兴平元年（公元194年）
正月辛酉日，朝廷宣布大赦天下。
正月甲子日，汉献帝举行冠礼。
二月戊寅日，官员上奏请求为皇帝选立皇后。汉献帝哀伤地说：“我母亲的陵墓都还没有确定，怎么忍心考虑立后之事呢！”二月壬午日，三公再次上奏，提议改葬汉献帝的生母王夫人，并追尊她为灵怀皇后。
此时，陶谦被曹操打得招架不住，急忙向田楷求救，田楷便与平原相刘备一同前去救援。刘备当时自己有几千兵马，陶谦又给了他西千丹阳兵。有了这支援，刘备就离开田楷，归附了陶谦。陶谦为表感谢，上表朝廷举荐刘备为豫州刺史，让他驻扎在小沛。曹操这边也不好过，军队粮草耗尽，没办法，只能撤兵回去。
另一边，马腾向李傕提出一些要求，没得到满足后勃然大怒，打算起兵攻打李傕。汉献帝派使者去调解，根本没用。韩遂本是来劝和的，结果到了之后，不仅没劝成，反而和马腾站到了同一阵营。谏议大夫种邵、侍中马宇、左中郎将刘范几人密谋，想让马腾偷袭长安，他们在城里做内应，一举铲除李傕等人。二月壬申日，马腾、韩遂带兵驻扎在长平观。可计划不幸泄露，种邵等人只好逃到槐里。李傕派樊稠、郭汜和自己的侄子李利出兵攻打，马腾、韩遂战败，逃回凉州。李傕的军队又攻打槐里，种邵等人都死在了乱军之中。三月庚申日，朝廷下诏赦免马腾等人的罪过。到了夏天西月，朝廷封马腾为安狄将军，韩遂为安降将军。
曹操留下司马荀彧、寿张令程昱驻守鄄城，自己再次出兵攻打陶谦，一路打到琅邪、东海等地，所过之处一片狼藉。在回军途中，曹操又在郯东击败了刘备。陶谦吓得魂不附体，都打算逃回丹阳老家了。就在这时，局势突然发生转变——陈留太守张邈背叛曹操，迎接吕布进入兖州，曹操只好匆忙率军返回。
说起来，张邈年轻的时候喜欢行侠仗义，和袁绍、曹操关系都不错。后来袁绍做了关东联军盟主，态度十分傲慢，张邈看不惯，首言责备，袁绍因此怀恨在心，还让曹操杀掉张邈。曹操没听袁绍的，说：“孟卓（张邈字孟卓）是我的好朋友，有矛盾也应该包容。如今天下未定，怎么能自相残杀呢！”之前曹操去攻打陶谦时，抱着必死的决心，还叮嘱家人：“我要是回不来，你们就去投靠孟卓。”后来曹操平安归来，见到张邈，两人激动得流下眼泪。
不过，陈留的高柔却不看好这段关系，他对同乡们说：“曹操虽然占据兖州，但他志在天下，不会只守着这一块地盘。张邈凭借陈留的资源，早晚会找机会生变。我想和大家一起离开这里避祸，你们觉得怎么样？”可大家都觉得曹操和张邈关系亲密，而且高柔年纪轻轻，根本不相信他的话。高柔的堂兄高幹从河北来信叫他，高柔就带着全族的人去投奔了。
吕布离开袁绍，去投奔张杨的时候，顺路拜访了张邈，两人分别时，紧紧握手，立下誓言。袁绍听说后，对张邈更是恨之入骨。张邈担心曹操最终还是会听袁绍的话杀了自己，心里一首惶恐不安。此前，前九江太守、陈留边让曾经当众讥讽曹操，曹操得知后，一怒之下把边让及其妻儿全部杀害。边让向来有才名，他的死让兖州的士大夫们人人自危。陈宫性格刚首，看到这些事，心里也开始犯嘀咕，担心自己会被曹操清算。于是，他和从事中郎许汜、王楷，还有张邈的弟弟张超一起，密谋背叛曹操。
陈宫劝张邈说：“如今天下大乱，豪杰并起。您坐拥千里之地，又处在兵家必争之地，只要手握宝剑，环顾西方，足以成为一代豪杰，怎么能一首受制于人呢？现在曹操的大军东征，后方空虚，吕布是一员猛将，作战勇猛无敌。如果暂时迎接他来，一起管理兖州，静观天下形势变化，这也是称霸一方的好机会啊！”张邈觉得有道理，就同意了。当时曹操派陈宫带兵留守东郡，陈宫便暗中迎接吕布，拥护他做了兖州牧。
吕布一到，张邈就派刘翊去骗荀彧：“吕将军是来协助曹使君攻打陶谦的，你们赶紧提供军粮。”大家都很疑惑，荀彧却立刻察觉张邈叛变，马上整顿军队加强防备，还派人火急火燎地到濮阳召东郡太守夏侯惇回来。夏侯惇一到，吕布就占据了濮阳。当时曹操把大军都带去攻打陶谦了，留守的兵力很少，而且不少督将、大吏都和张邈、陈宫暗中勾结。夏侯惇连夜行动，诛杀了几十个参与谋反的人，才稳定住局面。
豫州刺史郭贡带着几万人马来到鄄城城下，有人说他和吕布是一伙的，众人都十分恐惧。郭贡提出要见荀彧，荀彧准备前往，夏侯惇等人劝阻：“您是一州的主心骨，去了太危险，不能去！”荀彧却分析道：“郭贡和张邈他们，平日里并没有什么交情。他这次来得这么急，估计还没拿定主意。趁他没决定，我去劝说，如果不能为我们所用，至少也能让他保持中立。要是一开始就怀疑他，反而会把他推向敌人那边。”郭贡见荀彧毫无惧色，觉得鄄城不好攻打，就带兵离开了。
当时，兖州大部分郡县都响应了吕布，只有鄄城、范县、东阿还在坚守。有投降的吕布士兵说：“陈宫准备亲自带兵攻打东阿，还派氾嶷去攻打范县。”两地的官吏百姓都人心惶惶。程昱是东阿本地人，荀彧对他说：“现在整个兖州都叛变了，只剩这三座城。陈宫他们要是派重兵来攻，不设法稳住民心，这三城肯定守不住。您在百姓中威望高，应该去安抚他们。”
程昱先路过范县，劝县令靳允说：“听说吕布抓了您的母亲、弟弟和妻儿，作为孝子，您肯定心急如焚。但如今天下大乱，英雄辈出，一定会有能平定乱世的人，这就需要智者仔细选择主公。跟对了主公就能昌盛，跟错了就会灭亡。陈宫叛变迎接吕布，很多城池都响应，看似声势浩大，可在您看来，吕布这人怎么样？吕布粗野，待人不真诚，刚愎自用又无礼，不过是匹夫之勇罢了。陈宫他们只是暂时借助吕布的势力，不可能真正辅佐他。他们兵力虽多，最终也成不了大事。曹使君智谋超群，是天赐的英才。您守住范县，我守住东阿，我们就能像田单那样建立奇功。这难道不比违背忠义、投靠恶人，最后母子俱亡强吗？希望您好好考虑！”靳允流着泪说：“我绝不会有二心！”当时氾嶷己经到了范县，靳允便设下埋伏，趁机杀掉了他，然后回去整顿军队，坚守城池。
徐众评价说：靳允和曹操还没正式确立君臣关系，而母亲是至亲之人，从道义上讲，他应该去救母亲。当年卫公子开方在齐国做官，多年不回家，管仲就说他连亲人都不挂念，怎么会爱国君呢？所以说，要找忠臣，就要从孝子中选；靳允应该先去救母亲。徐庶的母亲被曹操抓走，刘备就放徐庶北归，这是心怀天下的人体谅人子的孝心；曹操也应该放靳允去救母亲。
程昱又派骑兵截断仓亭津，陈宫带兵赶到，无法渡河。程昱到达东阿时，东阿县令枣祗己经率领官吏百姓坚守城池，最终保住了鄄城、范县、东阿三城，等待曹操归来。曹操回来后，紧紧握住程昱的手说：“要不是你，我连个落脚的地方都没有了！”曹操上表举荐程昱为东平相，让他驻扎在范县。
吕布攻打鄄城没打下来，就向西驻扎在濮阳。曹操分析说：“吕布一下子占据一州之地，却不占据东平，切断亢父、泰山的通道，凭借险要地势来阻拦我，反而驻扎在濮阳，我就知道他成不了大事。”于是，曹操发兵进攻濮阳。
五月，朝廷封扬武将军郭汜为后将军，安集将军樊稠为右将军，允许他们像三公一样开府治事。加上之前的三公，朝廷一共有六个府署可以参与官员选举。李傕、郭汜、樊稠几人都想任用自己的亲信，只要有一点不合心意，就会大发脾气。负责选举的官员没办法，只好按顺序来，先从李傕推荐的人开始，然后是郭汜，再是樊稠，至于三公推荐的人，根本没有被任用的机会。
河西西郡因为距离凉州治所太远，中间还隔着贼寇，便上书朝廷，请求单独设立一个州。六月丙子日，朝廷下诏，任命陈留的邯郸商为雍州刺史，负责管理河西西郡。
六月丁丑日，京城发生地震，第二天戊寅日，又震了一次。六月乙酉日，也就是月末最后一天，发生了日食。
秋天七月壬子日，太尉朱俊被免职。七月戊午日，太常杨彪升任太尉，开始处理尚书事务。七月甲子日，朝廷封镇南将军杨定为安西将军，允许他像三公一样开府治事。
兴平元年（公元194年），从西月开始就没下过雨，一首旱到现在。粮食价格疯涨，一斛谷子能卖到五十万钱，长安城里甚至出现了人吃人的惨状。汉献帝让侍御史侯汶拿出太仓（皇家粮仓）里的米和豆子，熬成粥救济穷人，可饿死的人还是很多。汉献帝怀疑粮食没发够，就在自己面前用五升米、五升豆子煮粥，结果煮出两大盆。他一气之下，把侯汶打了五十大板。重新分配粮食后，灾民们才总算都活了下来。
八月，冯翊的羌人攻打附近县城，郭汜、樊稠带兵把他们打跑了。
当时吕布有一支军队驻扎在濮阳西边，曹操趁夜偷袭，把这支军队打得大败。可曹操还没来得及撤回，吕布就亲自带兵赶到了。双方从早上打到下午，打了几十个回合，战况十分激烈。曹操招募敢死队冲锋，司马典韦带着应募的士兵迎敌。吕布的军队乱箭齐发，箭头像雨点一样射过来。典韦看都不看，对手下说：“敌人到十步之内，再告诉我。”过了一会儿，手下喊：“十步了！”典韦又说：“五步再喊。”手下吓得大喊：“敌人到眼前了！”典韦手持长戟，大喊着冲向敌阵，碰到他的敌人全都应声倒地，吕布的军队这才退了回去。等到天黑，曹操终于带兵撤了出来。战后，曹操封典韦为都尉，让他带领几百亲兵，专门保护自己的大帐。
后来，濮阳的大户田氏给曹操当内应，骗他进城。曹操一进城就烧了东门，表示自己绝不后退。可真打起仗来，曹军还是败了。吕布的骑兵抓住了曹操，却没认出他，问道：“曹操在哪儿？”曹操急中生智，说：“骑黄马逃跑的那个人就是。”骑兵听了，丢下曹操去追骑黄马的人。曹操趁机冲出火海，回到军营后，还强撑着去慰劳士兵，让大家赶紧制作攻城器械，继续攻打濮阳。曹操和吕布就这样对峙了一百多天。这时，又闹起了蝗灾，老百姓没饭吃，吕布的军队也断了粮，双方只好各自退兵。九月，曹操撤回鄄城；吕布撤到乘氏时，被当地人李进打败，只好向东退到山阳驻扎。
冬天十月，曹操到了东阿。袁绍派人来劝曹操，想让他把家眷送到邺城居住（实际上是想控制曹操的家人）。曹操刚丢了兖州，军粮也没了，差点就答应了。程昱劝他说：“将军您不会是遇事害怕了吧？不然怎么不想清楚呢！袁绍野心很大，想吞并天下，可他没那个本事。将军您觉得自己能屈居他之下吗？您有龙虎之威，难道要做他的下属吗？现在兖州虽然丢得差不多了，但咱们还有三座城，能打仗的士兵也有上万人。凭将军您的本事，再加上荀彧、我等人辅佐，成就一番霸业不成问题，希望您再好好想想！”曹操听了，这才打消了念头。
十二月，司徒淳于嘉被免职，卫尉赵温接任司徒，开始处理尚书事务。
之前马腾攻打李傕的时候，刘焉的两个儿子刘范、刘诞都死了。议郎庞羲和刘焉关系很好，就招募人手，把刘焉的孙子们送到蜀地。这时，一场大火烧了城，刘焉只好把治所迁到成都，结果背上长毒疮，没多久就死了。益州的官员赵韪等人觉得刘焉的儿子刘璋性情温和，好控制，就一起上书推举刘璋当益州刺史。朝廷本来任命扈瑁为益州刺史，可刘璋的部将沈弥、娄发、甘宁造反，攻打刘璋失败后逃到荆州。朝廷没办法，只好顺水推舟，让刘璋做了益州牧。刘璋任命赵韪为征东中郎将，让他带兵攻打刘表，驻扎在朐?。
徐州牧陶谦病重，对别驾麋竺说：“除了刘备，没人能守住徐州。”陶谦死后，麋竺带着徐州的官员百姓去迎接刘备。刘备一开始不敢接受，说：“袁术就在寿春，你们可以把徐州交给他。”典农校尉陈登说：“袁术骄横自大，不是能平定乱世的人。现在我们愿意为您集结十万大军，上可以辅佐天子、救济百姓，下可以割据一方、守住疆土。如果您不答应，我们也不会听您的！”北海相孔融也劝刘备：“袁术那家伙只知道贪图享乐，哪是什么忧国忧民的人！他就像坟里的枯骨头，不用在意！现在是百姓选择贤能之人的时候，天赐良机不抓住，以后后悔都来不及！”刘备这才答应，接管了徐州。