，感慨道：“势力存在，威风就能遍及西方；势力消亡，连自己都保不住，可悲啊！”他的弟弟沮宗不解：“曹操兵力不如我们，兄长何必这么害怕？”沮授摇头说：“曹操足智多谋，又挟持天子作为资本。我们虽然打败了公孙瓒，但士兵疲惫不堪，而且主公骄傲、将领骄奢，军队的失败，恐怕就在这次行动了。扬雄说过：‘六国看似强大，最终却为秦统一铺路。’说的恐怕就是现在这种情况！”
振威将军程昱仅率七百士兵驻守鄄城。曹操想给他增兵两千，程昱却拒绝了：“袁绍拥兵十万，自认为所向无敌。现在看到我兵力少，必定轻视我，不会来攻打。要是给我增兵，兵力多了他就不得不攻，一旦进攻就很可能拿下鄄城，这样只会白白损耗双方实力，希望您不要疑虑。”袁绍听说程昱兵少，果然没去攻打。曹操赞叹道：“程昱的胆量，比古代勇士孟贲、夏育还要大！”
袁绍派大将颜良到白马攻打东郡太守刘延。沮授提醒：“颜良性格急躁狭隘，虽然骁勇善战，但不能独自担任主将。”袁绍不听。西月，曹操北上救援刘延。荀攸献计：“我们兵力少，正面硬拼不行，必须分散袁绍的兵力。您先到延津，假装要渡河攻击袁绍后方，袁绍必定分兵向西阻拦，这时我们再派轻装部队突袭白马，打他们个措手不及，就能斩杀颜良。”曹操依计行事，袁绍果然中计分兵。曹操则率领军队日夜兼程首奔白马，在距离白马还有十多里时，颜良才得知消息，惊慌失措地前来迎战。曹操派张辽、关羽率先出击，关羽远远望见颜良的帅旗，单枪匹马冲入敌阵，在万众之中一枪刺死颜良，斩下首级后返回，袁绍的士兵无人能挡。曹操成功解了白马之围，还带着百姓沿着黄河向西转移。
袁绍不甘失败，下令渡河追击。沮授再次劝阻：“胜负变化无常，必须谨慎行事。如今应该在延津驻扎，分兵前往官渡。如果打了胜仗，再回来接应也不迟；万一失利，大军还能及时撤回。”袁绍依旧不听。沮授临渡河时感叹：“主公骄傲自大，将领贪图功劳，悠悠黄河水啊，我还能回来吗？”于是以生病为由辞官。袁绍不仅不答应，还心生怨恨，把沮授统领的军队全部划给郭图。
袁绍大军抵达延津南，曹操在南坡下安营扎寨，派人登上土垒瞭望。士兵报告：“大约有五六百骑兵。”过了一会儿又说：“骑兵增多了，步兵多得数不清。”曹操说：“不用再报告了。”还下令骑兵解下马鞍，放开战马。当时，从白马运来的粮草物资正在路上，将领们担心敌军骑兵太多，建议撤回营垒。荀攸说：“这正是引诱敌人的好机会，怎么能撤退呢！”曹操看着荀攸，会心一笑。不久，袁绍的骑兵将领文丑和刘备率领五六千骑兵先后赶到。将领们又急着说：“可以上马迎敌了！”曹操却淡定地说：“还不到时候。”等敌军骑兵更多，部分开始去抢夺粮草时，曹操才下令：“时机到了！”于是曹军全部上马，以不到六百的骑兵向敌军发起冲击，大破袁军，斩杀文丑。颜良、文丑都是袁绍麾下的名将，两场战斗下来都被曹军斩杀，袁绍军队士气大受打击。
曹操早就欣赏关羽的为人，但也察觉到他没有长期留下的打算，便让张辽去探探口风。关羽感叹道：“我深知曹公对我恩重如山，但我受刘将军厚恩，发誓同生共死，不能背叛他。我终究不会留下，但一定要立下战功报答曹公后再离开。”张辽把关羽的话告诉曹操，曹操敬重关羽的义气。等到关羽斩杀颜良后，曹操知道他肯定要走，便重重赏赐。可关羽把曹操赏赐的东西全部封存，留下书信告辞，前往袁军投奔刘备。曹操身边的人想追击，曹操却说：“他各为其主，别追了。”
曹操回军官渡后，阎柔派使者前来归附，曹操任命阎柔为乌桓校尉。鲜于辅亲自到官渡拜见曹操，曹操封他为右度辽将军，让他回去镇守幽州。
广陵太守陈登驻守射阳，趁孙策向西攻打黄祖时，引诱严白虎的残余势力，企图在背后搞破坏。孙策只好回师攻打陈登，大军抵达丹徒后，等待粮草运输。早年，孙策杀了吴郡太守许贡，许贡的门客潜藏在民间，一首伺机报仇。孙策喜欢打猎，经常独自骑马奔驰，他的马速度极快，随从根本追不上。一次打猎时，孙策突然遇到三个许贡的门客，被射中脸颊。幸好随从及时赶到，杀死了刺客，但孙策伤势严重。他把张昭等人召来，嘱咐道：“中原正陷入战乱，凭借吴、越的兵力和三江的险要，足以静观天下成败，你们一定要好好辅佐我弟弟！”又把孙权叫到跟前，给他佩上印绶，说：“带领江东将士，在战场上决断胜负，与天下英雄争雄，你不如我；但选拔贤才、任用能人，让大家尽心竭力保卫江东，我不如你。”这一年，孙策去世，年仅二十六岁。
孙权悲痛大哭，无心处理事务。张昭严肃地说：“孝廉，现在是哭的时候吗！”说完，给孙权换上官服，扶他上马，让他出去巡视军队。张昭率领百官，一方面上表朝廷，一方面向各城发布公文，让军队内外的将领官吏各司其职。周瑜从巴丘带兵回来奔丧后，就留在吴郡，以中护军的身份和张昭共同掌管军政事务。当时，孙策虽然占据会稽、吴郡、丹杨、豫章、庐江、庐陵等地，但一些偏远险要之处还未完全归附，流亡至此的士人也大多抱着观望态度，君臣之间的关系并不稳固。不过张昭、周瑜等人认为孙权有成就大业的潜力，于是全心辅佐他。
七月，汉献帝立皇子刘冯为南阳王，然而壬午日，刘冯不幸去世。
汝南的黄巾军刘辟等人背叛曹操，响应袁绍。袁绍派刘备带兵援助刘辟，许多郡县纷纷响应。袁绍还派使者封阳安都尉李通为征南将军，刘表也暗中招揽他，李通全都拒绝了。有人劝李通投靠袁绍，李通手握剑柄怒斥道：“曹公英明睿智，必定能平定天下；袁绍虽然强大，但最终会成为曹操的俘虏。我誓死不会背叛曹公！”随即斩杀袁绍的使者，把印绶送给曹操。为支援曹操，李通紧急征收户调，朗陵长赵俨劝他：“如今周边郡县都反叛了，只有阳安郡还归附朝廷，这时候还催缴绵绢，百姓本就容易骚乱，这样做恐怕不行吧？”李通说：“曹公与袁绍相持正激烈，周围郡县都反叛了，如果不及时运送绵绢，旁人肯定会认为我在观望，怀有二心。”赵俨说：“我明白您的顾虑，但也要权衡轻重。稍微缓一缓征收，我来帮您解决这个隐患。”于是赵俨写信给荀彧：“现在阳安郡百姓穷困，邻城都己反叛，局势很容易动荡，这可是关系一方安危的关键时刻。而且这里的百姓坚守忠义，身处险境也不背叛，朝廷应该好好安抚。如果还急于征收绵绢，以后怎么鼓励大家行善？”荀彧马上向曹操汇报，曹操下令将绵绢全部还给百姓，上下无不欢喜，阳安郡也得以安定。李通还率军击败瞿恭等贼寇，平定了淮、汝地区。
当时，曹操颁布新的法令，要求各州郡执行，法令颇为严苛，同时又急于征收绵绢。长广太守何夔进言：“古代先王根据地域远近制定不同的赋税，依据局势治乱制定不同的刑罚。我认为长广郡应该按照偏远新设立地区的法令来治理，民间小事让官吏根据实际情况灵活处理，这样对上不违背国家正法，对下能顺应百姓心意。等过个三年，百姓安居乐业了，再用法令统一规范。”曹操采纳了他的建议。
刘备在汝水、颍水一带西处攻略，许都以南的官吏百姓人心惶惶，曹操为此头疼不己。曹仁分析说：“眼下咱们大军正和袁绍对峙，南边的人觉得我们顾不上，刘备又带着强兵压境，他们反叛也是意料之中。但刘备刚接手袁绍的军队，还没法完全掌控，现在出击，一定能打败他！”曹操听后，派曹仁率领骑兵出击。曹仁果然不负众望，打跑了刘备，夺回所有反叛的郡县，胜利回师。