分四目，每目为首者为目首：
人医目，治疗人的疾病、伤口，称杏林目首，下属为杏林客；
兽医目，治疗各种动物的疾病伤口，称橘井目首，下属为医兽仙；
炼药目，制作研究各种药物，称制药目首，下属制药师；
制器目，设计制作其他三目所需的器具，炼器目首，下属为，冶炼力士。不属于万灵长生苑，由冶兵谷弟子组成。
直属护卫称长生卫。
幽天宗主，麾下九幽阁主要负责刺探情报，暗杀，审讯俘虏。
分四狱，为首者称狱长：
风临狱，负责情报分析，首领是风临狱长；
雨铩狱，负责暗杀，首领为雨铩狱长；
雷霆狱，负责审讯俘虏，关押各种人物包括被审判的宗门弟子，首领为雷霆狱长；
电掣狱，负责招募钉子，搭建情报网，首领电掣狱长。
直属护卫称落魂众。
颢天宗主，麾下戒律堂，负责监督和惩戒宗门成员。
分二堂，为首者称堂主，麾下称使者：
惩戒堂，负责惩戒宗门弟子；
刑律堂，负责监督、审判宗门弟子是否有不轨行径。
注：戒律堂实力仅次于武尊殿。没有直属护卫。
朱天宗主，麾下聚金楼，负责管理宗门资金和对外贸易。
分五楼，为首者对外称老板，对内锱铢楼主：
金楼、负责武器、金属制品售卖；
木楼、不属于聚金楼，由从万木林借调的工程人员组成，负责屋舍租赁，修建和买卖；
水楼、负责水运，和海外特产谁买；
火楼、负责与其他商会进行合作商议；
土楼、负责田租和地亩的管理。
直属护卫鎏金守。
炎天宗主，麾下冶兵谷，负责锻造武器和各种金属冶炼。
分三谷，为首者称谷主：
冶金谷，负责冶炼金属；
制兵谷，负责制作武器；
炼髓谷，全部由谷中精英组成，负责精炼各种天材地宝。
直属护卫是玄铁衣。
阳天宗主，麾下聆音阁，负责为宗门招收弟子，和对其他势力进行交涉。
分二阁，为首者称阁主：
正音阁，负责招收弟子；
翎风阁，负责与其他势力交涉与合作。
直属护卫称沐阳卫。