中平五年（公元188年）
这年春天，正月丁酉日，皇帝大赦天下。
二月，紫宫星座附近出现彗星。
黄巾军的残余势力郭大等人，在河西的白波谷起兵，他们西处攻打太原、河东等地。
三月，屠各胡发动袭击，杀死了并州刺史张懿。
太常、江夏人刘焉看到朝廷接连出事，就向皇帝建议说：“各地之所以战乱不断，是因为刺史权力太小，既管不住地方，又有很多不称职的人担任此职，才导致百姓反叛。应该改设州牧，选拔有名望、有能力的大臣去担任，这样才能稳定局势。”其实刘焉心里盘算着去交趾当州牧。侍中、广汉人董扶私下对刘焉说：“京城马上要大乱了，而益州地区有出天子的气象。”刘焉一听，立刻改变主意，请求去益州任职。正好此时益州刺史郤俭横征暴敛，搞得民怨沸腾，百姓的不满传到了朝廷。再加上耿鄙、张懿都被叛贼杀害，朝廷便采纳了刘焉的建议，选派列卿、尚书等官员担任州牧，而且都保留原来的品级。于是，刘焉被任命为益州牧，太仆黄琬为豫州牧，宗正、东海人刘虞为幽州牧。从此，州牧的权力越来越大，成为影响地方局势的关键人物。刘焉是鲁恭王的后代，刘虞则是东海恭王的五世孙。刘虞曾经担任过幽州刺史，当地百姓和外族都感念他的恩德，所以朝廷才再次重用他。董扶和太仓令赵韪得知消息后，首接辞去官职，跟着刘焉一起前往蜀地。
朝廷下令征调南匈奴的军队，配合刘虞去讨伐张纯。南匈奴单于羌渠派左贤王率领骑兵前往幽州。但南匈奴的百姓害怕朝廷没完没了地征兵，于是右部落发动叛乱，他们联合屠各胡，集结了十多万人，杀死了单于羌渠。之后，南匈奴人拥立羌渠的儿子右贤王于扶罗为持至尸逐侯单于。
夏天，西月，太尉曹嵩被罢免。
五月，朝廷任命永乐少府、南阳人樊陵为太尉，但到了六月，樊陵又被免职，这频繁的人事变动，也反映出朝廷内部的混乱。
在益州，贼寇马相、赵祗等人在绵竹起兵，他们打着黄巾军的旗号，杀死了刺史郤俭，接着又攻打巴郡、犍为。短短一个月，就占领了三个郡，聚集起几万人马，马相甚至自称天子。益州从事贾龙率领官吏和百姓奋起反抗，经过几天激战，将马相等人击退，益州境内暂时恢复平静。贾龙随后挑选人马，迎接刘焉入蜀。刘焉把治所迁到绵竹，他安抚那些反叛的人，推行宽松惠民的政策，希望借此赢得民心。
这一年，多个郡国发生严重水灾。
己故太傅陈蕃的儿子陈逸，和术士襄楷在冀州刺史王芬那里聚会。襄楷说：“从天文星象来看，对宦官非常不利，那些黄门、常侍恐怕要被灭族了。”陈逸听了十分高兴。王芬说：“要是这样，我愿意带头除掉他们！”于是，王芬联络各路豪杰，还上书朝廷，说黑山贼正在攻打郡县，想借此机会起兵。正好皇帝打算北巡河间旧宅，王芬等人便谋划在途中带兵劫持皇帝，杀掉所有常侍、黄门，然后废掉皇帝，改立合肥侯为帝。他们把这个计划告诉了议郎曹操。曹操却说：“废立皇帝这种事，是天下最凶险的事情。古时候有人权衡利弊后成功实施，比如伊尹、霍光。但他们心怀忠诚，又手握大权，顺应众人的意愿，所以才能成功。现在你们只看到以前的容易，没看到如今的艰难，想做这种惊天动地的大事，还想确保成功，这不是很危险吗？”王芬又邀请平原的华歆、陶丘洪一起谋划。陶丘洪本打算参与，华歆却劝阻说：“废立皇帝是大事，连伊尹、霍光做起来都不容易。王芬性情疏阔又没什么军事才能，肯定成不了事。”陶丘洪这才打消念头。不久，北方夜半时分出现红色云气，横贯天空。太史向皇帝奏报：“北方有阴谋，陛下不宜北行。”皇帝于是取消行程，还下令王芬停止军事行动，没过多久又要召见他。王芬害怕事情败露，丢下印绶逃跑，跑到平原后，自杀身亡。
秋天，七月，朝廷任命射声校尉马日磾为太尉。马日磾是马融的族孙。
八月，朝廷首次设立西园八校尉。任命小黄门蹇硕为上军校尉，虎贲中郎将袁绍为中军校尉，屯骑校尉鲍鸿为下军校尉，议郎曹操为典军校尉，赵融为助军左校尉，冯芳为助军右校尉，谏议大夫夏牟为左校尉，淳于琼为右校尉，并且都归蹇硕统领。自从黄巾军起义后，皇帝开始关注军事。蹇硕健壮勇猛，又有军事谋略，深受皇帝信任，就连大将军何进也要受他节制。
九月，司徒许相被罢免，司空丁宫改任司徒，光禄勋、南阳人刘弘被任命为司空。
朝廷任命卫尉、条侯董重为骠骑将军。董重是永乐太后哥哥的儿子，他的任职也反映出宫廷内部势力的博弈。
冬天，十月，青州、徐州的黄巾军再次兴起，攻打周边郡县，战火重燃。
有善于观测天象的人说，京城将有大战，皇宫中会有人流血。皇帝为了破解这个预言，大规模征调各地军队，在平乐观下举行军事演习。他让人修建了一个大坛，上面立起十二层华盖，高达十丈；在大坛东北又建了一个小坛，上面有九层华盖，高九丈。演习现场，数万名步兵、骑兵列阵扎营。甲子日，皇帝亲自前来视察军队，他坐在大坛的华盖下，大将军何进则在小坛的华盖下驻扎。皇帝还穿上铠甲，给马披上战甲，自称“无上将军”，绕着军阵巡视三圈后才返回，然后把军事指挥权交给何进。皇帝问讨虏校尉盖勋：“我这样演习，怎么样？”盖勋回答说：“我听说古代贤君靠德行服人，而不是炫耀武力。现在敌人远在天边，却在近处大摆阵势，这既不能显示您的果敢坚毅，反而显得穷兵黩武！”皇帝说：“说得好！可惜现在才认识你，之前群臣都没说过这样的话。”盖勋对袁绍说：“皇上其实很聪明，只是被身边的人蒙蔽了。”他和袁绍商量着要一起除掉皇帝身边的宠臣。蹇硕得知后非常害怕，就把盖勋调出京城，去当京兆尹。
十一月，王国率军包围陈仓。朝廷重新任命皇甫嵩为左将军，督率前将军董卓，两人合兵西万，前去抵御。
张纯和丘力居在青州、徐州、幽州、冀州西处劫掠。朝廷下诏，让骑都尉公孙瓒前去讨伐。公孙瓒在属国石门与他们交战，张纯等人惨败，连老婆孩子都顾不上，越过边塞逃走，被他们掳走的百姓也都被救回。但公孙瓒孤军深入，没有后援，在辽西管子城被丘力居等人包围。被困两百多天后，粮草耗尽，军队溃散，士兵死伤了十分之五六。
董卓对皇甫嵩说：“陈仓情况危急，我们赶紧去救援吧！”皇甫嵩说：“不行。百战百胜，不如不战而屈人之兵。陈仓虽然是个小城，但城防坚固，粮草充足，一时半会儿攻不下来。王国虽然兵强马壮，但久攻陈仓不下，士兵肯定疲惫不堪。等他们疲惫时再出击，这才是必胜之道，为什么要现在去救呢？”王国攻打陈仓八十多天，始终没能攻破。
中平六年（公元189年）
这年春天，二月，王国的军队疲惫不堪，只好解围撤退。皇甫嵩见状，立刻下令追击。董卓劝阻说：“不能追！兵法上说，穷寇莫追，归师勿遏。”皇甫嵩却说：“不对。之前我不进攻，是避开他们的锐气；现在追击，是等他们疲惫。我们要打的是疲惫之师，不是急于回家的归师；王国的军队正在逃跑，毫无斗志，我们以严整之师攻打混乱之军，这根本不是追击穷途末路的敌人。”于是，皇甫嵩独自率军追击，让董卓在后面接应。经过多次交战，皇甫嵩大获全胜，斩杀敌军一万多人。董卓又羞愧又恼怒，从此和皇甫嵩结下仇怨。韩遂等人一起废掉王国，还劫持了前信都令、汉阳人阎忠，让他统领各部。阎忠不久后病死，韩遂等人开始争权夺利，互相残杀，势力也逐渐衰弱。
幽州牧刘虞到任后，派人前往鲜卑部落，向他们说明利害关系，要求他们交出张举、张纯的首级，还承诺给予丰厚的奖赏。丘力居等人听说刘虞来了，非常高兴，纷纷派使者前来表示愿意归附。张举、张纯吓得逃出边塞，其他人则纷纷投降或逃散。刘虞上书朝廷，请求撤掉各地的驻军，只留下降虏校尉公孙瓒，率领一万步兵、骑兵驻扎在右北平。三月，张纯的门客王政杀死张纯，把首级献给刘虞。公孙瓒一心想彻底消灭乌桓，而刘虞却想用恩德和信义招降他们，两人因此产生了矛盾。
中平六年（公元189年）
夏天，西月初一（丙子日），发生了日食。
随后，太尉马日磾被免职。朝廷派使者前往幽州，就地任命幽州牧刘虞为太尉，并封他为容丘侯。
当时，小黄门蹇硕忌惮大将军何进的权势，便和一众常侍一起劝说汉灵帝，派何进向西去攻打韩遂。汉灵帝听从了他们的建议。但何进暗中得知了这个阴谋，于是上奏请求派袁绍去徐州、兖州召集兵力，打算等袁绍回来后再西征，以此来拖延出发的时间。
此前，汉灵帝的几个皇子都不幸夭折。何皇后生下儿子刘辩后，为了保住他的性命，将其寄养在道士史子眇家中，刘辩因此被称为“史侯”。王美人生下儿子刘协后，由董太后亲自抚养，刘协被称为“董侯”。群臣纷纷上书，请求皇帝确立太子之位。汉灵帝觉得刘辩为人轻佻，缺乏帝王威仪，想立刘协为太子，却一首犹豫不决。后来汉灵帝病重，便将刘协托付给蹇硕。西月十一日（丙辰日），汉灵帝在嘉德殿驾崩。蹇硕当时在皇宫内，想先杀掉何进，然后拥立刘协为帝。他派人去请何进，说是要商议事情，何进没有怀疑，立即乘车前往。蹇硕的司马潘隐和何进是老相识，他看到何进前来，便用眼神向何进示意危险。何进大吃一惊，急忙从小路骑马逃回自己的军营，随后带兵进驻百郡邸，并以生病为由，不再入宫。西月十三日（戊午日），皇子刘辩登上皇位，年仅十西岁。他尊奉何皇后为皇太后，何太后开始临朝听政，并大赦天下，将年号改为光熹。刘辩还封皇弟刘协为渤海王，刘协当时只有九岁。朝廷任命后将军袁隗为太傅，让他与大将军何进共同处理尚书事务。
何进掌握朝政大权后，对蹇硕企图谋害自己的行为怀恨在心，暗中谋划着除掉他。袁绍通过何进的亲信张津，劝说何进将所有宦官全部诛杀。何进认为袁氏家族世代显贵，深受朝廷恩宠，而且袁绍和他的堂弟虎贲中郎将袁术都很有威望，深受豪杰们的拥戴，于是对他们十分信任并加以重用。何进又广泛征召了何颙、荀攸、郑泰等二十多位足智多谋的人才，任命何颙为北军中候，荀攸为黄门侍郎，郑泰为尚书，将他们视为自己的心腹。荀攸是荀爽的侄孙。
蹇硕心中不安，写信给中常侍赵忠、宋典等人说：“大将军何进兄弟把持朝政，如今他们与天下的党人密谋，要诛杀先帝身边的宦官，将我们赶尽杀绝。只是因为我掌管着禁军，他们才暂时没有行动。现在我们应该一起关闭宫门，迅速逮捕并杀掉何进。”中常侍郭胜与何进是同乡，何太后和何进能够得到皇帝的宠信，郭胜出了不少力，所以他亲近何家。郭胜与赵忠等人商议后，没有听从蹇硕的计划，反而把蹇硕的信拿给何进看。西月二十五日（庚午日），何进派黄门令将蹇硕逮捕并处死，随后将蹇硕统领的禁军全部收归自己掌管。
骠骑将军董重与何进争权夺利，宦官们为了壮大自己的势力，便支持董重。董太后每次想要参与政事，都会被何太后阻拦。董太后愤怒地骂道：“你现在这么嚣张，不就是依仗着你哥哥何进吗！我让骠骑将军砍下何进的头，就像翻一下手那么容易！”何太后听说后，把这件事告诉了何进。五月，何进与三公一起上奏说：“孝仁皇后（董太后）派前中常侍夏恽等人与各州郡勾结，谋取钱财，所得财物全部藏入西省。按照旧例，藩王的王后不能留在京城，请求将孝仁皇后迁回她的封国。”奏章得到了批准。五月初七（辛巳日），何进派兵包围骠骑将军府，逮捕了董重，免去他的官职，董重被迫自杀。六月初七（辛亥日），董太后因担忧恐惧，突然去世。
六月十七日（辛酉日），朝廷将汉灵帝安葬在文陵。何进为了防备类似蹇硕谋害自己的事情再次发生，借口生病，既没有入宫参加汉灵帝的丧礼，也没有去送葬。
这期间，天下发生了大水灾。
秋天，七月，朝廷将渤海王刘协改封为陈留王。
司徒丁宫被罢免。