三月癸酉日，发生了日食。
己卯日，永昌郡边境之外，僬侥种族的夷人首领陆类，带着整个部落前来归附汉朝。
甲申日，朝廷把清河孝王安葬在广丘，派司空和宗正负责操办丧事，葬礼规格和当年东海恭王的一样。
自从和帝去世后，邓骘兄弟就一首住在皇宫里。但邓骘不想长期待在宫中，多次请求回家，太后最终同意了。这年夏天西月，朝廷封太傅张禹、太尉徐防、司空尹勤、车骑将军邓骘，以及城门校尉邓悝、虎贲中郎将邓弘、黄门郎邓阊都为列侯，每人封邑一万户，又因为邓骘有确定皇位继承人的功劳，额外增加三千户食邑。邓骘和他的弟弟们坚决推辞，为了躲开前来封赐的使者，他们辗转奔波到皇宫，连续上了五六次奏章，陈述自己不想接受的心意，太后这才答应他们的辞让。
五月甲戌日，朝廷任命长乐卫尉鲁恭为司徒。鲁恭向朝廷建议说：“按照老规矩，立秋之后才开始审理轻罪案件。但从永元十五年开始，改成了初夏就处理。现在刺史、太守们借着这个由头，在盛夏农忙时把农民抓来审讯，案子一拖再拖。这样做上违天时，下误农时。《月令》里说‘孟夏断薄刑’，本意是那些罪行轻、己经定罪的人，不想让他们长时间关押，所以及时判决。我认为初夏处理轻罪的制度可以保留，但其他案件的审理判决，都应该等到立秋之后再进行。”他还上奏说：“孝章皇帝为了顺应天地运行规律，制定法律规定，所有案件都要在冬至前判决。但有些和朝廷不是一条心的小官吏，只要在十一月抓到犯死罪的人，也不管事情真相如何，马上就处死，就算有可疑的地方，也不再重新审理。应该规定，死刑案件都要在冬月结束前判决。”朝廷采纳了他的建议。
丁丑日，皇帝下诏，封北海王刘睦的孙子、寿光侯刘普为北海王。
九真郡边境之外的地区，还有夜郎的少数民族，也都带着土地前来归附汉朝。
西域都护段禧等人虽然守住了龟兹，但通往内地的道路被阻断，文书都送不出去。朝廷大臣们商议后觉得：“西域又远又难管，经常有人反叛，派官吏士兵去屯田，花费实在太大。”六月壬戌日，朝廷决定撤销西域都护府，派骑都尉王弘征调关中的军队，去接段禧、梁慬、赵博，以及在伊吾卢、柳中屯田的官吏和士兵回来。
当初，烧当羌的首领东号的儿子麻奴跟着父亲投降汉朝，住在安定郡。那时候，投降的羌人分散在各个郡县，被官吏、百姓和豪强当作苦力使唤，心里积攒了很多怨恨。等到王弘向西去接段禧，征调金城、陇西、汉阳等地的几千羌人骑兵一起出发，郡县的官员催着他们赶紧上路。这些羌人害怕被派到远方屯守回不来，走到酒泉的时候，很多人就逃散反叛了。各郡县又派兵拦截，有的还捣毁了他们的村落。这下勒姐、当煎等部落的大首领东岸等人更加惊慌，带着族人一起逃走。麻奴兄弟也跟着部落向西逃出边塞。先零羌的分支滇零，还有锺羌等部落趁机大肆抢劫，还切断了陇道。这些羌人归附汉朝很久了，手里没有武器，有的拿竹竿、树枝当长矛，有的背着木板当盾牌，有的举着铜镜假装兵器。郡县的官员胆小怕事，根本管不住他们。丁卯日，朝廷赦免了所有参与谋反的羌人的罪行。
秋天九月壬午日，太尉徐防因为出现灾异现象和盗贼横行，被皇帝下诏书免职。从徐防开始，有了三公因为灾异被免职的先例。辛未日，司空尹勤也因为连续降雨引发水灾，被皇帝下诏书免职。
仲长统在《昌言》里说：光武皇帝不满前朝几代皇帝大权旁落，愤恨权臣篡夺皇位，所以矫枉过正，不信任下面的官员。虽然设置了三公，但实权都在尚书台。从那以后，三公的职位就只是个摆设了。可一旦国家治理不好，还要受到责备。结果权力落到外戚手里，宠信的又是身边的宦官。他们亲近同党，任用私人，京城内外都是他们的人。这些人颠倒贤愚，买卖官职，让无能的人守边境，让贪婪残暴的人管理百姓，搞得百姓不得安宁，还激怒周边少数民族，引发叛乱。各种灾祸、怨气一起来，阴阳失调，日月星三光黯淡，怪异现象不断，害虫吃庄稼，水灾旱灾频发。这些其实都是外戚和宦官造成的，可朝廷却怪罪三公，甚至让他们死的死、免官的免官，真是让人喊天天不应，悲痛欲绝！而且，后来选拔三公，就看重人老实谨慎、墨守成规，这样的人不过是谨小慎微的普通人，哪配得上三公的职位呢？权力分配成那样，选拔标准又这样，还指望三公为国家立功、为百姓谋福，这不是差得太远了吗！当年汉文帝那么宠爱邓通，可申徒嘉照样能施展自己的志向，让邓通不敢放肆。要是皇帝能这样信任大臣，还怕什么身边的小臣作乱呢！可到了近代，外戚和宦官只要请托的事没办成，或者心里不痛快，就能立刻让人陷入大祸，谁还敢弹劾他们呢！以前是给三公的权力大、责任轻，现在是权力小、责任重。光武帝削弱三公权力，到现在变本加厉；不把权力给太后家族，几代下来一首如此，这就是亲疏不同导致的啊！现在皇帝要是真能把大权交给三公，让他们各司其职、承担责任。要是有官员祸害百姓，选拔的人不贤能，百姓生活不安定，争端不断，天地出现异常现象，再追究三公的责任也不迟！
壬午日，皇帝下诏：太仆、少府要裁减黄门鼓吹的人数，把裁下来的人补充到羽林军；不是皇帝常用的马匹，饲料减半；除了供奉宗庙和皇陵要用的东西，其他正在建造的项目都先停工。
庚寅日，朝廷任命太傅张禹为太尉，太常周章为司空。
大长秋郑众、中常侍蔡伦等人都手握大权，参与朝政。周章多次向太后进谏，说些实在的话，但太后都不听。当初，太后因为平原王刘胜身患顽疾，又贪图殇帝还是个婴儿好控制，就把殇帝养在身边并立他为皇帝。殇帝去世后，大臣们觉得刘胜的病没那么严重，都希望立他为帝。太后担心之前没立刘胜，以后会遭他怨恨，就迎立了现在的皇帝。周章见大家都不心服，就密谋关闭宫门，杀掉邓骘兄弟和郑众、蔡伦，劫持尚书台官员，把太后软禁在南宫，再把现在的皇帝封为偏远地区的王，改立平原王为帝。事情败露后，这年冬天十一月丁亥日，周章自杀。
戊子日，皇帝下令给司隶校尉和冀州、并州的刺史：“现在有些百姓听信谣言，吓得离开家乡，老老少少相互搀扶，在路途中挨饿受困。你们要督促下属官员亲自去劝说百姓：如果想回原籍，当地官府就给他们开具证明；不想回去，也别强迫。”
十二月乙卯日，朝廷任命颍川太守张敏为司空。
皇帝下诏，让车骑将军邓骘、征西校尉任尚率领五营和各郡的五万大军，驻扎在汉阳，防备羌人作乱。
这一年，全国有十八个郡国发生地震，西十一个郡国发大水，二十八个郡国遭遇大风、冰雹天气。
鲜卑的首领燕荔阳到京城朝贺。太后赐给他王的印绶，还有红色的车子和三匹马的车驾，让他在乌桓校尉驻扎的宁城下安顿下来，允许他和中原进行贸易，还修建了南北两座质子馆。鲜卑的一百二十个部落，每个都派人质到这里。
永初二年（戊申年，公元108年）
春天正月，邓骘率军到达汉阳。可各郡的军队还没到齐，几千名钟羌人就在冀西把邓骘的军队打败了，汉军一千多人被杀。梁慬从西域返回，走到敦煌时，接到诏书让他留下来作为各路军队的后援。梁慬又赶到张掖，在这里打败了一万多羌人，只有十分之二三的羌人逃脱；他继续进军到姑臧，羌人的三百多个大首领向他投降。梁慬好言安抚，又把他们送回原来的居住地。
御史中丞樊准看到各郡国连年遭受水旱灾害，百姓大多饥寒交迫，就向朝廷上书：“请下令让太官、尚方、考功、上林苑等部门，切实削减不必要的开支；让太傅、太尉、司徒、司空、大将军这五府精简京城的官吏和服役的人。受灾的郡县，百姓生活困苦，只靠救济恐怕解决不了问题，有时候名义上是在救济，实际上百姓根本得不到实惠。可以按照征和元年的做法，派使者拿着符节去安抚百姓，把特别贫困的人迁到荆州、扬州那些收成好的郡县。现在虽然有西部屯守的战事，但应该先解决东部地区百姓的燃眉之急。”太后采纳了他的建议，把公有土地都分给贫民，还提拔樊准和议郎吕仓为守光禄大夫。二月乙丑日，派樊准去冀州、吕仓去兖州，负责开仓放粮、救济百姓，流亡的百姓这才得以休养生息。
这年夏天发生旱灾。五月丙寅日，皇太后亲自到洛阳官署和若卢监狱，审查囚犯的案卷。洛阳有个囚犯，其实没杀人，却在严刑拷打下被迫认罪。他瘦弱疲惫，被人抬着来见太后，因为害怕官吏，不敢说出真相。太后准备离开时，他抬头好像想说什么。太后察觉有异，就把他叫回来询问，终于了解到他被冤枉的实情，当场就把洛阳县令抓起来治罪。太后回宫的路上，大雨倾盆而下。
六月，京城及西十个郡国遭遇大水、大风和冰雹灾害。秋天七月，太白星（金星）运行至北斗星座区域。闰月辛丑日，广川王刘常保去世，因无子嗣，封国被废除。
癸未日，蜀郡边境外族羌人献地归附汉朝。
冬季，邓骘派任尚与从事中郎司马钧率各郡军队，在平襄与滇零等数万羌人交战，汉军大败，八千余人战死。羌人势力自此强盛，朝廷无法遏制。湟中地区粮价暴涨至每石万钱，百姓死亡无数，而粮草转运困难加剧。原左校令庞参因犯法在若卢服役，派儿子庞俊上书建议：“长途运粮损耗巨大，不如让邓骘暂时撤军，留任尚督率凉州军民迁居三辅，恢复生产积蓄力量，待羌人疲惫时再出奇制胜。”奏书呈上时，恰逢樊准举荐庞参，太后立即将庞参从囚徒中提拔为谒者，派他西去督导三辅各军屯驻。十一月辛酉日，朝廷命邓骘回师，留任尚屯驻汉阳指挥各军，同时派使者迎接邓骘并拜为大将军。邓骘抵达京城时，大鸿胪亲自迎接，中常侍到郊外慰劳，王侯公主以下官员沿途等候，恩宠显赫震动朝野。
滇零自称天子，在北地招集武都参狼羌、上郡与西河各羌族部落，切断陇道，劫掠三辅地区，又南下益州杀死汉中太守董炳。梁慬接诏本应屯驻金城，听闻羌人进攻三辅，立即率兵驰援，在武功、美阳一带连战连捷，羌人逐渐退散。十二月，广汉塞外参狼羌投降。这一年，十二个郡国发生地震。
永初三年（公元109年）
正月庚子日，安帝行成年加冠礼，大赦天下。朝廷派骑都尉任仁督率各郡屯兵救援三辅，但多次战败。当煎、勒姐羌攻占破羌县，钟羌攻占临洮县，生擒陇西南部都尉。
三月，京城发生严重饥荒，出现人相食惨剧。壬辰日，公卿大臣到皇宫请罪，安帝下诏要求“务必想办法恢复阴阳调和，弥补朕的不足”。
壬寅日，司徒鲁恭被罢免。他两度担任三公，选拔的高才之士中有数十人官至列卿、郡守，但门下老臣有的未被举荐，甚至心生怨恨。鲁恭听闻后说：“学问不精是我担忧的，学生们不是可以通过乡里举荐入仕吗！”始终不解释，也不借助议论平息争议。他教导学生时必深究疑难，学业有成后才让其离去，学生们都说：“鲁公亲自指导论辩，求学不可虚度。”