公元196年，也就是建安元年。这一年春天正月里的癸酉日，朝廷宣布大赦天下，同时改了年号。
当时，董承和张杨想护送汉献帝回洛阳，但杨奉、李乐不同意，几方将领因此互相猜疑，各怀心思。到了二月，韩暹攻打董承，董承没办法，逃到了野王。韩暹驻扎在闻喜，胡才、杨奉则去了坞乡。胡才又想攻打韩暹，汉献帝派人出面劝住了他。
在汝南、颍川一带，黄巾军首领何仪等人带着手下投靠了袁术，曹操带兵把他们打得大败。张杨让董承先去洛阳修缮宫殿。太仆赵岐找到刘表，劝他出兵帮忙，刘表不仅派兵，还不断运送物资。
这年夏天五月丙寅日，汉献帝派人到杨奉、李乐、韩暹的军营，希望他们护送自己回洛阳，这几人答应了。六月乙未日，汉献帝的车队到了闻喜。
袁术为了争夺徐州，发兵攻打刘备。刘备让张飞留守下邳，自己带兵在盱眙、淮阴抵抗袁术，双方僵持了一个多月，互有胜负。下邳相曹豹原本是陶谦的旧部，和张飞闹了矛盾，被张飞杀了，这下下邳城里乱成一团。袁术写信给吕布，怂恿他偷袭下邳，还说会提供军粮。吕布一听很高兴，立刻水陆并进向东进发。刘备的中郎将许耽打开城门放吕布进城，张飞抵挡不住，只能逃走。吕布俘虏了刘备的妻儿和手下将士的家眷。刘备听说后往回赶，等回到下邳时，军队己经溃散。刘备收拾残兵向东拿下广陵，和袁术再战，又输了，最后只能驻扎在海西。当时军队缺粮，大家饿得不行，甚至出现了人吃人的惨状。还好从事麋竺拿出自己的家财资助军队。刘备没办法，只好向吕布投降。吕布也因为袁术没按时送粮而生气，就把刘备召回来，让他继续当豫州刺史，两人一起对付袁术，让刘备驻扎在小沛，吕布自己则自称徐州牧。吕布手下有个叫郝萌的河内人，在夜里突然攻打吕布，吕布连帽子都没戴，衣服也没穿好，跑到都督高顺的营寨求救。高顺马上整顿兵马冲进府中平乱，郝萌败逃。天亮后，郝萌的部将曹性杀了郝萌。
七月庚子日，杨奉、韩暹护送汉献帝东归，张杨在路上提供粮草迎接。甲子日，汉献帝的车队终于到了洛阳，暂时住在以前中常侍赵忠的宅子里。丁丑日，朝廷再次大赦天下。八月辛丑日，汉献帝搬到南宫杨安殿。张杨觉得自己功劳大，就把这座殿命名为“杨安”。张杨对其他将领说：“天子应该由天下人共同尊崇，朝廷里有公卿大臣处理事务，我就负责在外抵御外敌。”说完就回野王去了。杨奉也带兵驻扎到梁地，韩暹、董承则留下来护卫汉献帝。癸卯日，汉献帝封张杨为大司马，杨奉为车骑将军，韩暹为大将军并兼任司隶校尉，还赐给他们节钺。当时洛阳的宫殿都被烧毁了，百官只能在废墟中，靠着残垣断壁勉强栖身。各地的州郡长官都手握重兵，却不向朝廷运送物资。官员们都饿着肚子，尚书郎以下的官员只能自己出去挖野菜充饥，有的人饿死在墙角，还有的被士兵杀害。
袁术看到谶语里说“代汉者当涂高”，觉得自己的名字和这句谶语对应，再加上袁氏家族出自陈地，是舜的后代，按照五行相生的道理，土（黄色）可以取代火（赤色），就动了称帝的心思。他听说孙坚得到了传国玉玺，就把孙坚的妻子扣下，抢走了玉玺。后来听说汉献帝在曹阳战败，就召集手下商议称帝的事，大家都不敢说话。只有主簿阎象站出来说：“从前周朝从后稷到文王，积累了很多功德，就算己经占据天下三分之二，还是向商朝称臣。您虽然家族世代昌盛，但比不上当年周朝的强盛；汉朝虽然衰落了，但也不像殷纣王那样残暴啊！”袁术听了，默默不语。袁术想请隐士张范出来做官，张范没去，让弟弟张承去回绝。袁术对张承说：“我现在地盘大、人口多，想成就齐桓公那样的霸业，或者像汉高祖一样统一天下，你觉得怎么样？”张承说：“成就大业关键在德行，而不是靠势力强大。如果能用德行满足天下人的愿望，就算出身普通，也能成就霸业。但要是想僭越称帝，违背时机行事，只会被大家抛弃，谁也帮不了您！”袁术听了很不高兴。孙策听说后，写信劝袁术：“成汤讨伐夏桀，说‘有夏多罪’；周武王讨伐商纣，说‘殷有重罚’。这两位君主虽然圣明，但如果当时夏桀、商纣没有恶行，他们也没理由取而代之。现在的皇帝并没有对不起天下人，只是因为年幼，被权臣胁迫，和当年成汤、武王的情况不一样。而且董卓贪财好色、骄横跋扈，就算他废立皇帝，也没敢自己称帝，天下人都恨透了他，您要是效仿他，只会更糟糕！再说，现在的小皇帝聪明睿智，有早成的品德，天下人虽然还没感受到他的恩德，但心里都向着他。您家五代人担任汉朝的宰辅，荣耀和恩宠无人能比，应该忠心守节，报答朝廷，这样就能像周公旦、召公奭一样流芳百世，这也是天下人的期望。现在很多人迷信图谶纬书，胡乱牵强附会，只为了讨您欢心，却不考虑后果，这是自古以来都要慎重对待的事，您可得好好想想！忠言逆耳，不同意见可能会让您不高兴，但只要对您有帮助，我就不敢隐瞒！”袁术一开始觉得自己手握淮南大军，孙策肯定会支持自己，等收到信后，又愁又气，还生了病。他不仅没听孙策的劝告，孙策也和他断绝了关系。
曹操当时在许县，打算迎接汉献帝。手下很多人觉得：“现在山东地区还没平定，韩暹、杨奉又居功自傲，不好对付，暂时不能行动。”荀彧却说：“当年晋文公迎接周襄王，诸侯纷纷响应；汉高祖为义帝穿丧服，天下人心归附。自从天子流亡在外，将军您第一个举起义兵，只是因为山东局势混乱，没来得及去迎接。现在天子要回洛阳，但洛阳己经荒草丛生，义士们希望恢复汉室，百姓们也怀念过去的安定。如果现在迎接天子，顺应民心，这是大顺；秉持公正治理天下，这是大略；凭借大义招揽人才，这是大德。就算有反对的势力，又能掀起什么风浪？韩暹、杨奉根本不足为惧！要是不早点行动，等其他人有了想法，再后悔就来不及了。”曹操听了，派扬武中郎将曹洪带兵向西去迎接汉献帝，结果董承等人据守险要阻拦，曹洪没办法前进。议郎董昭看出杨奉兵马最强，但缺少盟友，就以曹操的名义给杨奉写信：“我和您虽然没见过面，但早就仰慕您的忠义，愿意和您坦诚相待。现在您把天子从困境中解救出来，送回旧都，这份功劳无人能比，实在太了不起了！如今天下大乱，局势不稳，天子至关重要，需要大家共同辅佐。这不是一个人能完成的事，就像身体的各个部分，相互依赖，缺一不可。您在朝廷内部主持事务，我在外面做您的援手。我这里有粮草，您有兵马，我们互通有无，就能互相帮助，不管生死，都要一起面对。”杨奉收到信很高兴，对手下将领说：“兖州的军队就在许县附近，有兵有粮，朝廷正好可以依靠他们。”于是大家一起上表，推荐曹操担任镇东将军，还让他继承父亲的爵位费亭侯。
韩暹仗着自己有功，独断专行，董承很担心，就偷偷派人叫曹操来。曹操带兵到了洛阳后，上书弹劾韩暹、张杨的罪行。韩暹害怕被杀，一个人骑马投奔了杨奉。汉献帝念在韩暹、张杨曾经护送自己的功劳，下诏不再追究他们的过错。辛亥日，汉献帝任命曹操兼任司隶校尉，总领尚书事务。曹操杀了尚书冯硕等三人，这是惩罚有罪之人；封卫将军董承等十三人为列侯，这是奖赏有功之臣；追赠射声校尉沮俊为弘农太守，这是表彰为气节而死的人。曹操把董昭拉到身边坐下，问他：“我现在该怎么办？”董昭说：“将军您兴义兵讨伐乱臣贼子，入朝辅佐天子，这份功劳可以和春秋五霸相比。但这里的将领们各有心思，不一定听您的，现在留在洛阳辅佐天子不太方便，不如把天子接到许县。不过朝廷刚经历动荡回到洛阳，大家都盼着能安定下来，现在又要迁都，恐怕会让人心不稳。但要成就非凡的功业，就得做不寻常的事，希望将军权衡利弊。”曹操又问：“杨奉就在梁地，他手下兵强马壮，会不会成为我的麻烦？”董昭说：“杨奉没什么盟友，正想找人依靠，之前推举您当镇东将军、封费亭侯，都是他的主意。您可以派人送厚礼去答谢他，稳住他，就说‘洛阳没有粮食，想请天子暂时到鲁阳，鲁阳离许县近，运送粮草方便，就不用担心缺粮了’。杨奉这个人有勇无谋，不会怀疑您，等使者来回这一趟，我们的计划也能确定下来，他翻不起什么大浪！”曹操说：“好！”马上派人去见杨奉。庚申日，汉献帝的车队出了轘辕关向东走，最后迁都到许县。己巳日，汉献帝来到曹操的军营，封曹操为大将军，还封他为武平侯。曹操在许县建立了宗庙和社稷。
孙策打算攻取会稽郡，当时吴地有个叫严白虎的，手下有一万多人，和其他一些势力到处驻扎占地盘。孙策的将领们想先把严白虎这些人解决掉，孙策却说：“严白虎他们就是一群盗贼，没什么大志向，收拾他们轻而易举。”于是，孙策带兵渡过钱塘江。
会稽郡的功曹虞翻劝太守王朗说：“孙策很会打仗，咱们不如先避开他的锋芒。”可王朗不听，还在固陵派兵抵抗孙策。孙策多次渡水发动进攻，都没能成功。这时，孙策的叔父孙静出主意说：“王朗凭借险要地势坚守城池，一时半会儿很难攻破。查渎离这儿南边几十里，我们可以从那里绕到他后方，打他个措手不及。”
孙策听从了叔父的建议。到了晚上，他布置了许多火把，装作有大量军队的样子迷惑敌人，同时分兵从小路前往查渎，突袭了高迁屯。王朗得知消息后大吃一惊，赶紧派原来的丹杨太守周昕等人带兵迎战。结果，孙策打败了周昕，还把他杀了。王朗没办法，只能逃跑，虞翻一路追随保护他，两人乘船逃到东冶。孙策乘胜追击，又把王朗打得大败，最后王朗只好向孙策投降。
孙策自己兼任会稽太守，还让虞翻继续当功曹，并且用对待朋友的礼节对待他。孙策喜欢外出打猎，虞翻劝他说：“您总爱悄悄跑出去，随从们都来不及做好护卫，士兵们也跟着受累。当领导的不庄重就没有威严，就像白龙变成鱼的样子，被渔夫豫且困住；白蛇随便出现，被刘邦斩杀。希望您能多注意啊！”孙策嘴上说“你说得对”，但还是改不了这个习惯。
九月，司徒淳于嘉、太尉杨彪、司空张喜都被罢了官。之前汉献帝东迁的时候，杨奉想从梁地半路拦截，结果没赶上。到了冬天十月，曹操出兵征讨杨奉，杨奉没办法，只能向南投奔袁术。曹操顺势把杨奉在梁地的屯兵营地给攻下来了。
汉献帝下诏书责备袁绍，说他地盘大、兵力多，却只知道培植自己的势力，没见他出兵救援朝廷，反而一首在和别人打仗。袁绍赶紧上书给自己辩解。戊辰日，朝廷封袁绍为太尉，还封他为邺侯。袁绍觉得自己官职排在曹操后面很丢脸，生气地说：“曹操好几次都差点死了，都是我救了他，现在他竟然敢挟天子来命令我！”袁绍上表推辞，不肯接受任命。曹操有点害怕，就主动把大将军的职位让给袁绍。丙戌日，曹操被任命为司空，代理车骑将军的职务。
曹操任命荀彧为侍中，让他兼任尚书令。曹操问荀彧有没有足智多谋的人才推荐，荀彧就推荐了自己的侄子——蜀郡太守荀攸，还有颍川的郭嘉。曹操把荀攸征召来做尚书，和他聊了一番后，特别高兴地说：“公达（荀攸的字）可不是一般人！有他和我一起商量大事，还愁什么天下平定不了！”于是让荀攸做了军师。
之前，郭嘉去见袁绍，袁绍对他很客气。但过了几十天，郭嘉对袁绍的谋士辛评、郭图说：“聪明人会仔细选择主公，这样才能万无一失，成就功名。袁公只想模仿周公礼贤下士，却不懂得用人的关键，想法很多却抓不住重点，爱谋划却又不果断，想和他一起拯救天下、成就霸业，太难了！我得重新找个主公，你们也离开这儿吧！”辛评、郭图却说：“袁氏家族对天下人有恩德，很多人都归附他，而且现在他势力最强，离开了还能去哪儿？”郭嘉知道他们不明白，就不再多说，自己离开了。
曹操召见郭嘉，和他谈论天下大事，完了之后曹操说：“能帮我成就大业的，一定是这个人！”郭嘉出来后也很高兴，说：“这才是我真正的主公！”曹操上表推荐郭嘉做了司空祭酒。
曹操任命山阳的满宠为许县县令。曹操堂弟曹洪有个门客在许县境内多次犯法，满宠把他抓起来治罪。曹洪写信给满宠求情，满宠根本不理。曹洪没办法，只好告诉曹操。满宠猜到曹操可能会赦免这个门客，就赶紧把人杀了。曹操知道后很高兴，说：“处理事情就该这样！”
北海太守孔融，自视甚高，一心想平定天下的混乱，可他能力不够却想法太多，到头来什么大事也没做成。他平时高谈阔论一些道德教化的道理，官府里到处都是他的言论，言辞温和文雅，读起来挺有意思，但一到实际做事的时候，很多都没法实行。他只会表面上招揽人才，实际上根本不会管理。一开始，他很能赢得人心，可时间一长，大家就不愿意跟着他了。
孔融任用的人，都是些追求新奇、轻浮没什么真本事的人。不过对于像郑玄这样有名望的大儒，他会用子孙对待长辈的礼节对待，还把郑玄家乡的名字改成“郑公乡”。至于左承祖、刘义逊这些清正有才的人，孔融只是把他们当作装点门面的，并不和他们讨论政事，还说：“这些人有声望，不能失去他们！”
黄巾军来攻打北海的时候，孔融战败，逃到都昌坚守。当时袁绍和公孙瓒两方势力对峙，孔融兵力弱、粮食少，孤立无援。左承祖劝孔融找个强大的势力依靠，孔融不仅不听，还把左承祖杀了，刘义逊也失望地离开了。
青州刺史袁谭攻打孔融，从春天打到夏天，孔融手下的士兵最后只剩下几百人，乱箭到处飞，可孔融还像没事人一样靠着桌子读书，谈笑自如。到了夜里，城池被攻破，孔融逃到东山，妻子儿女都被袁谭俘虏了。曹操和孔融以前就认识，就征召孔融做将作大匠。
袁谭刚到青州的时候，他的地盘西边到黄河，面积还不大。后来，他向北赶走田楷，向东打败孔融，一时间威望和恩德都很显著。但时间一长，他开始信任一群小人，生活奢侈又放纵，名声也就越来越差了。
自从汉灵帝中平年间以来，天下大乱，百姓都没办法安心种地。各路军队纷纷兴起，可都缺粮，没有长远的打算。饿了就去抢百姓的粮食，吃饱了就把剩下的丢弃。很多军队最后因为缺粮，还没和敌人交战就自己溃散了，这样的情况数不胜数。袁绍在河北的时候，士兵们只能靠吃桑葚充饥。袁术在江淮地区，军队靠吃河蚌维持，当地甚至出现了人吃人的惨状，州县一片萧条。
羽林监枣祗建议实行屯田制，曹操采纳了他的建议，任命枣祗为屯田都尉，骑都尉任峻为典农中郎将。他们在许县招募百姓屯田，收获了上百万斛粮食。从那以后，各州郡都设置了管理屯田的官员，各地的粮仓都堆满了粮食。曹操西处征战，再也不用担心粮草运输的问题，这才能够逐步吞并其他势力。国家和军队能够富足起来，屯田制刚开始是靠枣祗推动，后来是靠任峻完善的。
袁术担心吕布会对自己不利，就想给儿子求娶吕布的女儿，吕布答应了。之后，袁术派纪灵等将领带领三万步兵和骑兵去攻打刘备，刘备赶紧向吕布求救。吕布的将领们说：“将军您一首想杀刘备，这次正好借袁术的手除掉他。”吕布却说：“不行。要是袁术打败了刘备，就会和北边泰山的那些将领联合起来，到时候我就被袁术包围了，所以不得不救刘备。”
于是，吕布率领一千多步兵和骑兵火速赶去救援。纪灵等人听说吕布来了，都停止了进攻。吕布把军队驻扎在沛城西南，派人请纪灵等人来，纪灵等人也请吕布过去，吕布就去了，还和刘备一起喝酒吃饭。吕布对纪灵等人说：“玄德（刘备的字）是我的兄弟，他被你们围困，我来救他。我这人不喜欢看大家争斗，就喜欢帮大家和解。”
说完，吕布让军候在营门口竖起一支戟，然后他拉开弓，回头对大家说：“你们看我射戟上的小支，如果射中了，大家就各自撤兵；如果没射中，你们再接着打。”吕布一箭射出去，正好射中戟支。纪灵等人都惊呆了，说：“将军真是神勇！”第二天，大家又欢聚一场，然后各自撤兵回去了。
后来，刘备又招募了一万多士兵，吕布很忌惮他，就亲自出兵攻打刘备。刘备战败，跑去投奔曹操，曹操对他很好，还让他做豫州牧。有人劝曹操说：“刘备有做英雄的志向，现在不早点除掉他，以后肯定是个大麻烦。”曹操就问郭嘉的意见，郭嘉说：“确实是这样。但您起兵是为百姓除暴安良，用真诚和信用招揽人才，现在还怕招揽得不够多。刘备有英雄的名声，走投无路来投奔您，您要是杀了他，就会落下害贤的坏名声。这样一来，有才能的人就会心生疑虑，重新选择主公，那您还能和谁一起平定天下呢？为了除掉一个人的隐患，却让天下人失望，这关系到事业的安危，您不能不仔细考虑啊！”曹操笑着说：“你说得太对了！”于是，曹操给刘备增派兵力，供应粮草，让他向东到沛城，收拢散兵，准备再次对抗吕布。