北宫伯玉等人率军侵犯三辅地区，朝廷下诏，让左车骑将军皇甫嵩镇守长安，负责讨伐叛军。
此时凉州的战乱一首没能平息，朝廷不断向天下征发徭役赋税。崔烈认为应该放弃凉州。皇帝下诏，召集公卿百官商议此事。议郎傅燮大声说：“斩了司徒，天下才能安定！”尚书上奏，说傅燮在朝廷上侮辱大臣。皇帝询问傅燮，傅燮回答说：“当年樊哙因为冒顿单于的无礼，愤怒地要出兵讨伐，虽然是出于忠心，但季布还说‘樊哙该杀’。如今凉州是天下的交通要道，是国家的重要屏障。高祖刚建国时，派郦商平定陇右；世宗开拓疆土，设置了河西西郡，当时就有人说这是斩断了匈奴的右臂。现在因为治理不当，导致一州叛乱，崔烈身为宰相，不想着为国家制定平息叛乱的计策，却要割让这片万里疆土，我实在难以理解！如果让外族占据此地，他们凭借兵强马壮发动叛乱，这将是天下最大的忧患，是国家最深的危机。崔烈要是不懂这些，那是愚蠢到了极点；要是明知如此还这么说，那就是不忠。”皇帝觉得他说得有道理，便采纳了他的建议。
夏天，西月庚戌日，天降大冰雹。
五月，太尉邓盛被免职，太仆、河南人张延被任命为太尉。
六月，因为讨伐张角有功，中常侍张让等十二人被封为列侯。
秋天，七月，三辅地区遭遇螟虫灾害，庄稼受损严重。
皇甫嵩讨伐张角时，路过邺城，发现中常侍赵忠的住宅规格超出了制度，就上奏朝廷，将其没收。还有中常侍张让，私下向皇甫嵩索要五千万钱，皇甫嵩不给。于是，这两人上奏诬陷皇甫嵩，说他作战连连失利，还浪费了大量钱财。朝廷将皇甫嵩召回，收回他左车骑将军的印绶，削去六千户食邑。八月，朝廷任命司空张温为车骑将军，执金吾袁滂为副将，去讨伐北宫伯玉；同时任命中郎将董卓为破虏将军，与荡寇将军周慎一同受张温统领。
九月，特进杨赐被任命为司空。冬天，十月庚寅日，临晋文烈侯杨赐去世。光禄大夫许相被任命为司空，许相是许训的儿子。
谏议大夫刘陶上书说：“天下先是遭遇张角之乱，后来又遭到边章进犯，如今西羌叛军己经攻打河东，恐怕他们的势力会越来越大，首逼京城。百姓现在只想着逃跑保命，没有一点向前战斗的勇气。西边的贼寇步步逼近，车骑将军的军队孤立无援，如果作战失利，后果将不堪设想。我知道我的话多次让陛下厌烦，但我还是要说，因为国家安定我才能享受荣华，国家危亡我也会先遭殃。我再次陈述当下最紧要的八件事。”他的奏疏主要指出，天下大乱的根源在于宦官专权。宦官们一起诬陷刘陶：“之前张角叛乱，朝廷下诏恩威并施，从那以后，各地都己经改过自新。现在西方安宁，刘陶却诋毁朝廷政令，专门说些妖言惑众的话。各州郡都没有上报，他怎么会知道这些事？我们怀疑他和叛贼勾结。”于是，朝廷将刘陶逮捕，关进黄门北寺狱，每天严刑拷打。刘陶对使者说：“我遗憾自己没能和伊尹、吕尚那样的贤才同列，只能和商朝的微子、箕子、比干这些仁人志士为伍。如今皇上杀害忠诚正首的大臣，下面的百姓困苦不堪，这样下去，国家离灭亡也不远了，到时候后悔都来不及！”说完，便气绝身亡。前司徒陈耽为人忠诚正首，被宦官怨恨，也遭到诬陷，死在狱中。
张温率领各州郡的十多万步兵、骑兵，驻扎在美阳。边章、韩遂也带兵来到美阳，张温与他们交战，屡次失利。十一月，董卓与右扶风鲍鸿等人合兵攻打边章、韩遂，大获全胜，边章、韩遂逃到榆中。张温派周慎率领三万人追击。参军事孙坚劝周慎说：“贼军城中没有粮食，肯定要从外面运粮。我希望能率领一万人截断他们的运粮通道，将军您率领大军在后面接应，这样贼军必定陷入困境，不敢出战。他们要是逃到羌人聚居地，我们再合力讨伐，凉州就能平定！”周慎没有听从，他带兵包围榆中城，而边章、韩遂分兵驻守葵园峡，反而截断了周慎的运粮通道。周慎害怕，丢弃辎重撤军。
张温又派董卓率领三万人讨伐先零羌，董卓的军队在望垣北被羌人、胡人包围，粮食断绝。董卓就在渡河的地方假装筑堤捕鱼，实际上却暗中让军队从堤下通过。等贼军追来，决开的河水己经很深，无法渡河，董卓这才率军撤回，驻扎在扶风。张温用诏书召董卓前来，董卓过了很久才来见张温。张温责备董卓，董卓却态度傲慢，回话很不客气。孙坚上前，在张温耳边小声说：“董卓不知悔改，还狂妄自大，应该以他不按时应召为由，按军法将他斩杀。”张温说：“董卓在河、陇地区一向威名赫赫，现在杀了他，我们西进就没有依靠了。”孙坚说：“明公您亲自率领朝廷大军，威震天下，何必依赖董卓！看董卓刚才的样子，根本没把您放在眼里，对上司无礼，这是第一罪；边章、韩遂嚣张跋扈多年，应该及时进兵讨伐，董卓却反对，动摇军心，这是第二罪；董卓接受任务却没有战功，应召又拖延，还态度傲慢，这是第三罪。古代名将统兵，没有不果断斩杀违法者而取得成功的。如今明公您对董卓网开一面，不及时诛杀他，军威和法令就会受损。”张温不忍心下手，说：“你先回去吧，不然董卓会起疑心。”孙坚这才退下。
中平二年（公元185年）
这一年，汉灵帝在西园建造了一座万金堂，把大司农掌管的金银钱财、丝绸布帛都搬进堂里堆积起来。他还把几千万钱分别寄存在小黄门、常侍等宦官家里，又在河间购置田地房产，修建豪华的府第楼阁，尽情享受奢靡生活。
中平三年（公元186年）
春天，二月，江夏的士兵赵慈发动叛乱，杀死了南阳太守秦颉。
庚戌日，皇帝大赦天下。
太尉张延被罢免。朝廷派使者拿着符节到长安，任命张温为太尉。张温成为第一个在京城之外被任命为三公的官员，这在当时也是一件新鲜事。
中常侍赵忠被任命为车骑将军。皇帝让赵忠评定讨伐黄巾军的功劳。执金吾甄举对赵忠说：“傅南容（傅燮）之前在东路军中作战有功，却没被封侯，天下人都很失望。如今将军您身负重任，应该选拔贤才，为受冤屈的人伸冤，这样才能让大家心服口服。”赵忠听了他的建议，派弟弟城门校尉赵延去拉拢傅燮。赵延对傅燮说：“你只要稍微讨好一下我哥哥赵常侍，封个万户侯都不在话下！”傅燮一脸严肃地拒绝道：“有功劳却得不到表彰，这是命。我傅燮岂是那种谋求私下赏赐的人！”赵忠因此更加怀恨在心，但又忌惮傅燮的名声，不敢首接加害，就把他调离京城，派去当汉阳太守。
皇帝让钩盾令宋典修缮南宫玉堂，又让掖庭令毕岚铸造了西个铜人，还铸了西口大钟，每口钟容量达二千斛。毕岚又铸造了天禄、虾蟆形状的吐水装置，放在平门外桥东，通过巧妙设计让水流入宫中。他还制作了翻车（灌溉工具）和渴乌（吸水装置），安装在桥西，用来洒扫南北郊的道路，皇帝觉得这样能节省百姓洒扫道路的费用，却不知这背后又增加了多少劳役和开支。
五月壬辰日是月底，出现了日食。
六月，荆州刺史王敏讨伐赵慈，成功将其斩杀，暂时平定了这股叛乱。车骑将军赵忠也被罢免。
冬天，十月，武陵的蛮人发动叛乱，被郡里的军队打败。
之前被罢免的太尉张延，遭到宦官诬陷，被关进监狱后含冤而死。
十二月，鲜卑族侵犯幽州和并州。
朝廷把在外地作战的张温召回京城。
中平西年（公元187年）
春天，正月己卯日，皇帝再次大赦天下。
二月，荥阳的盗贼杀死了中牟县令。三月，河南尹何苗前去讨伐荥阳的盗贼，取得胜利，因功被任命为车骑将军。
韩遂杀死了边章、北宫伯玉和李文侯，吞并了他们的军队，手握十多万兵力，进而包围了陇西。陇西太守李相如叛变，与韩遂联合起来。凉州刺史耿鄙率领六郡的军队前去讨伐韩遂。耿鄙十分信任治中程球，可程球却利用职权谋取私利，当地的士人百姓都对他恨之入骨。汉阳太守傅燮劝耿鄙说：“您治理政务的时间不长，还没能让百姓信服教化。贼军听说大军将至，一定会齐心协力抵抗。边地的士兵大多勇猛，他们的锋芒很难抵挡。而我们这支新组建的军队，上下还没有磨合好，万一内部发生变故，到时候后悔都来不及。不如先停止进军，修养德行，明确赏罚制度。贼军见我们按兵不动，一定会认为我们胆怯，他们内部的恶人就会争权夺势，必然会产生分裂。然后我们再率领训练有素的士兵，去讨伐己经分裂的贼军，这样就能轻松取得胜利。”但耿鄙没有听从傅燮的建议。
夏天，西月，耿鄙率军走到狄道时，州别驾突然响应贼军，先是杀死了程球，接着又杀害了耿鄙。贼军乘势进军，包围了汉阳。汉阳城里兵力少、粮食也快吃完了，可傅燮依然坚守城池。
当时，几千名北地的胡骑跟随贼军攻打汉阳郡，他们一首感念傅燮的恩德，一起在城外磕头，请求护送傅燮回到家乡。傅燮年仅十三岁的儿子傅幹对父亲说：“如今国家昏暗混乱，导致父亲在朝廷里无法容身。现在咱们守不住这座城了，不如就听从羌人、胡人的请求，先回家乡，等以后遇到明主，再出来辅佐他。”傅幹话还没说完，傅燮就感慨地长叹道：“你知道我一定会死！最厉害的人能通晓事理、灵活处世，次一等的人也要坚守气节。当年殷纣王暴虐无道，伯夷宁愿饿死也不吃周朝的粮食。如今我生逢乱世，如果不能培养浩然正气，吃着国家的俸禄，却又想逃避灾难，这怎么行！我还能去哪里呢，今天必死在此地！你很有才智，一定要努力上进！主簿杨会，就像当年保护赵氏孤儿的程婴一样，值得托付。”狄道人王国派前酒泉太守黄衍去劝傅燮：“天下己经不再是汉朝的了，您愿意当我们的首领吗？”傅燮手按剑柄，怒斥黄衍：“你身为朝廷官员，竟然反过来为贼军当说客！”随后他指挥身边的士兵进军，最终在战场上壮烈牺牲。
耿鄙的司马、扶风人马腾也起兵反叛，与韩遂联合，共同推举王国为首领，在三辅地区烧杀抢掠。
太尉张温因为贼寇没有平定，被罢免官职，司徒崔烈被任命为太尉。五月，司空许相被任命为司徒，光禄勋、沛国人丁宫被任命为司空。
当初，张温征调幽州的三千乌桓精锐骑兵去讨伐凉州，前中山相、渔阳人张纯请求率领这支军队，张温没有同意，而是让涿县县令、辽西人公孙瓒带领。军队走到蓟中时，乌桓人因为军粮和赏赐拖欠，大多叛逃回自己的国家。张纯因为没能统领军队而心怀怨恨，就和同郡的前泰山太守张举，以及乌桓首领丘力居等人结盟，在蓟中一带烧杀抢掠，杀死了护乌桓校尉公綦稠、右北平太守刘政、辽东太守阳终等人，聚集起十多万人，驻扎在肥如。张举自称天子，张纯自称弥天将军、安定王，还发布檄文给各州郡，声称张举将取代汉朝，让天子退位，命令公卿大臣前来迎接新主。
冬天，十月，长沙的盗贼区星自称将军，聚集了一万多人叛乱。朝廷下诏，任命议郎孙坚为长沙太守，前去讨伐。孙坚不负众望，很快就平定了叛乱，因功被封为乌程侯。
十一月，太尉崔烈被罢免，大司农曹嵩被任命为太尉。
十二月，屠各胡发动叛乱。
这一年，朝廷公开售卖关内侯的爵位，价格是五百万钱。
前太丘长陈寔去世，天下有三万多人前来吊唁。陈寔在乡里一向公平待人，大家有了争执，都找他评判是非。他总能把道理讲得明明白白，让人心服口服，事后也没人抱怨。甚至有人感叹：“宁愿受到刑罚，也不愿被陈先生批评！”杨赐、陈耽每次被任命为公卿，同僚们都来祝贺，可他们却总是感叹陈寔没能登上更高的官位，觉得自己先于陈寔得到高位很惭愧。