延平元年（丙午年，公元106年）
春天正月辛卯日，朝廷任命太尉张禹为太傅，司徒徐防为太尉，让他们参与处理尚书事务。邓太后因为皇帝还是个襁褓中的婴儿，就想让朝廷里的重要大臣住在皇宫内，方便照应。于是下诏书让张禹住在宫中，每五天可以回一次自己的家；每次上朝拜见皇帝的时候，司仪会专门高声通报他的到来，并且给他安排单独的座位，不和三公坐在一起。
朝廷还封了皇帝的哥哥刘胜为平原王。
癸卯日，朝廷任命光禄勋梁鲔为司徒。
到了三月甲申日，大家把孝和皇帝安葬在慎陵，还给他的宗庙定名为穆宗。
丙戌日，清河王刘庆、济北王刘寿、河间王刘开、常山王刘章开始前往各自的封国。太后对清河王刘庆特别优待，给他特殊的礼遇。刘庆的儿子刘祜当时十三岁，太后考虑到皇帝年幼体弱，担心以后会有意外情况发生，就把刘祜和他的嫡母耿姬留在了清河王府。耿姬是耿况的曾孙女，刘祜的生母是犍为的左姬。
夏天西月，鲜卑族侵犯渔阳。渔阳太守张显带着几百人出城追击。兵马掾严授劝他说：“前面的道路又险又难走，敌人的实力也不清楚，咱们应该先安营扎寨，派轻骑兵去打探一下情况。”可张显立功心切，听了这话非常生气，甚至想杀了严授，然后就带兵继续前进。结果敌人设下埋伏，等张显他们一到就突然发动攻击。士兵们吓得转身就跑，只有严授奋力抵抗，身上受了十处伤，还亲手杀了好几个人，最后战死沙场。主簿卫福、功曹徐咸看到太守有危险，都冲上去保护他，结果也都死在了战场上。
丙寅日，朝廷任命虎贲中郎将邓骘为车骑将军，并给予他仪同三司的待遇。邓骘的弟弟黄门侍郎邓悝被任命为虎贲中郎将，邓弘、邓阊都担任侍中。
这时候，司空陈宠去世了。
五月辛卯日，朝廷大赦天下。
壬辰日，河东郡的垣山发生了山体崩塌。
六月丁未日，朝廷任命太常尹勤为司空。
全国有三十七个郡和国都遭遇了大雨。
己未日，太后下诏书，要求减少太官、导官、尚方、内署这些部门制作的华丽服饰、珍贵膳食以及那些制作起来又难又费钱的东西。除了供奉给宗庙的食物，大米不需要特意挑选，每天早晚只吃一顿有肉的饭就行。以前太官、汤官每年的花费将近两亿钱，从这以后削减到几千万钱。各郡国进贡的东西，数量也都减少了一半多；还把上林苑里养的鹰和狗都卖掉；各个离宫、别馆储存的粮食、柴草，也都下令精简。
丁卯日，太后下诏，把掖庭里的宫女，还有因为家族犯罪而被没入官府为奴的皇室成员，都恢复平民身份，让他们回家。
秋天七月庚寅日，太后给司隶校尉、部刺史下命令说：“最近有些郡国发生了水灾，影响了秋季庄稼的收成，朝廷一首在反思是不是哪里做得不好，心里非常担忧害怕。可有些郡国为了得到丰收的虚假名声，就隐瞒灾情，虚报开垦的田地数量，也不管有多少百姓流亡在外，还竞相增加户口数字，隐藏盗贼的情况，让坏人得不到惩罚。官员任用不按规矩来，选拔人才也不恰当，还有人贪婪残暴，把祸害都加到了普通百姓身上。有些刺史明明看到这些情况，却装聋作哑，偏袒下属，勾结作弊，一点都不害怕上天的惩罚，也不觉得对不起百姓。朝廷给你们的宽容和恩惠，不能总想着依靠，从现在开始，要是再这样，一定会受到惩处。各地的二千石长官，你们要仔细核实受灾情况，免除百姓的田租和草料税。”
八月辛卯日，小皇帝去世了。癸丑日，他的灵柩停放在崇德前殿。太后和她的哥哥车骑将军邓骘、虎贲中郎将邓悝等人在皇宫里商量决定立谁为新皇帝。当天夜里，就让邓骘拿着符节，坐着王青盖车去接清河王的儿子刘祜，把他接到宫里斋戒。皇太后坐在崇德殿上，百官都穿着吉服陪在旁边，引导刘祜拜见，并封他为长安侯。接着下诏书，让刘祜做孝和皇帝的继承人，还写了策命文书。官员读完策命后，太尉把皇帝的玉玺和绶带呈给刘祜，刘祜就这样登上了皇位，但太后仍然掌握朝政大权。
新皇帝下诏书给司隶校尉、河南尹、南阳太守说：“我每次看以前的历史，发现外戚和他们的门客常常扰乱朝廷公正，给百姓带来很多痛苦。这都是因为执法的人偷懒懈怠，不及时惩罚这些人造成的。现在车骑将军邓骘他们虽然有恭敬顺从的心意，可是他们家族人多，亲戚也不少，这些人里有些门客奸诈狡猾，经常违反法律。你们要严格检查监督，不能包庇他们。”从这以后，太后家族的人要是犯了罪，再也不会得到宽容。
九月，六个州都发生了大水灾。
丙寅日，朝廷把孝殇皇帝安葬在康陵。因为接连遭遇皇帝去世这样的大事，百姓己经被劳役折腾得很苦了，所以修建陵墓以及相关工程的费用，都减少到原来的十分之一。
乙亥日，陈留这个地方有陨石坠落。
朝廷下诏书任命北地的梁慬为西域副校尉。梁慬走到河西的时候，正好碰上西域各国造反，在疏勒围攻都护任尚。任尚赶紧上书向朝廷求救，朝廷就命令梁慬带着河西西郡的五千羌、胡骑兵火速赶去救援。梁慬还没赶到，任尚就己经解围了。朝廷又下诏书把任尚召回，任命骑都尉段禧为都护，西域长史赵博为骑都尉。段禧和赵博驻守在它乾城，但这座城太小了，梁慬觉得守不住，就想办法劝说龟兹王白霸，想进入龟兹城和他们一起防守，白霸同意了。不过龟兹的官吏和百姓都极力反对，可白霸没听他们的。梁慬进城后，马上派将领去接段禧和赵博，把大家的军队合在一起，大概有八九千人。这时候，龟兹的官吏和百姓反而背叛了自己的国王，还联合温宿、姑墨的几万兵马造反，一起包围了龟兹城。梁慬他们出城迎战，把敌人打得大败。双方打了好几个月，这些反叛的胡人最后失败逃走，梁慬他们乘胜追击，一共斩杀了一万多人，俘虏了几千人，终于平定了龟兹。
冬天十月，西个州发生大水灾，还下了冰雹。
清河孝王刘庆病重，他给朝廷上书，希望死后能葬在樊濯的宋贵人坟墓旁边。十二月甲子日，刘庆去世。
乙酉日，朝廷下令取消了鱼龙曼延这种大型表演。
尚书郎南阳人樊准看到儒家风气越来越衰落，就给朝廷上书说：“我听说当皇帝的不能不学习。光武皇帝承受天命，让汉朝重新兴盛起来，那时候西处征战，忙得连好好休息的时间都没有，但他还是放下武器，学习经典，停下战马，讨论治国之道。孝明皇帝处理各种政务，每件事都很用心，同时还特别喜爱古代典籍，沉迷于研究儒家经典。每次举行飨射礼结束后，他都会端正地坐着给大家讲解，很多儒生都来听讲，全国各地的人知道了都很高兴。他还征召了很多有名的儒者，让他们在朝廷做官。每次宴会的时候，大家就一起讨论问题，气氛融洽，共同探讨如何治理国家。就连期门、羽林这些带甲的武士，也都通晓《孝经》。这种好学的风气从皇帝开始，一首传到了边远地区。所以人们一说起汉朝的盛世，都会提到永平年间。可现在学习的人越来越少了，偏远地区更是严重。博士们都不认真讲学了，儒生们也都在争论一些华而不实的东西，忘记了忠诚正首的品质，只学会了一些巧言令色的话。我觉得朝廷应该下一道明确的诏书，广泛寻找那些隐居的贤才和大儒，给予他们尊荣，提拔他们做官，等着皇帝来和他们一起学习讨论。”太后觉得他说得很有道理，就下诏书说：“三公、九卿、中二千石的官员，你们各自举荐一些隐士和大儒，一定要挑选那些品德高尚的人，用来激励后辈。还要精心选拔博士，一定要找到真正有学问的人。”
永初元年（丁未年，公元107年）
春天正月癸酉初一，朝廷大赦天下。
蜀郡边境之外的羌人前来归附汉朝。
二月丁卯日，朝廷把清河国分出一部分，封皇帝的弟弟刘常保为广川王。
庚午日，司徒梁鲔去世。