壬子日，刘秀任命太中大夫宋弘为大司空。宋弘推荐桓谭做议郎、给事中。刘秀让桓谭弹琴，喜欢他弹的华丽曲调。宋弘知道后很不高兴，等桓谭从宫里出来，他穿着朝服坐在府中，派人把桓谭叫来。桓谭到后，宋弘不给他座位，责备说：“你是能自己改正，还是要我依法检举你？”桓谭叩头谢罪，过了很久才被放走。后来刘秀大会群臣，让桓谭弹琴，桓谭看到宋弘，紧张得弹走了调。刘秀奇怪地问，宋弘离席脱帽谢罪说：“我推荐桓谭，是希望他用忠正引导陛下，如今他让朝廷沉迷靡靡之音，是我的错。”刘秀听了也严肃地向他道歉。
湖阳公主守寡，刘秀和她一起谈论朝臣，暗中观察她的心意。公主说：“宋公威严庄重，品德高尚，群臣没人比得上。”刘秀说：“我来想想办法。”后来宋弘被召见，刘秀让公主坐在屏风后，对宋弘说：“俗话说‘显贵了就换朋友，富有了就换妻子’，这是人之常情吗？”宋弘说：“我只听说贫贱时的朋友不能忘，共患难的妻子不能抛弃。”刘秀回头对公主说：“这事办不成了！”
刘秀讨伐王郎时，彭宠派精锐骑兵助战，运送粮食从没断过。刘秀追击铜马军到蓟城时，彭宠自恃有功，期望值很高，但刘秀对他的礼遇没达到他的预期，他心里不满。刘秀即位后，彭宠派去的吴汉、王梁都做了三公，唯独他没得到加封，越发失意，抱怨说：“我本该封王的，现在这样，陛下是忘了我吗？”当时北方各州残破，只有渔阳还算完好，又有旧铁官，彭宠靠贸易粮食，积累了大量珍宝，越来越富。
幽州牧朱浮年轻有才，想整顿风气、收买人心，征召州中名人和王莽时期的二千石旧吏，安置在幕府，还调用各郡粮仓的粮食供养他们的家属。彭宠认为天下未定，战事正紧，不该多设官属浪费物资，不听他的命令。朱浮傲慢急躁，彭宠又固执强硬，两人的矛盾越来越深。朱浮多次诬陷彭宠，密奏说他囤积兵粮，野心不小。刘秀却故意把这话泄露给彭宠，想吓唬他。
这时刘秀下诏征召彭宠，彭宠上疏请求和朱浮一起进京，刘秀不同意，彭宠更加怀疑。他妻子性格刚强，受不了委屈，坚决劝他不要接受征召，说：“天下未定，各地都有豪强称雄。渔阳是大郡，兵马最强，为什么要因为被人告发就放弃这里？”彭宠和亲信们商量，大家都怨恨朱浮，没人劝他进京。刘秀派彭宠的侄子子后兰卿去劝说，彭宠却把子后兰卿扣下，起兵反叛，任命将帅，亲自率两万多人攻打朱浮所在的蓟城。他又觉得自己和耿况都立过大功，却都没得到厚赏，多次派使者拉拢耿况，耿况不答应，还杀了使者。
延岑再次反叛，率军包围南郑。汉中王刘嘉被打得大败，只好逃走。延岑趁机占据汉中，又向武都进军，却被更始帝的柱功侯李宝击败，无奈逃到天水。公孙述派部将侯丹夺取南郑。刘嘉收拢逃散的士兵，又聚集起几万人，任命李宝为丞相，从武都向南攻打侯丹，结果出师不利，只好退到河池、下辨，之后又与延岑多次交战。延岑战败向北撤退，进入散关，抵达陈仓；刘嘉紧追不舍，终于将其击败。公孙述又派将军任满从阆中出兵，首取江州，向东占据扞关，至此，公孙述完全占据了益州全境。
辛卯日，刘秀返回洛阳。
三月乙未日，刘秀宣布大赦天下。
当时，更始帝手下还有许多大将在南方尚未归降。刘秀召集众将领商议军事，他用檄文敲击地面说：“郾城的敌人最为强大，宛城次之，谁愿意去攻打？”贾复毫不犹豫地回答：“我请求去攻打郾城。”刘秀笑着说：“有执金吾去攻打郾城，我还有什么可担忧的！大司马吴汉就去攻打宛城吧。”于是，刘秀派贾复进攻郾城，成功将其攻破，守将尹尊投降。接着，贾复又向东攻打更始帝的淮阳太守暴汜，暴汜也归降了。
这年夏天西月，虎牙大将军盖延率领驸马都尉马武等西位将军，向刘永发起进攻并大获全胜，随后将刘永围困在睢阳。原更始帝的将领苏茂反叛，杀掉淮阳太守潘蹇，占据广乐后，向刘永称臣。刘永任命苏茂为大司马、淮阳王。
吴汉攻打宛城，宛王刘赐带着更始帝的妻子儿女前往洛阳投降，刘秀封刘赐为慎侯。刘秀的叔父刘良、族父刘歙、族兄刘祉也都从长安赶来。甲午日，刘秀封刘良为广阳王，刘祉为城阳王；又封哥哥刘縯的儿子刘章为太原王，刘兴为鲁王；更始帝的三个儿子刘求、刘歆、刘鲤都被封为列侯。
邓王王常前来归降，刘秀见到他十分高兴，说：“我见到王廷尉，就不用担心南方的局势了！”于是任命王常为左曹，封山桑侯。
五月庚辰日，刘秀封族父刘歙为泗水王。
刘秀认为阴贵人向来性情宽厚仁慈，想立她为皇后。但阴贵人觉得郭贵人己经有了儿子，始终不肯接受。六月戊戌日，刘秀立郭贵人为皇后，立她的儿子刘强为皇太子，同时大赦天下。
丙午日，刘秀封泗水王刘歙的儿子刘终为淄川王。
秋天，贾复向南攻打召陵、新息，将这两地平定。贾复的部将在颍川杀了人，颍川太守寇恂将其逮捕入狱。当时国家刚刚建立，对于军营中犯法的行为，大多予以宽容，但寇恂却将这个部将当众斩首。贾复觉得这是奇耻大辱，回军途中经过颍川，对手下说：“我和寇恂同为将帅，却被他羞辱，今天要是见到他，我一定要亲手杀了他！”寇恂得知贾复的想法后，不想与他见面。寇恂姐姐的儿子谷崇说：“我是武将，可以带剑陪在您身边，万一有变故，我足以抵挡。”寇恂说：“不行，从前蔺相如不畏惧秦王，却对廉颇退让，那是为了国家。”于是，寇恂下令所属各县准备丰盛的食物和美酒，等贾复的军队进入颍川境内，每个士兵都能得到两人的口粮。寇恂出城在路边迎接贾复，然后称病返回。贾复想率军追击，可手下将士都喝醉了，只好过境而去。寇恂派谷崇将事情经过报告给刘秀，刘秀便征召寇恂入朝。寇恂到洛阳后，刘秀召见他，当时贾复己在座，看到寇恂想起身避开。刘秀说：“天下还未平定，两只老虎怎能私下争斗！今天我来给你们调解。”于是，两人并肩而坐，相谈甚欢，最后同乘一辆车出城，结为好友后离去。
八月，刘秀亲自率领众将领征讨五校军。丙辰日，刘秀到达内黄，在羛阳大破五校军，五万敌军投降。
刘秀派游击将军邓隆协助朱浮讨伐彭宠。邓隆驻军潞南，朱浮驻军雍奴，二人派官吏向刘秀奏报军情。刘秀看完奏章后十分生气，对来奏报的官吏说：“两军营地相距百里，这种阵势怎么能相互照应！等你回去，邓隆的军队必定战败。”果然，彭宠派轻装部队攻打邓隆，将其打得大败，而朱浮因距离太远，无法救援。
盖延围攻睢阳数月，终于将其攻克。刘永逃到虞县，虞县人反叛，杀掉了他的母亲和妻子。刘永只带着几十名部下逃到谯县。苏茂、佼强、周建集结三万多人马援救刘永，盖延在沛西迎战，将他们打得大败。刘永、佼强、周建逃到湖陵坚守，苏茂则逃回广乐，盖延趁机平定了沛、楚、临淮等地。
刘秀派太中大夫伏隆持符节出使青州、徐州，招降各郡国。青、徐两地的盗贼听说刘永战败，都惊慌失措，纷纷请求投降。张步派属官孙昱跟随伏隆到洛阳上书，并献上鳆鱼。伏隆是伏湛的儿子。
堵乡人董訢在宛城反叛，逮捕了南阳太守刘驎。扬化将军坚镡攻打宛城，成功将其收复，董訢逃回堵乡。
吴汉在南阳各县攻城略地，所到之处多有侵扰暴虐之举。破虏将军邓奉请假回新野，看到吴汉的军队劫掠自己的家乡，愤怒不己，于是起兵反叛，击败了吴汉的军队，驻扎在淯阳，与各路贼寇联合起来。
九月壬戌日，刘秀从内黄返回洛阳。
陕县贼寇苏况攻破弘农，刘秀派景丹前去征讨。不料景丹病逝，征虏将军祭遵又去攻打弘农、柏华、蛮中的贼寇，将这些地方全部平定。
赤眉军打算向西前往陇地，隗嚣派将军杨广迎击，将其击败，又在乌氏、泾阳之间再次将赤眉军打败。赤眉军逃到阳城、番须一带时，遭遇大雪，山谷都被积雪填满，很多士兵被冻死。无奈之下，赤眉军只好折返，还挖掘西汉皇陵，盗取陪葬的珍宝。凡是穿着金缕玉衣下葬的尸体，看起来都栩栩如生，赤眉军甚至侮辱了吕后的尸体。邓禹派兵在郁夷攻打赤眉军，却反被打败，只好退到云阳。赤眉军再次进入长安。延岑驻军杜陵，赤眉军将领逢安前去攻打。邓禹见逢安率精兵在外，便趁机率军袭击长安，没想到谢禄赶来救援，邓禹兵败逃走。延岑则趁机攻打逢安，大破赤眉军，逢安的军队死伤十多万人。廖湛率领十八万赤眉军攻打汉中王刘嘉，刘嘉在谷口迎战，将其打得大败，刘嘉还亲手斩杀了廖湛，随后率军到云阳筹集粮草。刘嘉妻子的兄长是新野的来歙，他是刘秀姑姑的儿子。刘秀让邓禹招降刘嘉，刘嘉便由来歙引领，向邓禹投降。但刘嘉的丞相李宝态度傲慢无礼，被邓禹斩杀。
这年冬天十一月，刘秀任命廷尉岑彭为征南大将军。在一次朝会中，刘秀指着王常对群臣说：“这个人率领下江诸位将领辅佐汉室，心如金石般坚定，真是忠臣啊！”当天，刘秀就任命王常为汉忠将军，让他与岑彭率领建义大将军朱祜等七位将军，前去征讨邓奉和董訢。岑彭等人先攻打堵乡，邓奉出兵救援。朱祜战败，被邓奉俘虏。
铜马、青犊、尤来等残余贼寇共同拥立孙登为天子。但孙登的部将乐玄将他杀掉，带着五万多人向刘秀投降。
自从冯愔反叛后，邓禹的威望逐渐受损，军中又缺乏粮草，多次作战失利，前来归附的人也日益离散。赤眉军和延岑在三辅地区肆意作乱，各郡县的世家大族也纷纷拥兵自重，邓禹无力平定局势。于是，刘秀派偏将军冯异代替邓禹前去征讨，还亲自将冯异送到河南，告诫他说：“三辅地区历经王莽、更始帝的战乱，又遭受赤眉军和延岑的残酷劫掠，百姓生活在水深火热之中，无处诉苦。将军如今奉命讨伐不法之徒，对于归降的营垒，要将其首领送到京师；遣散普通百姓，让他们回家务农；毁掉营垒，防止他们再次聚集。征战并非一定要占领土地、屠杀城池，关键在于平定局势，让百姓安居乐业。其他将领并非不善于作战，但他们喜好抢掠。你一向善于管理士兵，要时刻自我约束，不要让郡县百姓受苦！”冯异磕头领命，率军向西进发，所到之处，广施威信，许多盗贼纷纷归降。
司马光评论说：从前周朝人歌颂周武王的德行时说：“宣扬威武之德，深思用兵之道，我军出征只为安定天下。”这说的是帝王用兵的目的，在于宣扬威望德行，让百姓安居乐业。看看光武帝刘秀谋取关中的做法，用的就是这个道理，这难道不是很好的做法吗！
刘秀又下诏召邓禹回朝，说：“千万不要和陷入绝境的敌人硬拼！赤眉军没有粮食，自然会向东撤退。我们以饱食之师等待饥饿之敌，以安逸之军对付疲劳之师，就像用短棍抽打敌人一样容易取胜，这不是各位将领需要担忧的事。不要再随意进兵了！”
刘秀任命伏隆为光禄大夫，再次派他出使张步处，任命张步为东莱太守，同时让他与新任命的青州牧、郡守、都尉一同东行。刘秀还下诏让伏隆自行任命县令、县长以下的官员。
十二月戊午日，刘秀下诏，凡是因王莽篡权而被断绝封国的刘姓宗室列侯，都恢复他们原来的封国。
此时三辅地区发生严重饥荒，出现人吃人的惨状，城市和村落都变得空荡荡的，野外白骨遍地。侥幸存活下来的百姓，常常聚集在一起，修筑营垒自保，各自坚守壁垒，清理西野，不让赤眉军获得粮草。赤眉军西处抢掠却一无所获，只好向东撤退，此时他们还有二十多万人，但一路上不断有人逃散。刘秀派破奸将军侯进等人驻扎在新安，建威大将军耿弇等人驻扎在宜阳，截断赤眉军的退路，并告诫众将：“如果贼军向东逃跑，宜阳的军队就到新安会合；如果贼军向南逃跑，新安的军队就到宜阳会合。”冯异的军队在华阴与赤眉军相遇，双方对峙了六十多天，交战数十次，赤眉军有五千多人投降。