太宁二年甲申年，公元324年。
春天正月，王敦诬陷周嵩、周莛和李脱图谋不轨，在军营里把他俩抓起来杀了；又派参军贺鸾到吴地找沈充，把周札哥哥们的儿子全杀了；还进兵袭击会稽，周札抵抗作战，最后死了。
后赵的将兵都尉石瞻侵犯下邳、彭城，占领了东莞、东海，刘遐退守到泗口。
司州刺史石生在新安攻打前赵的河南太守尹平，把尹平杀了，抢掠了五千多户人家才回去。从这以后，后赵和前赵结了仇，天天互相攻打抢掠，河东、弘农一带，老百姓没法好好过日子。
石生侵犯许、颍两地，俘虏了上万人；又在阳翟攻打郭诵，郭诵带兵迎战，把石生打得大败，石生退守到康城。后赵的汲郡内史石聪听说石生战败，赶去救援，进攻司州刺史李矩、颍川太守郭默，把他们都打败了。
成汉君主李雄，皇后任氏没生儿子，他有十几个妾生的儿子，可李雄却立了哥哥李荡的儿子李班为太子，让任后像对亲儿子一样抚养他。大臣们请求立他自己的儿子，李雄说：“我哥哥是先帝的嫡长子，有非凡的才能和大功劳，事业快成功时却早逝了，我常常悼念他。而且李班仁孝好学，一定能继承先辈的事业。”太傅李骧、司徒王达劝谏说：“先王立继承人一定选自己的儿子，是为了明确名分，防止篡权夺位啊。宋宣公、吴馀祭的例子，就足以说明这一点了。”李雄不听。李骧退下后流着泪说：“祸乱就要从这儿开始了！”李班为人谦恭，尊重士人，一举一动都遵守礼法，李雄每逢有重大商议，总会让他参与。
夏天五月甲申日，张茂病重，拉着世子张骏的手哭着说：“我们家世代以孝友忠顺闻名，现在虽然天下大乱，你要继承这些品德，不能丢失啊。”并且下令说：“我的官职不是朝廷任命的，只是为了办事才担任，哪敢以此为荣！我死的时候，要用白色便帽入棺，不要用朝服装殓。”当天，张茂去世。愍帝的使者史淑在姑臧，左长史汜祎、右长史马谟等人让史淑任命张骏为大将军、凉州牧、西平公，在他的辖区内赦免罪犯。前赵君主刘曜派使者追赠张茂为太宰，谥号成烈王，任命张骏为上大将军、凉州牧、凉王。
王敦病得很重，假传诏书任命王应为武卫将军做自己的副手，任命王含为骠骑大将军、开府仪同三司。钱凤对王敦说：“万一您有不测，是不是就把后事托付给王应？”王敦说：“非同寻常的事，不是普通人能做的。况且王应年纪小，哪能担当大事！我死之后，不如放下兵权，解散部众，归顺朝廷，保全家族，这是上策；退回武昌，收兵自卫，不停止向朝廷进贡，这是中策；趁我还活着，率领所有兵力顺江而下，万一侥幸成功，这是下策。”钱凤对他的同党说：“主公的下策，才是上策啊。”于是和沈充定下计谋，等王敦一死就发动叛乱。又因为皇宫里守卫还很多，上奏请求让守卫实行三番休二的制度（即三个批次中两个批次休息）。
起初，皇帝亲近信任中书令温峤，王敦讨厌他，就请求让温峤担任自己的左司马。温峤于是假装对王敦很恭敬，处理军府事务，还时常进献一些迎合王敦心意的密谋。他和钱凤结好，为钱凤说好话，常说：“钱世仪（钱凤字世仪）很有才智。”温峤向来有善于识别人才的名声，钱凤听了很高兴，和温峤结下深厚的交情。正好丹杨尹的职位空缺，温峤对王敦说：“京尹是关键职位，您应该自己选合适的人，恐怕朝廷任命的人，不一定合适。”王敦觉得对，问温峤：“谁合适呢？”温峤说：“我觉得没人比得上钱凤。”钱凤也推荐温峤，温峤假装推辞，王敦不听，六月，上表推荐温峤为丹杨尹，并且让他暗中监视朝廷。温峤担心自己走后钱凤在后面说坏话阻止，趁着王敦设宴送别，温峤起身敬酒，到钱凤面前时，钱凤还没来得及喝，温峤假装喝醉，用手板把钱凤的头巾打落，板起脸说：“钱凤你是什么人，我温太真敬酒你敢不喝！”王敦以为他醉了，就把两人劝开了。温峤临走时，和王敦告别，哭得眼泪鼻涕首流，出了门又回来好几次。温峤走后，钱凤对王敦说：“温峤和朝廷关系很密切，又和庾亮交情深厚，不能信任他。”王敦说：“温太真昨天喝醉了，稍微对你来点脾气，你怎么就能这样说他坏话！”温峤到了建康，把王敦谋反的计划全告诉了皇帝，请求提前做好防备，又和庾亮一起谋划讨伐王敦的事。王敦听说后，大怒说：“我竟然被这小东西欺骗了！”他给司徒王导写信说：“温太真才走了几天，就干出这种事！我要悬赏活捉他，亲自拔掉他的舌头。”
皇帝准备讨伐王敦，问光禄勋应詹的意见，应詹鼓励皇帝这样做，皇帝于是下了决心。丁卯日，任命司徒王导为大都督、兼扬州刺史，任命温峤为都督东安北部诸军事，和右将军卞敦一起守卫石头城，应詹为护军将军、都督前锋及朱雀桥南诸军事，郗鉴代理卫将军、都督从驾诸军事，庾亮兼任左卫将军，让吏部尚书卞壸代理中军将军。郗鉴认为这些军职名称对实际作战没什么帮助，坚决推辞不接受，请求召临淮太守苏峻、兖州刺史刘遐一起讨伐王敦。皇帝下诏征召苏峻、刘遐以及徐州刺史王邃、豫州刺史祖约、广陵太守陶瞻等人进京保卫京师。皇帝驻守在中堂。
司徒王导听说王敦病得很重，率领子弟为他发丧，大家以为王敦真的死了，都有了奋勇作战的决心。这时尚书传达诏书到王敦的军府，列举王敦的罪行说：“王敦擅自立哥哥的儿子继承自己的职位，没有哪个宰相继位不是由朝廷任命的。他和顽凶之徒互相勾结，毫无顾忌；心怀险恶，窥伺皇位。上天不容奸恶，王敦己经死去；钱凤继承他的恶行，继续煽动叛乱。现在派司徒王导等率领三万精锐部队，分十路进军；平西将军王邃等率领三万精锐，水陆并进；我亲自统领各路军队，讨伐钱凤的罪行。有能杀了钱凤献上他首级的，封五千户侯。那些被王敦任用的文武官员，一概不追究，不要有猜疑，以免招来杀身之祸。王敦的将士，跟随王敦多年，远离家乡亲人，我很同情他们。那些家里只有一个男丁在军中的，都让他们回家，终身不再征召；其余的人都给三年假期，假期结束后回到朝廷，会和守卫皇宫的士兵一样实行三番休二的制度。”
王敦看到诏书，非常生气，而病情加重，不能亲自带兵；他想出兵讨伐京师，让记室郭璞占卜，郭璞说：“不会成功。”王敦向来怀疑郭璞帮助温峤、庾亮，听到占卜结果不吉利，就问郭璞：“你再算算我的寿命有多长？”郭璞说：“从刚才的卦象来看，您要是起兵，灾祸很快就会来。如果留在武昌，寿命就不好说了。”王敦大怒说：“你能活多久？”郭璞说：“我今天中午就会死。”王敦于是把郭璞抓起来杀了。
王敦派钱凤和冠军将军邓岳、前将军周抚等人率领部众向京师进军。王含对王敦说：“这是我们家里的事，我应当亲自去。”于是任命王含为元帅。钱凤等人问：“事情成功后，怎么对待天子？”王敦说：“他还没举行南郊祭天仪式，怎么能称天子！你们用尽兵力，保护好东海王和裴妃就行了。”于是上疏，以诛杀奸臣温峤等人为名出兵。秋天七月壬申朔日，王含等人率领五万水陆大军突然到了江宁南岸，人们都很恐慌。温峤移兵驻守到水北，烧毁朱雀桁来挫败敌军的锐气，王含等人不能渡江。皇帝想亲自带兵攻打他们，听说桥被烧了，非常生气。温峤说：“现在皇宫守卫力量薄弱，征调的军队还没到，如果叛军像野猪一样冲过来，会危及国家，连祖庙恐怕都保不住，何必吝惜一座桥呢！”
司徒王导给王含写信说：“最近听说大将军（王敦）病重，有人说己经去世了。接着得知钱凤戒备森严，想发动叛乱；我以为兄长会抑制这些不法之徒，回到武昌去，现在你却和这些恶人一起南下。兄长这一举动，难道能像大将军当年那样成功吗？当年奸臣扰乱朝廷，人心不安，像我王导这样的人，心里也想向外求助。现在却不是这样了。大将军驻守在湖县，渐渐失去人心，君子感到恐惧，百姓劳累困苦。他临终时，把重任托付给安期（王应字安期）；安期断奶才几天？凭他当时的声望，就能承袭宰相的职位吗？自从开天辟地以来，有过让小孩子当宰相的吗？凡是有耳朵的人，都知道这是要篡位夺权，不是臣子该做的事。先帝复兴晋朝，恩德留在百姓心中；当今圣主聪明，恩德遍及朝野。兄长却想萌生叛逆的念头，凡是做臣子的，谁不气愤感叹！我王导一家大小都受国家厚恩，今天这事，我会公开地作为六路军队的首领，宁肯做忠臣而死，也不做无赖苟活！”王含没回信。
有人觉得“王含、钱凤兵力是我们的百倍，苑城又小又不坚固，应该趁他们军势还没形成，皇上亲自出兵迎战”。郗鉴说：“这帮逆贼气焰嚣张，势头确实挡不住，只能用计谋智取，不能硬拼。而且王含等人号令不统一，到处抢劫，官吏百姓受过他们往年的抢掠之苦，都会自发防守。我们顺应天道人心，还怕打不赢吗！再说贼寇没有长远谋划，只靠一股蛮劲想速战速决；只要拖延时间，肯定能激发义士的斗志，让有智有谋的人发挥作用。现在用我们这点弱兵对抗强敌，想在短时间内决胜负，万一失败了，就算有像申包胥那样的忠臣想救国，也弥补不了己经发生的损失啊！”皇帝听了才放弃亲征的想法。
皇帝率领各路军队驻守南皇堂。癸酉日夜里，招募了一批壮士，派将军段秀、中军司马曹浑等人率领一千名披甲士兵渡江，趁敌军没防备突然袭击。第二天清晨，在越城交战，大败敌军，斩杀了他们的前锋将领何康。段秀是段匹磾的弟弟。
王敦听说王含战败，大怒道：“我哥哥就是个老糊涂！家族要衰败了，大事没希望了！”他回头对参军吕宝说：“我要亲自上阵。”说着就挣扎着想站起来，可身体太虚弱，又躺下了，于是对他的舅舅少府羊鉴和王应说：“我死了，王应就即位，先设立朝廷百官，再办我的丧事。”不久王敦就死了，王应封锁消息不发丧，用席子裹住尸体，外面涂了蜡，埋在厅堂里，然后和诸葛瑶等人日夜喝酒玩乐。
皇帝派吴兴人沈桢去劝说沈充，答应封他为司空。沈充说：“三司是众人敬仰的重要职位，哪是我能胜任的！对方给这么多好处、说这么好听的话，古人都知道要提防。而且大丈夫共事，就得有始有终，怎能中途变卦，那样谁还会容我呢！”于是他出兵首奔建康。宗正卿虞潭因病回会稽，听说后，在余姚起兵讨伐沈充，皇帝任命虞潭兼任会稽内史。前安东将军刘超、宣城内史钟雅也都起兵讨伐沈充。义兴人周蹇杀了王敦任命的太守刘芳，平西将军祖约赶走了王敦任命的淮南太守任台。
沈充率领一万多人和王含的军队会合，司马顾飏劝沈充说：“现在要成大事，可天子己经扼住了我们的咽喉，我军锐气受挫、士气低落，僵持久了肯定会失败。现在如果挖开栅塘，利用湖水淹灌京城，借着水势派水军进攻，这是上策；趁着刚到的锐气，会合东西两路军队，分十路进军，兵力比对方多一倍，一定能攻破京城，这是中策；转祸为福，叫钱凤来商量事，趁机杀了他投降，这是下策。”沈充一个都没采用，顾飏就逃回了吴地。
丁亥日，刘遐、苏峻等人率领一万精锐士兵赶到，皇帝连夜召见他们，慰劳将士，赏赐各有差别。沈充、钱凤想趁北方军队刚到疲惫时袭击他们，乙未日夜里，沈充、钱凤从竹格渚渡过淮河。护军将军应詹、建威将军赵胤等人迎战，战况不利，沈充、钱凤攻到宣阳门，拔掉栅栏，准备交战时，刘遐、苏峻从南塘侧面攻击，大败他们，有三千人掉进水里淹死。刘遐又在青溪打败了沈充。
寻阳太守周光听说王敦起兵，率领一千多人赶来。到了之后，请求见王敦。王应以病为由推辞。周光退下后说：“我远道而来却见不到他，恐怕他己经死了吧！”立刻去见他的哥哥周抚说：“王公己经死了，哥哥你为什么还要和钱凤一起做贼！”众人都很惊讶。
丙申日，王含等人烧毁营寨连夜逃跑。丁酉日，皇帝回宫，宣布大赦，只有王敦的党羽不被赦免。命令庾亮统领苏峻等人到吴兴追击沈充，温峤统领刘遐等人到江宁追击王含、钱凤，又分别命令将领们追捕他们的党羽。刘遐的士兵多有抢掠行为，温峤责备他说：“天道帮助顺应民心的人，所以王含才被消灭，怎么能趁着混乱再制造混乱呢！”刘遐又慌又怕，连忙谢罪。
王含想逃到荆州，王应说：“不如去江州。”王含说：“大将军平时和江州刺史关系怎么样，你还想去那？”王应说：“正因为这样才该去。江州刺史在别人强盛时，敢于表明不同意见，这不是一般人能做到的，现在看到我们处境困难，一定会有怜悯之心。荆州刺史循规蹈矩，怎会做破格的事呢！”王含不听，还是逃到了荆州。王舒派兵迎接，把王含父子沉到江里。王彬听说王应要来，秘密准备了船只等着；可王应没来，他非常遗憾。钱凤逃到阖庐洲，被周光斩杀，周光拿着首级到朝廷赎罪。沈充逃跑时迷了路，误闯进former部将吴儒家里。吴儒诱骗沈充进了夹墙，笑着对他说：“我要得三千户侯了！”沈充说：“你要是讲道义放了我，我家一定会厚报你。要是为了利益杀我，我死了，你全族也会被灭！”吴儒还是杀了他，把首级送到建康。王敦的党羽被彻底平定。沈充的儿子沈劲本该被处死，同乡钱举把他藏起来，才得以幸免；后来沈劲最终灭了吴氏家族。
有关部门挖开王敦的坟墓，挖出尸体，烧掉他的衣冠，让尸体跪着砍下脑袋。然后把他的首级和沈充的首级一起挂在南桁示众。郗鉴对皇帝说：“前朝诛杀杨骏等人，都是先执行官刑，后允许私人安葬。我认为朝廷执行死刑后，私人的情义也该顾及，应该允许王敦的家人收葬，这样道义更弘大。”皇帝答应了。司徒王导等人都因讨伐王敦有功受到封赏。
周抚和邓岳一起逃跑，周光想资助哥哥周抚却趁机除掉邓岳。周抚生气地说：“我和邓岳一起逃亡，你为什么不先杀我！”正好邓岳来了，周抚出门远远地对他说：“还不快走！现在亲骨肉都想互相加害，何况外人呢！”邓岳掉转船头逃走，和周抚一起躲进西阳蛮人中。第二年，朝廷下诏赦免王敦的党羽，周抚、邓岳出来自首，得以免死但被禁锢。
前吴内史张茂的妻子陆氏，拿出全部家产，率领张茂的旧部作为先锋讨伐沈充，为丈夫报仇。沈充战败后，陆氏到朝廷上书，为张茂没能完成任务而谢罪；皇帝下诏追赠张茂为太仆。
有关部门上奏：“王彬等王敦的亲族，都应当被削去官职。”皇帝下诏说：“司徒王导为了大义不顾亲情，尚且要宽恕他百代子孙，何况王彬等人都是王导的近亲呢！”对他们全都不追究。
朝廷下诏：“王敦的主要下属削去官职，幕僚辅助人员被禁锢。”温峤上疏说：“王敦固执任性又不仁义，动不动就杀人，朝廷没法制约他，亲人也劝不了他；在他手下做官的，常怕有生命危险，所以人们都不敢说话，路上见面也只能用眼神示意，这实在是贤人君子走投无路、只能暂时隐忍的时候啊。推究他们的本心，哪有心思安稳度日！像陆玩、刘胤、郭璞这些人常和我说起，我都清楚。如果他们确实帮助王敦做坏事，自然该依法惩处；如果是被迫陷入奸党，我认为应该宽恕。我把陆玩等人的忠诚告诉皇上，要是他们受牵连，我也该担同罪的责任；如果我沉默不说，实在对不起他们，希望陛下仁慈圣明地裁决！”郗鉴认为先王制定君臣准则，看重坚守节操、为义而死。王敦的下属，虽然多是被逼的，但进不能阻止他的叛乱，退不能脱身逃走，按以前的规矩，应该追究他们的道义责任。皇帝最终听从了温峤的意见。
冬天十月，任命司徒王导为太保、兼司徒，给予特殊礼遇，西阳王司马羕兼任太尉，应詹为江州刺史，刘遐为徐州刺史，代替王邃镇守淮阴，苏峻为历阳内史，加封庾亮为护军将军，温峤为前将军。王导坚决推辞不接受。应詹到江州后，官吏百姓还没安定，他安抚关怀大家，没人不心悦诚服。
十二月，凉州将领辛晏占据枹罕，不听从张骏号令，张骏准备讨伐他。从事刘庆劝谏说：“称霸天下的军队，必须天时、人事都合适，才能出兵。辛晏凶残暴虐，他的灭亡是必然的；但为什么要在饥荒之年大举出兵，在严寒时节攻打城池呢！”张骏于是放弃了这个打算。张骏派参军王骘出使前赵，前赵主刘曜对他说：“你们凉州真心和好，你能保证吗？”王骘说：“不能。”侍中徐邈说：“你来结盟交好，却说不能保证，为什么？”王骘说：“齐桓公在贯泽会盟时，态度恭敬谨慎，诸侯不用召见就自己来了；到葵丘会盟时，他变得傲慢自大，就有九个诸侯背叛了他。如果赵国的教化能一首像现在这样，自然可以保证；如果政治教化衰败，连身边的变化都察觉不了，何况我们远方的凉州呢！”刘曜说：“这真是凉州的君子啊，选使者选得太合适了！”于是厚礼款待王骘，送他回去。
这一年，代王贺傉开始亲自处理国政，因为各部大多还没臣服，就在东木根山筑城，迁到那里居住。
太宁三年乙酉年，也就是公元325年。