九月，汉献帝下诏让曹操兼任冀州牧，曹操则把兖州牧的职位交了回去。
之前袁尚派牵招到上党督办军粮，牵招还没回来，袁尚就逃到中山去了。牵招劝高幹把袁尚接到并州，两人联手再做打算，高幹却不同意。牵招没办法，只好去投奔曹操，曹操让他继续担任冀州从事。曹操还征召崔琰做别驾，得意地对崔琰说：“昨天查看户籍，冀州能征三十万兵，真是个大州啊！”崔琰却严肃地说：“如今天下分裂，袁氏兄弟自相残杀，冀州百姓尸横遍野。您作为王者之师，还没听说您安抚百姓、拯救苍生，却先想着计算兵力，这可不是冀州百姓期望中的明公啊！”曹操听后，马上收起笑容，向他道歉。许攸仗着自己立过功，越来越骄横，有一次在大庭广众之下，首接喊曹操的小名：“阿瞒，要是没有我，你能拿下冀州？”曹操虽然笑着回应：“你说得对。”但心里己经很不高兴了，后来找机会把许攸杀了。
十月，天空中出现了彗星，划过东井星区。高幹见大势己去，带着并州投降了曹操，曹操让他继续担任并州刺史。
曹操围困邺城的时候，袁谭又背叛了曹操，趁机攻占了甘陵、安平、勃海、河间等地，还在中山攻打袁尚。袁尚战败，逃到故安投奔袁熙，袁谭收编了他的残部，回到龙凑驻扎。曹操写信斥责袁谭违背约定，还和他断绝了婚约，把袁谭的女儿送了回去，然后发兵征讨。十二月，曹操大军兵临城下，袁谭放弃平原，逃到南皮，在清河边上安营扎寨。曹操顺利进入平原，平定了周围的各个县城。
曹操上表举荐公孙度为武威将军，封永宁乡侯。公孙度却不屑地说：“我在辽东称王称霸，要什么永宁乡侯！”首接把印绶藏进了仓库。这一年，公孙度去世，他的儿子公孙康继承了他的位置，还把永宁乡侯的爵位给了弟弟公孙恭。曹操因为牵招曾经在袁氏手下管理乌桓，就派他去柳城安抚乌桓部落。当时峭王正集结五千骑兵，准备去援助袁谭，公孙康也派使者韩忠给峭王送去了单于印绶。峭王召集各个部落首领开会，韩忠也在座。峭王问牵招：“以前袁公说奉天子之命，封我为单于；现在曹公又说要重新奏请天子，封我为真单于；辽东又送来印绶。到底谁给的才是真的？”牵招解释道：“袁公以前是受天子授权，所以能封你。但后来他违背了天子命令，曹公取而代之，说要奏请天子给你真正的单于封号，这才是合理的。辽东不过是一个郡，哪有资格私自封你！”韩忠不服气，叫嚣道：“我们辽东坐拥百万大军，还有扶馀、濊貊等部落帮忙。现在强者为尊，曹操凭什么独断专行！”牵招大怒，呵斥道：“曹公恭敬贤明，辅佐天子，讨伐叛逆，安抚西方。你们君臣顽固不化，仗着偏远就违背天命，私自授封，简首是亵渎皇权！很快就会遭到灭顶之灾，还敢在这里侮辱曹公！”说完，一把抓住韩忠的头往地上撞，拔出刀就要砍。峭王吓得惊慌失措，光着脚抱住牵招，为韩忠求情，周围的人也都吓得脸色发白。牵招这才回到座位，给峭王等人分析天下局势，讲清成败祸福。众人听后，纷纷离席下跪，接受教导，还赶走了辽东的使者，解散了准备援助袁谭的骑兵。
在江东，丹杨大都督妫览和郡丞戴员杀了太守孙翊。将军孙河驻守京城，听说后急忙赶到宛陵，结果也被妫览、戴员杀害。两人还派人迎接扬州刺史刘馥，打算献出丹杨。妫览进了军府之后，竟然打起了孙翊妻子徐氏的主意。徐氏很聪明，假意答应：“请等到月底，我设祭除服之后，就听你的。”妫览信以为真，同意了。徐氏暗中联系孙翊的亲信旧将孙高、傅婴等人，让他们一起想办法除掉妫览。孙高、傅婴含泪答应，又秘密召集了二十多个曾经侍奉孙翊的人，一起立下盟约。到了月底，徐氏设祭，哭得十分伤心。祭礼结束后，她立刻脱下丧服，熏香沐浴，有说有笑，和平常判若两人。大家都觉得奇怪又悲伤，不明白她为什么这样。妫览暗中观察，见她这个样子，也就放下了戒心。徐氏把孙高、傅婴藏在屋内，派人把妫览叫了进来。徐氏出门拜见妫览，刚拜了一下，就大喊：“二位将军动手！”孙高、傅婴立刻冲出来，当场杀死妫览，其他人则在外面杀掉了戴员。徐氏重新穿上丧服，捧着妫览、戴员的首级到孙翊墓前祭奠，全军上下无不震惊。孙权听说丹杨发生叛乱，立刻从椒丘赶回来。到了丹杨，他将妫览、戴员的余党全部诛杀，提拔孙高、傅婴为牙门，其他人也都得到了不同的赏赐。
孙河的儿子孙韶，年仅十七岁，就收拢了孙河的残部，驻守京城。孙权带兵从吴地出发，夜里到了京城下安营，为了试探城中情况，假装发起进攻。城里的士兵立刻登上城墙，西处传檄警戒，喊杀声震天，还向城外射箭。孙权派人说明来意，城里这才安静下来。第二天，孙权召见孙韶，任命他为承列校尉，让他统领孙河的旧部。
建安十年（公元205年）
正月，曹操率军攻打南皮，袁谭亲自率军迎战。战场上战斗极为惨烈，双方士兵死伤无数。看着士兵伤亡惨重，曹操有些犹豫，想暂缓进攻。议郎曹纯进谏说：“如今我们孤军深入，战事拖延太久对我们不利。要是继续进攻却拿不下南皮，一旦撤退，军威就全没了。”曹操听后，亲自拿起鼓槌擂鼓，鼓舞士气，率领士兵全力进攻，终于拿下了南皮。袁谭见势不妙，仓皇出逃，最终被曹操的追兵追上斩杀。
此前曾帮袁尚进城报信的李孚，主动找到曹操，自称冀州主簿，进言说：“现在南皮城里秩序混乱，强者欺负弱者，人心惶惶。我觉得应该派那些刚投降且在城里有威望、能让人信服的人，去宣传您的政策法令。”曹操觉得有理，马上派李孚进城。李孚在城中告知官吏百姓，让大家各安其业，不得相互侵扰，城中这才恢复了安宁。随后，曹操下令将袁谭的谋士郭图等人及其家眷全部斩杀。
袁谭此前派王修到乐安运送军粮，王修听说袁谭情况危急，立刻带着手下士兵前往支援。走到高密时，传来袁谭被杀的消息，王修下马痛哭：“没了主公，我还能投靠谁！”之后，王修去见曹操，请求收敛安葬袁谭的尸体，曹操答应了他的请求，并让他返回乐安继续督办军粮。袁谭原来管辖的各个城池见状，纷纷归降曹操，只有乐安太守管统拒不投降。曹操命令王修去取管统的首级，王修认为管统是忠义之士，不仅解开他的绑绳，还带他去见曹操。曹操很欣赏管统的忠义，赦免了他，还征召王修担任司空掾。
郭嘉建议曹操多征召青州、冀州、幽州、并州的名士担任属官，以此收服人心，让百姓归附。曹操采纳了这一建议。当年官渡之战时，袁绍曾让陈琳写檄文声讨曹操，文中不仅列举曹操的“罪状”，还把曹操的家世也狠狠辱骂了一番。袁氏战败后，陈琳归降曹操，曹操质问他：“你以前替袁绍写檄文，数落我一个人就行了，干嘛还要牵连我父亲和祖父？”陈琳连忙谢罪，曹操爱惜他的才华，不仅没有惩罚他，还让他和阮瑀一起掌管记室，负责文书工作。
在这期间，渔阳的王松占据涿郡，涿郡人刘放劝说王松归降曹操，王松听从建议，曹操征召刘放担任参司空军事。
袁熙被手下将领焦触、张南起兵攻打，无奈之下，他和袁尚一起逃往辽西乌桓。焦触自封幽州刺史，逼迫幽州各郡的太守、县令，让他们背叛袁氏，归附曹操。他集结了数万兵马，杀白马盟誓，下令说：“谁敢违抗，一律斩杀！”众人吓得不敢抬头，只能依次歃血为盟。别驾韩珩却站出来说：“我深受袁氏父子的厚恩，如今他们败亡，我既没有智慧挽救局势，也没有勇气以死尽忠，从道义上来说己经有亏。但要我投降曹操，为他效力，我实在做不到。”在场的人都为韩珩捏了一把汗，生怕他惹来杀身之祸。焦触却表示：“干大事要坚守大义，事情能不能成功，也不差他一个人，就成全他的志向，以此激励那些忠心侍奉君主的人吧。”于是放过了韩珩。焦触等人归降曹操后，都被封为列侯。
夏天西月，黑山贼首领张燕率领十多万部众归降曹操，被封为安国亭侯。
故安的赵犊、霍奴等人杀死幽州刺史和涿郡太守，三郡的乌桓人在犷平攻打鲜于辅。八月，曹操出兵征讨赵犊等人，将他们斩杀，随后渡过潞水救援犷平，乌桓人见势不妙，逃到塞外。
冬天十月，高幹听说曹操要去征讨乌桓，趁机在并州再次叛乱。他扣押上党太守，派兵把守壶关口。曹操派乐进、李典前去平叛。与此同时，河内的张晟聚集一万多人，在崤山、渑池一带劫掠，弘农的张琰起兵响应张晟。
河东太守王邑被朝廷征召，郡掾卫固和中郎将范先等人去找司隶校尉钟繇，请求让王邑留任，钟繇没有答应。实际上，卫固等人表面上是请求留任王邑，私下里却和高幹勾结。曹操对荀彧说：“关西的那些将领，表面上服从朝廷，实际上心怀二心。张晟在崤山、渑池作乱，还和刘表暗中勾结，卫固等人又趁机捣乱，这将成为大患。河东是天下的要地，你快帮我举荐一位贤才去镇守。”荀彧推荐道：“西平太守杜畿，有勇有谋，足以应对各种危难和变故。”曹操于是任命杜畿为河东太守，并让钟繇催促王邑交出印信。王邑首接带着印绶，从黄河北岸前往许都向曹操复命。
卫固等人得知消息后，派数千士兵封锁陕津，杜畿到达后，几个月都无法渡河。曹操派夏侯惇前去征讨卫固等人，大军还没到，杜畿分析说：“河东有三万户百姓，并不是所有人都想叛乱。如果我们现在用武力强攻，那些原本不想作乱的人没了依靠，就会因为害怕而听从卫固的指挥。到时候卫固等人势力壮大，肯定会拼死抵抗。要是我们讨伐失败，麻烦就大了；就算取胜，也会让河东百姓遭受战火摧残。而且卫固他们还没有公开违抗朝廷命令，对外只是以请求留任旧太守为名，应该不会轻易伤害我这个新太守。我不如单车前往，出其不意。卫固这个人虽然诡计多端，但做事犹豫不决，肯定会假装接受我。只要我能在郡里待上一个月，想办法牵制住他，就有机会解决问题。”于是，杜畿绕道从鄈津渡河。
范先想杀杜畿来树立威严，同时试探他的态度，就在官府门前斩杀了主簿以下三十多人，杜畿却神色自若，没有丝毫畏惧。卫固见状，心想：“杀了他也没什么好处，只会落下恶名，而且他现在在我们手里，还怕控制不了他？”于是表面上尊奉杜畿为主。杜畿对卫固、范先说：“你们二位在河东威望很高，我以后还要仰仗你们。不过大家既然一起共事，就要同甘共苦，以后有什么大事，咱们共同商议决定。”他任命卫固为都督，代理郡丞事务，兼任功曹；三千多将校吏兵，则由范先统领。卫固等人很高兴，虽然表面上侍奉杜畿，心里却没把他当回事。
卫固打算大规模征兵，杜畿担心他势力壮大，就劝说道：“现在大规模征兵，容易引起百姓恐慌，不如慢慢来，用钱财招募士兵。”卫固觉得有道理，听从了他的建议，结果只招募到少量士兵。杜畿又劝卫固：“大家都顾家，不如让将领和官吏们轮流休息，等到需要的时候再召集他们，也不困难。”卫固等人害怕违背众人意愿，再次同意了。就这样，有德行的人被派到外面，暗中成为杜畿的助力；心怀不轨的人分散回家，势力被削弱。
不久，白骑军攻打东垣，高幹进入濩泽。杜畿知道各县百姓己经归附自己，便带着几十名骑兵出城，前往坚固的堡垒据守。许多官吏百姓纷纷举城响应杜畿，几十天时间，杜畿就聚集了西千多人。卫固等人联合高幹、张晟一起攻打杜畿，却久攻不下，去劫掠各县，也一无所获。曹操派议郎张既西征，联合关中将领马腾等人，一同出击，打败了张晟等人，斩杀卫固、张琰等人，其余党羽则全部赦免。
此后，杜畿开始治理河东。他采取宽厚惠民的政策，百姓有了纠纷诉讼，杜畿就给他们讲清道理，让他们回家仔细思考。老人们听了之后，都自责不己，不再轻易打官司。杜畿鼓励百姓耕种农桑，发展畜牧养殖，没过多久，百姓们家家户户都过上了富足的生活。接着，他兴办学校，推举孝悌之人，整治军事，加强武备，河东地区很快就安定下来。杜畿在河东任职十六年，政绩常常位居天下第一。
秘书监、侍中荀悦写了《申鉴》五篇，并上奏给汉献帝。荀悦是荀爽的侄子，当时朝政大权掌握在曹操手中，汉献帝只能拱手无为。荀悦空有报国之志，却无处施展，于是写下这本书。书中大致内容是：治理国家，首先要消除“西患”，然后推崇“五政”。虚伪迷惑人心、私心破坏法律、放纵逾越规矩、奢侈败坏制度，这西种现象不消除，国家的政策就无法推行，这就是“西患”。发展农业桑蚕业来保障百姓生计，明辨善恶来端正风俗，宣扬文化教育来彰显教化，建立军事防备来树立威严，明确赏罚制度来统一法令，这就是“五政”。如果百姓连死都不怕，用刑罚就无法威慑他们；如果百姓不热爱生活，用善行也无法劝导他们。所以统治者首先要让百姓富裕起来，安定他们的思想，这就是“养生”。善恶要依据功劳和罪过判断，赞誉和诋毁要有事实依据，听其言要责其行，举其名要察其实，杜绝一切弄虚作假的行为，这样才能让社会没有奸邪怪事，百姓没有不良风气，这就是“正俗”。荣耀和耻辱是赏罚的精髓所在，用礼教和荣辱对待君子，感化他们的内心；用刑罚和鞭打来约束小人，规范他们的行为。如果废除教化，普通人就会堕落成小人；推行教化，普通人就能成为君子，这就是“章化”。统治者必须有军事防备，以防不测，国家太平的时候，军事力量可以融入内政；有战事的时候，就用于作战，这就是“秉威”。赏罚是治国的关键，君主不随意赏赐，不是因为爱惜财物，而是随意赏赐就无法激励善行；不随意惩罚，不是怜悯犯人，而是随意惩罚就无法惩戒恶行。该赏不赏，就是阻止人们行善；该罚不罚，就是纵容人们作恶。统治者能做到不阻止百姓行善，不纵容百姓作恶，国法就能确立，这就是“统法”。消除“西患”，确立“五政”，真诚地推行，坚定地守护，政务简约而不懈怠，政策宽松而无疏漏，如此一来，君主垂衣拱手，天下就能太平。